cryo-EM Re-Refine

Table showing results for July 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8P65	17461	2024-07-26	2023-05-25	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33820	4278	28	0	8	0	0	logfile
✘	8SY5	40862	2024-07-23	2023-05-24	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21411	2682	16	45	3	375	0	logfile
✘	8SY7	40864	2024-07-23	2023-05-24	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21159	2737	16	43	3	413	0	logfile
✘	8SXZ	40861	2024-07-28	2023-05-24	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45263	2783	12	4	4	0	22723	logfile
✘	8JHC	36262	2024-07-19	2023-05-23	3.3	2.39	3.35	2.1	0.004	0.70	0.0	0.05	14.17	0.01	2.227	5.42	0.00	5.7	94.3	0.0	-1.38	0.75	0.76	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7563	986	4	0	0	0	0	logfile
✘	8P4o	17421	2024-07-26	2023-05-23	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34605	4712	29	0	28	21	0	logfile
✘	8P4N	17420	2024-07-26	2023-05-23	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32130	4333	28	0	28	133	0	logfile
✘	8P4T	17428	2024-07-20	2023-05-23	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9976	1122	24	0	64	0	0	logfile
✘	8SXi	40853	2024-07-22	2023-05-22	4.5	4.37	4.48	4.3	0.006	1.00	0.0	0.06	14.40	0.01	1.987	5.43	0.05	6.2	93.4	0.4	-1.44	0.60	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19257	2439	12	0	0	0	0	logfile
✘	8SX9	40828	2024-07-22	2023-05-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18596	1153	1	0	0	0	9418	logfile
✘	8SXA	40829	2024-07-22	2023-05-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18596	1153	1	0	0	0	9418	logfile
✘	8SWW	40823	2024-07-21	2023-05-19	3.4	3.55	3.37	3.5	0.021	1.69	0.0	0.12	10.73	0.01	2.231	0.95	0.00	2.7	97.3	0.0	0.60	0.60	0.80	3.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14799	1657	20	0	267	0	0	logfile
✘	8SX3	40825	2024-07-18	2023-05-19	4.0	4.24	4.01	4.2	0.010	1.45	0.0	0.07	14.59	0.01	2.144	2.53	0.00	1.8	98.2	0.0	0.92	0.77	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4816	614	6	0	2	0	0	logfile
✘	8P30	17381	2024-07-23	2023-05-16	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21074	2644	14	0	36	0	0	logfile
✘	8P2Z	17380	2024-07-18	2023-05-16	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4641	603	4	0	3	0	0	logfile
✘	8JEJ	36190	2024-07-19	2023-05-16	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8604	1089	5	0	6	0	0	logfile
✘	8JEW	36201	2024-07-19	2023-05-16	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8284	1024	4	0	20	6	0	logfile
✘	8P31	17382	2024-07-23	2023-05-16	3.24	3.64	3.30	3.5	0.004	0.61	0.0	0.04	14.19	0.01	2.129	6.72	0.68	3.0	97.0	0.0	1.09	0.71	0.82	2.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20752	2644	12	0	26	0	0	logfile
✘	8JF1	36206	2024-07-22	2023-05-16	2.85	2.80	2.83	3.0	0.015	1.88	0.0	0.08	14.78	0.01	0.001	6.41	0.71	2.6	97.4	0.0	-1.90	0.66	0.83	4.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16884	2052	8	0	32	8	0	logfile
✘	8JEK	36191	2024-07-20	2023-05-16	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8623	1089	5	0	6	0	0	logfile