Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7R88	24311	2024-06-26	2021-06-26	3.5	3.76	—	3.7	0.002	0.45	0.0	0.04	12.49	0.00	2.274	5.35	1.02	3.5	96.5	0.0	-1.50	0.69	0.85	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10787	1368	4	0	0	0	0	logfile
✘	7F62	31470	2024-06-24	2021-06-24	3.6	4.33	—	4.1	0.003	0.65	0.0	0.04	13.21	0.00	1.925	19.73	1.38	8.1	91.6	0.2	-2.76	0.66	0.62	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3321	427	3	0	0	0	0	logfile
✘	7oY2	13108	2024-06-25	2021-06-23	2.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7166	858	7	0	7	24	0	logfile
✘	7F4V	31455	2024-06-28	2021-06-21	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67641	6336	78	0	453	402	0	logfile
✘	7oUG	13076	2024-06-28	2021-06-11	3.1	2.33	3.12	1.7	0.004	0.74	0.0	0.04	17.65	0.01	1.769	5.66	0.14	2.4	97.6	0.0	0.28	0.78	0.75	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15090	1664	16	80	10	8	0	logfile
✘	7oSE	13048	2024-06-28	2021-06-08	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14882	1816	12	0	10	2	0	logfile
✘	7N6B	24206	2024-06-24	2021-06-08	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5942	757	1	0	2	0	0	logfile
✘	7oR0	13036	2024-06-30	2021-06-04	2.64	3.23	2.80	3.0	0.009	0.85	0.0	0.35	16.30	0.01	2.217	2.61	1.15	5.4	94.2	0.3	-1.99	0.72	0.85	3.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19869	2384	16	0	33	52	0	logfile
✘	7EYA	31380	2024-06-24	2021-05-30	3.77	3.98	—	4.0	0.008	1.01	0.0	0.04	16.97	0.01	2.142	8.20	0.00	7.6	92.2	0.2	-2.30	0.60	0.77	2.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4629	576	5	0	3	0	0	logfile
✘	7EWL	31351	2024-06-27	2021-05-25	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13784	994	2	0	0	0	6756	logfile
✘	7N0B	24102	2024-06-24	2021-05-25	3.9	4.21	—	4.2	0.006	1.10	1.0	0.06	16.97	0.01	1.921	8.42	0.36	1.9	98.1	0.0	-3.60	0.73	0.76	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5875	643	7	39	7	1	0	logfile
✘	7oJL	12955	2024-06-27	2021-05-16	3.3	3.67	3.30	3.4	0.003	0.46	0.0	0.04	13.04	0.00	1.827	7.40	2.98	8.2	91.8	0.1	-2.78	0.86	0.82	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12842	1498	4	33	1	0	0	logfile
✘	7MSX	23971	2024-06-24	2021-05-12	3.15	3.24	3.04	3.2	0.008	0.62	0.0	0.05	10.30	0.00	2.385	0.81	0.00	1.9	98.1	0.0	0.06	0.77	0.85	3.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3706	473	1	0	3	0	0	logfile
✘	7oE7	12861	2024-06-26	2021-05-01	3.73	3.95	3.97	3.7	0.002	0.53	0.0	0.04	14.33	0.00	2.084	3.86	0.00	6.8	93.2	0.0	-1.48	0.79	0.64	0.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11116	1382	1	0	2	0	0	logfile
✘	7EQ9	31256	2024-06-26	2021-04-30	3.3	3.70	3.42	3.6	0.002	0.47	0.0	0.04	15.65	0.00	2.267	3.70	0.00	3.3	96.7	0.0	1.85	0.60	0.53	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62520	7620	60	0	0	0	0	logfile
✘	7MiY	23868	2024-06-30	2021-04-18	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21483	2598	10	0	28	0	0	logfile
✘	7MiX	23867	2024-06-30	2021-04-18	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21652	2623	11	0	28	0	0	logfile
✘	7MHS	23835	2024-06-30	2021-04-15	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21148	2652	11	0	48	0	0	logfile
✘	7MGW	23830	2024-06-25	2021-04-13	3.5	3.79	—	4.0	0.003	0.64	0.0	0.04	13.53	0.00	2.292	9.19	1.40	2.9	97.1	0.0	-2.49	0.39	0.53	1.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6223	765	5	0	18	0	0	logfile
✘	7MDY	23784	2024-06-29	2021-04-06	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19595	1263	6	0	4	0	9862	logfile

• ← previous
• Page 23 of 36
• next →