cryo-EM Re-Refine

Table showing results for July 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✘	8TF4	41219	2024-07-22	2023-07-07	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19888	2408	8	0	20	0	logfile
✘	8JZR	36751	2024-07-18	2023-07-06	3.25	3.52	3.29	3.5	0.007	0.77	0.0	0.05	12.74	0.01	2.381	4.82	0.00	3.8	95.7	0.4	0.75	0.64	0.79	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3474	456	2	0	1	0	logfile
✘	8TDV	41174	2024-07-20	2023-07-05	3.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10957	1740	8	13	2	0	logfile
✘	8TDW	41175	2024-07-20	2023-07-05	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11359	1830	8	12	2	0	logfile
✘	8JZB	36741	2024-07-22	2023-07-05	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16660	2120	12	0	15	0	logfile
✘	8PoG	17791	2024-07-19	2023-07-04	4.15	4.36	4.10	4.3	0.003	0.59	0.0	0.04	15.83	0.01	2.242	5.44	0.00	2.3	97.7	0.0	0.40	0.77	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4964	624	4	0	0	0	logfile
✘	8JY7	36722	2024-07-19	2023-07-03	3.2	2.66	3.25	2.9	0.003	0.60	0.0	0.04	12.18	0.00	2.340	8.29	0.00	3.6	96.4	0.0	1.38	0.60	0.76	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7292	968	4	0	0	0	logfile
✘	8PNV	17786	2024-07-21	2023-07-02	2.048	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13098	1626	30	0	6	522	logfile
✘	8PNU	17785	2024-07-21	2023-07-02	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12888	1626	30	0	12	264	logfile
✘	8JXW	36715	2024-07-19	2023-07-01	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8389	1108	6	0	1	0	logfile
✘	8JXV	36714	2024-07-19	2023-07-01	3.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7935	1040	6	0	1	0	logfile
✘	8JXX	36716	2024-07-19	2023-07-01	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8493	1103	6	0	1	0	logfile
✘	8PN7	17777	2024-07-26	2023-06-30	2.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34872	4308	36	0	12	1476	logfile
✘	8TCF	41153	2024-07-19	2023-06-30	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7050	878	9	0	22	0	logfile
✘	8PN8	17778	2024-07-26	2023-06-30	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34298	4314	36	0	12	866	logfile
✘	8JXH	36701	2024-07-20	2023-06-30	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11503	1423	11	0	51	0	logfile
✘	8JXB	36695	2024-07-20	2023-06-30	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10971	1374	9	0	48	0	logfile
✘	8JXG	36700	2024-07-20	2023-06-30	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9810	1187	11	0	58	0	logfile
✘	8JXC	36696	2024-07-20	2023-06-30	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10704	1338	7	0	47	0	logfile
✘	8JXJ	36703	2024-07-20	2023-06-30	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9158	1140	8	0	26	0	logfile