Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7T92	25750	2024-08-07	2021-12-17	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18777	1159	8	0	25	0	9156	logfile
✘	7T6X	25730	2024-08-04	2021-12-14	3.83	4.14	3.83	4.0	0.022	1.97	0.0	0.13	15.96	0.02	1.505	3.89	0.00	3.8	96.1	0.1	-0.16	0.77	0.82	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9217	1140	19	0	37	0	0	logfile
✘	7W94	32360	2024-08-09	2021-12-09	3.4	3.02	—	3.6	0.003	0.67	0.0	0.05	13.57	0.01	2.288	3.37	0.14	3.4	96.6	0.0	-4.24	0.78	0.74	1.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25082	3206	3	0	0	0	0	logfile
✘	7T0Z	25585	2024-08-11	2021-11-30	3.0	2.77	2.88	2.9	0.006	0.74	1.0	0.05	14.33	0.01	1.966	7.00	0.00	5.2	94.8	0.0	-0.22	0.66	0.80	3.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31129	1912	17	0	26	0	15348	logfile
✘	7QDS	13925	2024-08-05	2021-11-30	3.8	3.53	3.57	3.7	0.005	0.86	1.0	0.05	14.59	0.01	2.067	14.28	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.33	0.80	0.82	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13798	1771	4	0	0	0	0	logfile
✘	7T02	25577	2024-08-05	2021-11-29	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14359	1752	4	25	5	0	0	logfile
✘	7QDo	13922	2024-08-02	2021-11-27	3.6	3.83	3.30	3.7	0.005	0.82	0.0	0.05	11.62	0.00	2.223	7.51	0.00	10.0	90.0	0.0	-0.82	0.71	0.74	3.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3304	424	2	0	0	0	0	logfile
✘	7QDH	13919	2024-08-09	2021-11-27	4.2	4.45	4.27	4.4	0.011	1.50	16.0	0.10	14.72	0.01	1.441	62.81	7.70	4.0	95.6	0.4	0.10	0.70	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25712	3219	16	0	44	0	0	logfile
✘	7SXT	25505	2024-08-09	2021-11-24	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.67	—	—	2.91	2.7	0.003	0.60	0.0	0.04	13.90	0.00	2.478	5.62	0.62	1.8	98.2	0.0	0.55	—	0.85	0.86	3.15	25248	3120	24	0	60	0	0	logfile
✘	7QBA	13885	2024-08-10	2021-11-18	3.78	3.61	—	3.7	0.006	1.07	18.0	0.06	14.32	0.01	1.363	16.56	0.72	5.6	94.1	0.4	-1.57	0.50	0.82	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20986	2694	11	0	6	0	0	logfile
✘	7W0M	32244	2024-08-04	2021-11-18	3.71	2.51	3.74	2.2	0.004	0.76	0.0	0.05	14.11	0.00	2.230	11.46	0.00	5.6	94.4	0.0	-1.90	0.73	0.74	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8929	1134	6	0	1	0	0	logfile
✘	7STX	25438	2024-08-03	2021-11-15	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8611	1049	5	0	30	0	0	logfile
✘	7STM	25433	2024-08-09	2021-11-14	3.02	3.45	—	3.3	0.008	0.93	0.0	0.05	11.88	0.00	2.229	1.33	0.31	2.4	97.6	0.0	2.06	0.68	0.82	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25040	1602	4	0	12	0	12100	logfile
✘	7STo	25435	2024-08-09	2021-11-14	3.15	3.45	—	3.3	0.007	0.88	0.0	0.04	11.85	0.00	2.289	1.13	0.15	2.3	97.7	0.0	1.91	0.68	0.82	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25210	1580	4	0	10	0	12268	logfile
✘	7STN	25434	2024-08-09	2021-11-14	3.19	3.43	—	3.4	0.006	0.78	0.0	0.04	11.72	0.00	2.366	1.05	0.15	2.2	97.8	0.0	2.30	0.66	0.80	3.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25188	1580	4	0	10	0	12256	logfile
✘	7VX5	32169	2024-08-03	2021-11-12	3.8	4.03	—	4.1	0.003	0.65	0.0	0.04	9.06	0.00	2.246	7.43	0.14	1.0	99.0	0.0	-2.69	0.56	0.68	2.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6487	791	4	0	6	0	0	logfile
✘	7Q9K	13872	2024-08-09	2021-11-12	4.5	7.17	—	4.5	0.005	0.88	1.0	0.05	11.19	0.01	1.447	5.50	0.44	3.7	95.9	0.4	0.13	0.82	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27225	3388	25	0	60	0	0	logfile
✘	7VX1	32167	2024-08-09	2021-11-12	3.5	2.44	—	3.4	0.002	0.49	1.0	0.04	7.46	0.00	1.753	8.22	0.00	4.3	95.7	0.1	-2.11	0.63	0.59	1.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25362	3237	3	0	0	0	0	logfile
✘	7Q5B	13831	2024-08-08	2021-11-03	3.98	3.20	—	3.1	0.004	0.91	0.0	0.05	21.26	0.01	2.231	9.48	0.10	13.2	86.5	0.2	-2.85	0.72	0.60	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21746	2255	13	168	0	0	0	logfile
✘	7VUG	32127	2024-08-04	2021-11-02	3.2	2.20	—	2.0	0.004	0.61	0.0	0.04	13.56	0.00	2.099	11.94	0.00	6.3	93.7	0.0	-0.75	0.73	0.72	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8924	1127	6	0	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 23 of 39
• next →