cryo-EM Re-Refine

Table showing results for July 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9C4o	45192	2024-07-20	2024-06-04	1.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10166	661	2	0	2	111	4883	logfile
✘	8ZJF	60143	2024-07-20	2024-05-14	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10917	1419	4	0	6	0	0	logfile
✘	8ZEE	60026	2024-07-22	2024-05-06	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20218	2101	26	0	70	0	0	logfile
✘	8ZC5	39923	2024-07-19	2024-04-28	3.91	4.07	3.86	4.0	0.004	0.76	0.0	0.05	13.55	0.01	2.258	4.88	0.00	4.4	95.6	0.0	-1.55	0.74	0.78	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6515	830	8	0	2	0	0	logfile
✘	8ZC4	39922	2024-07-26	2024-04-28	3.95	4.08	3.89	4.1	0.004	0.71	0.0	0.05	13.87	0.01	2.224	4.81	0.03	4.9	95.1	0.0	-1.57	0.73	0.73	1.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33840	4283	24	0	48	0	0	logfile
✘	9B91	44365	2024-07-19	2024-04-01	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7511	993	2	0	3	0	0	logfile
✘	9B8W	44360	2024-07-25	2024-04-01	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30256	3972	8	0	8	0	0	logfile
✘	9B90	44364	2024-07-25	2024-04-01	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29720	3928	8	0	12	0	0	logfile
✘	9B8X	44361	2024-07-19	2024-04-01	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7564	993	2	0	2	0	0	logfile
✘	9B94	44368	2024-07-25	2024-04-01	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29516	3864	8	0	4	0	0	logfile
✘	9B8Y	44362	2024-07-25	2024-04-01	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29980	3912	8	0	12	0	0	logfile
✘	9B8Z	44363	2024-07-19	2024-04-01	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7509	978	2	0	3	0	0	logfile
✘	9B92	44366	2024-07-25	2024-04-01	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29948	3960	8	0	4	0	0	logfile
✘	9B34	44125	2024-07-18	2024-03-18	3.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3619	474	4	0	4	0	0	logfile
✘	9B36	44129	2024-07-27	2024-03-18	4.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36342	4320	44	0	136	0	0	logfile
✘	9B33	44124	2024-07-18	2024-03-18	4.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3619	474	4	0	4	0	0	logfile
✘	9ENQ	19838	2024-07-19	2024-03-13	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5743	707	6	4	4	7	0	logfile
✘	9ENP	19837	2024-07-20	2024-03-13	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11552	1338	7	48	4	7	0	logfile
✘	9AYF	43990	2024-07-22	2024-03-07	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19630	2441	14	0	27	0	0	logfile
✘	9AXF	43966	2024-07-23	2024-03-06	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21342	2607	15	0	40	0	0	logfile