Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8ZC5	39923	2024-06-25	2024-04-28	3.91	4.07	3.86	4.0	0.004	0.76	0.0	0.05	13.55	0.01	2.258	4.88	0.00	4.4	95.6	0.0	-1.55	0.74	0.78	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6515	830	8	0	2	0	0	logfile
✘	8VE1	43161	2024-06-24	2023-12-18	2.7	2.67	2.66	2.8	0.006	0.58	0.0	0.05	13.15	0.00	2.258	2.95	0.26	2.2	97.8	0.0	0.62	0.75	0.85	5.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3656	466	10	0	2	27	0	logfile
✘	8RF0	19114	2024-06-30	2023-12-12	3.4	4.01	3.68	3.9	0.004	0.73	1.0	0.05	16.92	0.01	2.171	10.52	0.45	8.8	90.3	0.9	-1.04	0.70	0.59	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21922	2780	4	0	19	0	0	logfile
✘	8XBX	38232	2024-06-24	2023-12-07	4.36	6.89	4.04	7.5	0.005	0.90	0.0	0.04	18.16	0.01	2.260	13.70	0.00	0.9	99.1	0.0	-0.16	0.65	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5873	663	5	38	0	0	0	logfile
✘	8X8N	38150	2024-06-29	2023-11-27	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17358	1133	6	0	2	0	8589	logfile
✘	8X64	38079	2024-06-24	2023-11-20	3.4	4.16	3.79	4.1	0.006	0.79	1.0	0.05	14.11	0.01	2.290	13.75	0.42	7.5	92.5	0.0	-0.76	0.45	0.61	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2189	263	2	0	1	0	0	logfile
✘	8R2H	18842	2024-06-27	2023-11-06	2.42	2.05	2.56	1.6	0.003	0.52	0.0	0.04	10.24	0.01	1.914	10.77	0.55	2.6	97.4	0.0	-0.09	0.76	0.72	3.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11484	1394	4	0	4	0	0	logfile
✘	8QYS	18761	2024-06-25	2023-10-26	3.89	4.28	3.89	4.1	0.003	0.57	2.0	0.04	14.29	0.00	2.222	9.04	0.00	10.1	89.9	0.0	-1.10	0.85	0.85	1.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57862	7588	34	0	0	0	0	logfile
✘	8UNM	42409	2024-06-25	2023-10-19	3.4	3.77	3.54	3.7	0.005	0.64	0.0	0.04	13.95	0.00	2.208	3.37	0.00	2.5	97.5	0.0	1.00	0.64	0.86	3.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6415	889	6	0	2	0	0	logfile
✘	8Uo4	42427	2024-06-24	2023-10-19	4.0	4.28	3.99	4.2	0.004	0.72	0.0	0.04	12.00	0.00	2.322	5.46	0.00	3.2	96.8	0.0	-0.04	0.69	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5702	910	6	0	3	0	0	logfile
✘	8UNY	42421	2024-06-25	2023-10-19	3.6	4.06	3.81	4.0	0.006	0.97	0.0	0.06	14.64	0.01	2.255	7.64	0.00	1.7	98.3	0.0	1.32	0.63	0.80	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6546	912	6	0	2	0	0	logfile
✘	8QU9	18658	2024-06-30	2023-10-15	2.88	2.61	2.88	2.8	0.003	0.56	0.0	0.03	17.55	0.00	0.000	10.00	0.00	0.0	100.0	0.0	-2.00	0.74	0.87	3.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72756	8836	141	0	94	47	0	logfile
✘	8UBX	42108	2024-06-25	2023-09-25	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6757	419	2	0	4	68	3328	logfile
✘	8TZR	41767	2024-06-25	2023-08-27	3.5	4.05	3.67	4.0	0.006	0.84	0.0	0.05	16.98	0.01	2.229	6.61	0.53	4.5	95.5	0.0	-0.18	0.55	0.74	1.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8821	1079	6	0	9	0	0	logfile
✘	8Q99	18272	2024-06-25	2023-08-20	2.7	2.49	2.59	2.7	0.011	1.82	0.0	0.10	11.76	0.01	2.486	0.00	0.00	2.7	97.3	0.0	-2.40	0.42	0.84	5.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6642	426	6	0	0	0	3396	logfile
✘	8TVE	41639	2024-06-26	2023-08-18	3.9	4.16	3.79	4.1	0.013	1.52	0.0	0.09	9.81	0.01	2.433	3.65	0.33	2.2	97.8	0.0	0.30	0.76	0.82	3.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9090	1227	6	0	6	0	0	logfile
✘	8KEF	37154	2024-06-29	2023-08-11	3.44	3.70	3.36	3.5	0.015	1.90	30.0	0.11	14.96	0.01	1.989	8.10	1.44	6.0	94.0	0.0	-0.51	0.45	0.73	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17802	2226	12	0	0	0	0	logfile
✘	8Q5H	18179	2024-06-26	2023-08-09	4.5	4.83	4.50	4.3	0.004	0.82	0.0	0.04	15.49	0.01	2.072	15.56	0.00	3.5	96.5	0.1	0.62	0.66	0.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9574	1173	7	0	0	0	0	logfile
✘	8TP9	41470	2024-06-29	2023-08-04	3.1	3.33	3.17	3.4	0.020	1.82	7.0	0.11	10.91	0.01	2.334	2.44	0.00	1.9	98.1	0.0	0.64	0.71	0.76	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17118	2142	15	0	15	0	0	logfile
✘	8Toi	41453	2024-06-27	2023-08-03	2.64	2.63	2.63	3.0	0.010	1.86	0.0	0.05	24.38	0.01	2.318	2.95	0.00	3.6	96.4	0.0	-1.60	0.80	0.84	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11414	1298	4	0	40	0	0	logfile

• Page 1 of 21
• next →