cryo-EM Re-Refine

Table showing results for July 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✘	6CVM	7770	2024-07-27	2018-03-28	1.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37062	4084	12	0	20	4194	logfile
✘	6CP7	7549	2024-07-19	2018-03-13	4.1	4.11	—	4.1	0.008	1.42	0.0	0.07	13.16	0.01	1.577	14.52	3.98	6.6	92.9	0.5	-4.99	0.50	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9164	1234	16	0	0	0	logfile
✘	6CoY	7544	2024-07-19	2018-03-13	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7156	930	4	0	4	0	logfile
✘	6Co7	7542	2024-07-27	2018-03-12	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35255	4244	12	0	75	0	logfile
✘	6CNo	7539	2024-07-21	2018-03-08	4.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15428	2024	12	0	12	0	logfile
✘	6CNN	7538	2024-07-21	2018-03-08	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15740	2024	16	0	28	0	logfile
✘	6CNA	7529	2024-07-23	2018-03-07	4.6	5.89	—	5.8	0.007	0.93	0.0	0.05	13.75	0.01	2.021	26.55	0.00	9.7	90.1	0.3	-4.80	0.57	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	3160	14	0	22	0	logfile
✘	6FTX	4318	2024-07-23	2018-02-25	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21049	1808	14	319	2	0	logfile
✘	6CiJ	7480	2024-07-22	2018-02-24	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20413	2045	13	212	4	0	logfile
✘	6CG0	7470	2024-07-22	2018-02-19	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20080	1989	13	212	4	0	logfile
✘	6CFW	7468	2024-07-22	2018-02-17	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19589	2530	17	0	4	0	logfile
✘	6CES	7464	2024-07-22	2018-02-12	4.0	4.18	—	4.1	0.007	1.32	0.0	0.07	12.25	0.01	2.231	7.28	0.99	16.8	82.8	0.4	-5.29	0.80	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18988	2348	6	0	1	0	logfile
✘	6CAJ	7442	2024-07-24	2018-01-31	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24295	3210	11	0	1	0	logfile
✘	6C96	7434	2024-07-20	2018-01-25	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12090	1446	6	0	8	0	logfile
✘	6C66	7347	2024-07-27	2018-01-17	3.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36255	4270	16	147	2	0	logfile
✘	6C4H	7340	2024-07-21	2018-01-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15326	184	8	648	34	0	logfile
✘	5Z3V	6883	2024-07-22	2018-01-08	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16758	1339	12	292	3	0	logfile
✘	5Z3U	6882	2024-07-22	2018-01-08	4.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16766	1341	12	292	3	0	logfile
✘	6C1D	7329	2024-07-23	2018-01-04	3.2	3.76	3.12	3.3	0.010	1.21	4.0	0.08	11.57	0.01	1.605	9.68	1.06	8.2	91.8	0.0	-4.37	0.63	0.78	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21049	2758	15	0	13	0	logfile
✘	6BZo	7319	2024-07-25	2017-12-25	3.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27262	3353	13	57	4	6	logfile