Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7PM0	13508	2024-06-26	2021-09-01	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10169	1261	3	0	4	0	0	logfile
✘	7VC4	31888	2024-06-28	2021-09-01	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16311	1046	10	0	0	0	8079	logfile
✘	7PLS	13499	2024-06-28	2021-09-01	2.49	2.49	—	2.6	0.003	0.58	0.0	0.05	16.35	0.00	2.275	4.66	1.33	5.6	94.4	0.0	0.35	0.74	0.86	5.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14224	1724	12	0	4	52	0	logfile
✘	7PM1	13509	2024-06-26	2021-09-01	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10169	1261	3	0	4	0	0	logfile
✘	7PiL	13441	2024-06-30	2021-08-20	2.5	2.21	—	2.4	0.005	0.98	0.0	0.05	16.60	0.01	2.058	1.90	0.21	1.7	98.3	0.0	1.10	0.73	0.84	5.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22480	2291	66	0	73	4	0	logfile
✘	7PiJ	13438	2024-06-25	2021-08-20	3.78	4.14	—	4.1	0.015	1.17	0.0	0.05	13.54	0.01	1.166	13.45	0.11	10.6	89.3	0.1	-3.26	0.50	0.53	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8194	1068	8	0	0	16	0	logfile
✘	7RWA	24712	2024-06-28	2021-08-19	4.7	5.66	4.89	4.6	0.003	0.89	0.0	0.05	5.84	0.00	1.914	2.65	0.00	5.8	93.7	0.5	-0.12	0.84	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16158	3244	10	0	0	0	0	logfile
✘	7RWC	24714	2024-06-27	2021-08-19	3.8	4.08	3.75	4.0	0.004	0.60	0.0	0.04	12.87	0.00	2.175	8.83	0.09	5.6	94.4	0.1	0.33	0.71	0.72	1.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12110	1705	5	0	8	0	0	logfile
✘	7PHP	13424	2024-06-25	2021-08-18	3.47	3.48	—	3.6	0.017	0.90	0.0	0.05	14.25	0.01	2.182	6.60	0.11	7.0	93.0	0.0	-1.50	0.72	0.83	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1134	8	0	0	21	0	logfile
✘	7RSH	24670	2024-06-27	2021-08-11	3.0	2.76	—	3.0	0.009	1.43	0.0	0.05	19.07	0.02	2.221	8.11	0.58	8.0	92.0	0.0	-0.72	0.65	0.80	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13744	1604	8	0	60	0	0	logfile
✘	7RR9	24656	2024-06-26	2021-08-09	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9094	1120	4	0	8	0	0	logfile
✘	7PE7	13347	2024-06-25	2021-08-09	3.41	3.76	—	3.7	0.002	0.46	0.0	0.04	9.06	0.00	2.205	4.36	0.98	3.3	96.6	0.1	-0.02	0.78	0.80	1.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	58582	7664	16	0	6	0	0	logfile
✘	7PCQ	13325	2024-06-25	2021-08-03	3.62	4.96	3.71	4.1	0.013	1.55	0.0	0.10	13.62	0.01	2.557	1.30	0.78	2.8	97.2	0.0	1.72	0.91	0.78	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7350	911	9	0	4	0	0	logfile
✘	7FiX	31605	2024-06-30	2021-08-01	1.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	73929	7137	96	0	444	348	0	logfile
✘	7RJE	24486	2024-06-25	2021-07-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57232	3818	24	0	10	0	27924	logfile
✘	7FDi	31544	2024-06-25	2021-07-16	3.12	3.24	—	3.2	0.005	0.64	0.0	0.05	15.54	0.00	2.109	15.52	0.15	3.7	96.3	0.0	-0.19	0.61	0.78	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6403	788	4	0	5	0	0	logfile
✘	7FBS	31519	2024-06-26	2021-07-12	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9274	1118	1	0	17	0	0	logfile
✘	7RBU	24402	2024-06-24	2021-07-06	3.7	2.38	—	2.2	0.006	0.80	0.0	0.05	12.81	0.00	2.167	6.95	0.00	9.1	90.7	0.2	-2.50	0.74	0.77	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4107	510	6	0	7	0	0	logfile
✘	7P06	13145	2024-06-30	2021-06-29	3.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21476	1350	1	0	3	0	10638	logfile
✘	7P00	13140	2024-06-26	2021-06-29	2.71	2.90	—	3.0	0.012	1.68	8.0	0.11	12.35	0.01	2.236	4.97	0.81	3.4	96.6	0.0	-0.50	0.68	0.82	3.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9110	1144	7	0	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 22 of 36
• next →