cryo-EM Re-Refine

Table showing results for July 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6BWi	7299	2024-07-23	2017-12-15	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23491	2484	8	0	813	0	0	logfile
✘	6BTM	7286	2024-07-22	2017-12-07	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18934	2361	9	0	10	0	0	logfile
✘	5YW7	6847	2024-07-20	2017-11-29	4.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8944	1140	2	0	2	0	0	logfile
✘	6BQV	7133	2024-07-25	2017-11-28	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29716	3728	8	0	16	0	0	logfile
✘	6F0K	4165	2024-07-27	2017-11-20	3.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39868	2504	10	0	10	0	19577	logfile
✘	6EZo	4162	2024-07-22	2017-11-16	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18758	3367	11	0	1	0	0	logfile
✘	5YQ7	6828	2024-07-23	2017-11-05	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20009	2107	68	0	120	0	0	logfile
✘	6BGi	7095	2024-07-19	2017-10-28	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7774	1020	4	0	4	0	0	logfile
✘	6BGJ	7096	2024-07-19	2017-10-28	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7418	980	4	0	2	0	0	logfile
✘	6ET5	3951	2024-07-26	2017-10-25	2.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31994	3492	92	0	75	0	0	logfile
✘	6BE1	7088	2024-07-25	2017-10-24	4.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16910	1995	26	0	41	11	0	logfile
✘	6BCJ	7081	2024-07-25	2017-10-20	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29868	3744	9	0	4	8	0	logfile
✘	6BCL	7082	2024-07-25	2017-10-20	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30474	3868	5	0	2	0	0	logfile
✘	5YKE	6831	2024-07-25	2017-10-14	4.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30636	3912	12	0	4	0	0	logfile
✘	6BAA	7073	2024-07-28	2017-10-12	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44852	6552	16	0	8	0	0	logfile
✘	6EoJ	3908	2024-07-21	2017-10-09	3.55	3.58	3.51	3.6	0.007	1.33	7.0	0.09	16.65	0.00	2.526	9.73	4.80	10.1	88.2	1.7	-3.75	0.59	0.78	2.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13688	1710	5	0	7	0	0	logfile
✘	6B5V	7058	2024-07-22	2017-09-29	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18933	2356	8	0	5	0	0	logfile
✘	6B40	7046	2024-07-21	2017-09-25	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16202	1800	14	100	42	0	0	logfile
✘	5oYB	3860	2024-07-20	2017-09-08	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11770	1436	4	0	4	0	0	logfile
✘	6AP1	8887	2024-07-22	2017-08-16	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18838	2404	25	0	14	0	0	logfile