Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8K9Q	36995	2024-06-25	2023-08-01	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7549	927	2	0	5	0	0	logfile
✘	8K7B	36937	2024-06-26	2023-07-26	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9496	1180	4	0	6	0	0	logfile
✘	8TKP	41356	2024-06-28	2023-07-25	2.9	3.69	3.00	3.2	0.005	0.91	3.0	0.05	16.84	0.01	1.152	7.90	0.94	2.1	97.9	0.0	2.30	0.59	0.61	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14666	1698	14	0	54	0	0	logfile
✘	8PWL	17994	2024-06-27	2023-07-20	4.73	5.25	4.85	4.8	0.002	0.51	0.0	0.04	13.55	0.00	2.250	5.28	0.00	2.0	98.0	0.0	-0.12	0.83	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12266	1541	2	0	0	0	0	logfile
✘	8THG	41261	2024-06-27	2023-07-16	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13168	1565	9	0	23	4	0	logfile
✘	8THH	41262	2024-06-27	2023-07-16	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13319	1565	10	0	27	10	0	logfile
✘	8K3C	36849	2024-06-26	2023-07-15	2.88	3.12	2.93	3.1	0.014	1.17	0.0	0.07	10.35	0.01	2.138	11.02	0.57	7.8	92.1	0.1	-3.08	0.48	0.67	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10813	1395	4	0	0	0	0	logfile
✘	8PPU	17816	2024-06-29	2023-07-10	3.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19649	2376	9	35	7	0	0	logfile
✘	8JZR	36751	2024-06-24	2023-07-06	3.25	3.52	3.29	3.5	0.007	0.77	0.0	0.05	12.74	0.01	2.381	4.82	0.00	3.8	95.7	0.4	0.75	0.64	0.79	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3474	456	2	0	1	0	0	logfile
✘	8JZE	36742	2024-06-25	2023-07-05	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55927	4960	51	0	669	0	0	logfile
✘	8PoG	17791	2024-06-24	2023-07-04	4.15	4.36	4.10	4.3	0.003	0.59	0.0	0.04	15.83	0.01	2.242	5.44	0.00	2.3	97.7	0.0	0.40	0.77	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4964	624	4	0	0	0	0	logfile
✘	8JY7	36722	2024-06-25	2023-07-03	3.2	2.66	3.25	2.9	0.003	0.60	0.0	0.04	12.18	0.00	2.340	8.29	0.00	3.6	96.4	0.0	1.38	0.60	0.76	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7292	968	4	0	0	0	0	logfile
✘	8JY6	36721	2024-06-25	2023-07-03	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7380	968	8	0	4	0	0	logfile
✘	8JVM	36677	2024-06-24	2023-06-28	3.86	4.13	3.89	3.9	0.006	1.08	1.0	0.06	14.54	0.01	2.138	27.03	1.75	16.3	82.1	1.6	-3.56	0.64	0.54	0.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3726	498	3	0	0	0	0	logfile
✘	8JW0	36678	2024-06-26	2023-06-28	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63119	5585	56	0	411	0	0	logfile
✘	8JVH	36674	2024-06-26	2023-06-28	3.19	3.79	3.33	3.7	0.005	0.78	0.0	0.05	9.56	0.00	2.195	2.24	0.18	8.6	91.4	0.0	-4.48	0.65	0.74	1.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9699	1205	1	0	0	0	0	logfile
✘	8PKD	17735	2024-06-24	2023-06-26	2.33	2.42	2.31	2.4	0.003	0.44	0.0	0.04	15.00	0.00	2.246	3.95	0.00	2.7	97.3	0.0	1.55	0.65	0.81	4.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4844	600	8	0	0	16	0	logfile
✘	8JTY	36656	2024-06-24	2023-06-22	3.26	3.60	3.26	3.6	0.003	0.55	0.0	0.04	16.26	0.00	2.217	4.12	0.00	5.0	95.0	0.0	-0.56	0.57	0.78	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4274	566	2	0	0	0	0	logfile
✘	8T6L	41071	2024-06-26	2023-06-16	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10988	1237	6	0	41	1	0	logfile
✘	8JR9	36593	2024-06-25	2023-06-16	2.57	2.48	2.53	2.7	0.005	0.65	0.0	0.04	17.65	0.00	2.240	5.96	0.24	2.2	97.8	0.0	1.80	0.57	0.74	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7893	1014	5	0	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 36
• next →