Table showing results for April 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7PSL	13613	2025-04-30	2021-09-23	3.3	3.77	—	3.7	0.006	0.65	0.0	0.04	15.10	0.00	2.258	5.27	0.00	3.9	96.1	0.0	-3.04	0.61	0.76	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9612	1200	4	0	4	0	0	logfile
✘	7PRo	13609	2025-04-30	2021-09-22	3.0	3.28	3.20	3.2	0.012	1.09	0.0	0.06	13.80	0.01	2.192	7.00	0.00	4.8	95.2	0.0	-1.65	0.61	0.84	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9032	1160	2	0	0	0	0	logfile
✘	7S8P	24900	2025-04-29	2021-09-18	2.6	2.11	2.61	1.8	0.005	0.75	0.0	0.05	12.74	0.00	2.183	3.18	0.00	5.8	94.2	0.0	-2.01	0.73	0.75	4.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8093	1089	6	0	1	0	0	logfile
✘	7PiJ	13438	2025-04-29	2021-08-20	3.78	4.14	—	4.1	0.015	1.17	0.0	0.05	13.54	0.01	1.166	13.45	0.11	10.6	89.3	0.1	-3.26	0.50	0.53	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8194	1068	8	0	0	16	0	logfile
✘	7PHP	13424	2025-04-29	2021-08-18	3.47	3.48	—	3.6	0.017	0.90	0.0	0.05	14.25	0.01	2.182	6.60	0.11	7.0	93.0	0.0	-1.50	0.72	0.83	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1134	8	0	0	21	0	logfile
✘	7PHG	13415	2025-04-27	2021-08-17	4.3	4.13	—	4.0	0.003	0.68	0.0	0.04	13.71	0.00	1.916	18.40	0.00	11.9	88.1	0.0	-3.68	0.78	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6469	427	3	0	0	0	3160	logfile
✘	7RR0	24649	2025-04-26	2021-08-08	3.12	3.40	—	3.4	0.004	0.97	0.0	0.06	12.28	0.01	2.327	2.79	0.00	1.4	98.6	0.0	0.12	0.75	0.77	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3297	422	4	0	1	0	0	logfile
✘	7RoZ	24610	2025-04-28	2021-08-02	3.1	3.60	—	3.3	0.003	0.54	0.0	0.04	13.57	0.01	2.064	11.67	0.00	6.8	93.2	0.0	-1.53	0.82	0.75	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7774	1064	2	0	1	0	0	logfile
✘	7F9W	31499	2025-04-27	2021-07-05	3.2	3.72	—	3.6	0.005	0.68	0.0	0.04	12.99	0.00	2.114	9.28	0.63	4.5	95.5	0.0	0.24	0.76	0.80	3.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4217	547	3	0	0	0	0	logfile
✘	7oZU	13135	2025-04-29	2021-06-28	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8408	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7oZV	13138	2025-04-29	2021-06-28	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8409	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7F62	31470	2025-04-26	2021-06-24	3.6	4.33	—	4.1	0.003	0.65	0.0	0.04	13.21	0.00	1.925	19.73	1.38	8.1	91.6	0.2	-2.76	0.66	0.62	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3321	427	3	0	0	0	0	logfile
✘	7F3T	31440	2025-04-27	2021-06-17	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5632	660	4	0	2	0	0	logfile
✘	7N7P	24230	2025-04-27	2021-06-10	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5400	626	4	0	2	0	0	logfile
✘	7N76	24221	2025-04-28	2021-06-09	2.9	3.57	2.96	3.3	0.005	0.64	0.0	0.07	12.16	0.00	2.074	5.80	0.00	3.3	96.7	0.0	0.22	0.70	0.83	3.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7399	1036	2	0	0	3	0	logfile
✘	7N64	24193	2025-04-28	2021-06-07	4.2	3.94	—	3.9	0.009	1.09	0.0	0.06	15.98	0.01	2.157	36.86	1.78	20.8	78.9	0.3	-3.80	0.65	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7189	906	7	0	7	0	0	logfile
✘	7EZ2	31386	2025-04-29	2021-06-01	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8698	0	4	406	31	0	0	logfile
✘	7N0L	24108	2025-04-27	2021-05-25	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5270	626	4	0	2	0	0	logfile
✘	7Mo9	23921	2025-04-30	2021-05-01	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9755	1247	4	0	6	0	0	logfile
✘	7Mi3	23838	2025-04-30	2021-04-16	3.5	3.72	3.45	3.6	0.012	1.47	0.0	0.08	13.20	0.01	1.978	5.17	1.94	6.8	92.8	0.3	-1.80	0.85	0.86	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9682	1192	2	0	4	0	0	logfile

• ← previous
• Page 9 of 12
• next →