Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9QH0	53151	2025-05-15	2025-03-14	2.52	3.21	2.61	3.0	0.005	0.70	0.0	0.05	14.00	0.02	2.199	7.21	0.00	2.6	97.4	0.0	0.54	0.77	0.86	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12946	1702	6	0	0	7	0	logfile
✘	9N49	48871	2025-05-10	2025-02-02	3.0	3.90	3.06	5.2	0.007	1.16	0.0	0.07	14.03	0.01	2.368	6.09	0.17	4.2	95.8	0.0	1.06	0.31	0.26	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6509	925	6	0	0	0	0	logfile
✘	9MZT	48768	2025-05-26	2025-01-23	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28143	3392	101	0	53	0	0	logfile
✘	9MX5	48710	2025-05-10	2025-01-17	3.1	3.96	3.22	3.7	0.003	0.56	0.0	0.04	18.21	0.00	2.169	8.83	1.32	4.2	95.7	0.2	2.06	0.84	0.85	1.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6463	652	4	54	3	0	0	logfile
✘	9MR7	48554	2025-05-14	2025-01-07	3.56	4.58	3.62	3.7	0.003	0.67	0.0	0.05	12.26	0.01	2.240	3.62	0.22	4.1	95.9	0.0	-0.83	0.79	0.76	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12463	1605	12	0	0	0	0	logfile
✘	9MNY	48443	2025-05-10	2024-12-24	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5332	675	7	0	1	0	0	logfile
✘	9MNH	48423	2025-05-13	2024-12-21	4.03	4.35	3.39	4.1	0.005	1.08	0.0	0.06	13.65	0.01	2.267	3.96	0.16	7.5	92.4	0.1	-2.41	0.84	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10875	1383	12	0	30	0	0	logfile
✘	9L0D	62697	2025-05-16	2024-12-12	3.41	3.46	3.30	3.5	0.005	0.79	0.0	0.05	18.36	0.00	2.002	16.67	8.00	6.5	93.3	0.1	-3.75	0.64	0.71	1.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13894	1718	4	0	0	0	0	logfile
✘	9HNW	52316	2025-05-12	2024-12-11	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9349	1178	6	0	2	0	0	logfile
✘	9MEK	48216	2025-05-09	2024-12-06	2.85	3.15	2.88	3.1	0.003	0.53	0.0	0.03	14.27	0.00	2.306	6.84	1.68	2.1	97.9	0.0	3.48	0.58	0.84	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3594	478	4	0	6	0	0	logfile
✘	9EH8	48048	2025-05-27	2024-11-22	2.0	2.10	2.02	2.1	0.007	1.07	3.0	0.07	15.40	0.01	2.200	1.84	0.65	2.1	97.8	0.1	0.44	0.76	0.88	6.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29118	3498	48	0	135	813	0	logfile
✘	9EGQ	47995	2025-05-17	2024-11-21	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15267	1875	10	0	7	0	0	logfile
✘	9EGM	47991	2025-05-16	2024-11-21	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14255	1690	15	0	15	330	0	logfile
✘	9EFZ	47982	2025-05-16	2024-11-20	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14477	1700	15	0	15	382	0	logfile
✘	9HDo	52070	2025-05-13	2024-11-12	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10290	1025	8	86	2	0	0	logfile
✘	9HDP	52071	2025-05-13	2024-11-12	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10290	1025	8	86	2	0	0	logfile
✘	9HDR	52073	2025-05-14	2024-11-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12202	1263	8	86	2	0	0	logfile
✘	9HBU	52030	2025-05-10	2024-11-08	3.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5530	629	4	37	0	0	0	logfile
✘	9HBT	52029	2025-05-15	2024-11-08	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13327	1581	10	60	0	0	0	logfile
✘	9E9F	47796	2025-05-22	2024-11-08	3.63	4.13	3.91	3.9	0.003	0.58	0.0	0.04	11.62	0.00	2.196	15.43	2.83	3.5	96.4	0.0	0.89	0.70	0.74	1.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23048	3035	3	0	0	0	0	logfile

• Page 1 of 38
• next →