Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7SPC	24770	2024-08-10	2021-11-02	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.98	—	—	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.65	—	—	—	3.01	29716	3978	34	0	0	0	0	logfile
✘	7Q3L	13793	2024-08-07	2021-10-28	2.21	2.93	2.31	2.6	0.008	1.50	26.0	0.12	15.89	0.01	1.876	2.99	2.50	3.2	96.8	0.0	-1.25	0.81	0.86	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20470	2440	16	41	4	180	0	logfile
✘	7SN3	25210	2024-08-09	2021-10-27	3.1	3.31	—	3.2	0.009	1.11	4.0	0.07	14.89	0.01	1.922	5.26	0.10	0.4	99.3	0.3	-0.84	0.75	0.82	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27447	3451	15	0	54	0	0	logfile
✘	7SMS	25207	2024-08-06	2021-10-26	3.18	3.33	—	3.3	0.006	0.78	0.0	0.05	17.59	0.00	2.187	5.21	0.00	2.8	97.2	0.0	1.21	0.78	0.85	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17051	2015	15	0	32	0	0	logfile
✘	7Q0A	13742	2024-08-09	2021-10-14	4.8	5.34	—	4.9	0.003	0.58	0.0	0.05	11.43	0.00	2.216	4.45	0.34	3.9	96.1	0.1	-0.52	0.78	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25125	3193	19	0	49	0	0	logfile
✘	7VNC	32038	2024-08-10	2021-10-10	3.7	3.77	—	3.7	0.009	0.77	0.0	0.05	18.01	0.00	2.149	9.92	0.00	6.4	93.6	0.0	-2.21	0.64	0.71	1.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26716	3325	22	0	51	0	0	logfile
✘	7SD3	25045	2024-08-09	2021-09-29	3.67	4.22	—	4.0	0.011	1.28	5.0	0.07	17.09	0.01	1.424	11.65	7.23	9.9	90.1	0.1	-4.66	0.80	0.75	1.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25256	3111	27	0	60	0	0	logfile
✘	7SCJ	25036	2024-08-04	2021-09-28	3.4	2.31	2.97	2.0	0.004	0.60	0.0	0.05	14.79	0.01	2.200	9.22	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.25	0.75	0.72	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9336	1131	6	2	7	0	0	logfile
✘	7PRo	13609	2024-08-03	2021-09-22	3.0	3.28	3.20	3.2	0.012	1.09	0.0	0.06	13.80	0.01	2.192	7.00	0.00	4.8	95.2	0.0	-1.65	0.61	0.84	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9032	1160	2	0	0	0	0	logfile
✘	7S9V	24938	2024-08-05	2021-09-21	3.3	3.25	—	3.4	0.007	0.86	0.0	0.05	13.96	0.01	2.257	2.04	0.00	5.1	94.9	0.0	-1.75	0.83	0.82	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14286	1825	3	0	1	0	0	logfile
✘	7PPo	13583	2024-08-04	2021-09-14	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10990	1383	5	0	2	0	0	logfile
✘	7S60	24845	2024-08-08	2021-09-12	3.7	4.13	—	4.0	0.009	1.42	3.0	0.07	16.09	0.01	2.157	3.93	1.35	5.3	94.6	0.1	-5.53	0.65	0.83	1.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21086	2679	6	0	4	0	0	logfile
✘	7VDD	31914	2024-08-05	2021-09-06	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11940	1044	10	0	0	0	3736	logfile
✘	7VC4	31888	2024-08-06	2021-09-01	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16311	1046	10	0	0	0	8079	logfile
✘	7RZW	24780	2024-08-05	2021-08-27	3.3	3.02	3.30	3.3	0.006	1.01	0.0	0.06	15.42	0.01	2.321	7.55	0.88	5.8	94.2	0.0	-2.54	0.75	0.75	1.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13616	1723	4	0	2	0	0	logfile
✘	7V7F	31769	2024-08-09	2021-08-21	2.9	3.82	—	3.2	0.005	0.63	0.0	0.05	13.39	0.00	2.061	7.26	0.00	5.1	94.7	0.1	-0.13	0.88	0.86	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25503	3114	42	0	84	0	0	logfile
✘	7V7G	31770	2024-08-09	2021-08-21	3.1	3.93	—	3.3	0.004	0.62	0.0	0.05	13.60	0.00	2.168	7.85	0.04	5.6	94.3	0.1	-0.14	0.87	0.85	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25461	3114	39	0	81	0	0	logfile
✘	7V7N	31775	2024-08-09	2021-08-21	2.9	3.77	—	3.2	0.005	0.62	0.0	0.05	13.98	0.00	2.171	6.62	0.00	5.4	94.4	0.1	0.11	0.89	0.87	2.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25430	3101	42	0	85	0	0	logfile
✘	7V7A	31764	2024-08-09	2021-08-21	3.4	3.92	—	3.8	0.004	0.61	0.0	0.05	14.86	0.00	2.137	7.80	0.04	3.8	96.1	0.1	-0.10	0.77	0.77	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25579	3119	38	0	86	0	0	logfile
✘	7V7E	31768	2024-08-09	2021-08-21	2.9	3.84	—	3.2	0.004	0.62	0.0	0.05	14.06	0.00	2.106	7.79	0.00	5.0	95.0	0.1	-0.18	0.87	0.84	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25340	3093	40	0	82	0	0	logfile

• ← previous
• Page 24 of 39
• next →