Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7PiJ	13438	2024-08-03	2021-08-20	3.78	4.14	—	4.1	0.015	1.17	0.0	0.05	13.54	0.01	1.166	13.45	0.11	10.6	89.3	0.1	-3.26	0.50	0.53	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8194	1068	8	0	0	16	0	logfile
✘	7RWA	24712	2024-08-06	2021-08-19	4.7	5.66	4.89	4.6	0.003	0.89	0.0	0.05	5.84	0.00	1.914	2.65	0.00	5.8	93.7	0.5	-0.12	0.84	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16158	3244	10	0	0	0	0	logfile
✘	7V61	31732	2024-08-10	2021-08-18	3.2	3.38	—	3.2	0.007	0.97	2.0	0.07	15.53	0.01	1.986	21.56	5.08	9.3	88.8	1.9	-5.19	0.70	0.77	2.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29076	3586	28	0	40	4	0	logfile
✘	7PHP	13424	2024-08-03	2021-08-18	3.47	3.48	—	3.6	0.017	0.90	0.0	0.05	14.25	0.01	2.182	6.60	0.11	7.0	93.0	0.0	-1.50	0.72	0.83	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1134	8	0	0	21	0	logfile
✘	7RU5	24697	2024-08-10	2021-08-16	3.6	4.35	3.76	3.7	0.020	1.82	0.0	0.12	10.14	0.01	2.413	0.95	0.06	2.9	97.1	0.0	0.47	0.84	0.72	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.33	—	—	—	1.95	28673	3611	20	0	40	0	0	logfile
✘	7V4i	31712	2024-08-09	2021-08-13	3.3	3.91	—	3.9	0.003	0.58	0.0	0.04	14.20	0.01	2.079	10.39	0.00	5.5	94.5	0.0	-1.15	0.70	0.74	1.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27680	3560	10	0	0	0	0	logfile
✘	7PBQ	13299	2024-08-11	2021-08-02	3.1	3.08	—	3.0	0.004	0.72	0.0	0.04	14.86	0.01	1.821	1.53	0.19	1.2	98.8	0.0	-0.62	0.81	0.84	3.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31323	1918	15	30	10	0	15439	logfile
✘	7FFL	31568	2024-08-09	2021-07-23	3.1	3.25	—	3.2	0.007	0.96	4.0	0.07	9.55	0.01	2.092	5.13	0.35	6.7	93.2	0.2	-3.39	0.46	0.81	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25767	3336	18	0	3	0	0	logfile
✘	7RHR	24467	2024-08-03	2021-07-18	3.0	3.18	—	3.1	0.006	0.84	0.0	0.05	11.89	0.01	2.131	9.63	0.00	5.1	94.8	0.1	-0.44	0.68	0.81	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7820	974	3	0	7	0	0	logfile
✘	7FCE	31525	2024-08-09	2021-07-14	3.1	3.19	—	3.1	0.010	0.98	0.0	0.07	12.93	0.01	2.343	1.98	0.99	4.6	95.3	0.2	-0.85	0.73	0.74	1.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25542	3125	33	0	78	0	0	logfile
✘	7RBU	24402	2024-08-02	2021-07-06	3.7	2.38	—	2.2	0.006	0.80	0.0	0.05	12.81	0.00	2.167	6.95	0.00	9.1	90.7	0.2	-2.50	0.74	0.77	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4107	510	6	0	7	0	0	logfile
✘	7F9W	31499	2024-08-02	2021-07-05	3.2	3.72	—	3.6	0.005	0.68	0.0	0.04	12.99	0.00	2.114	9.28	0.63	4.5	95.5	0.0	0.24	0.76	0.80	3.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4217	547	3	0	0	0	0	logfile
✘	7RB9	24400	2024-08-05	2021-07-05	3.76	4.01	3.83	3.9	0.003	0.57	0.0	0.04	14.69	0.00	2.228	9.31	0.00	3.2	96.8	0.0	0.60	0.59	0.85	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14193	1786	7	0	6	0	0	logfile
✘	7RB2	24392	2024-08-10	2021-07-05	3.27	3.28	—	3.2	0.008	0.74	0.0	0.05	14.45	0.00	2.075	7.71	0.33	5.1	94.9	0.0	-1.06	0.74	0.85	4.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16386	2082	6	0	0	0	0	logfile
✘	7P1G	13158	2024-08-10	2021-07-01	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28580	3620	30	5	25	0	0	logfile
✘	7P1H	13159	2024-08-05	2021-07-01	3.9	4.12	—	3.9	0.005	1.01	0.0	0.05	14.38	0.01	2.016	12.38	0.00	5.7	94.3	0.0	-1.60	0.81	0.60	0.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13966	898	4	0	2	0	6926	logfile
✘	7P14	13155	2024-08-02	2021-07-01	3.66	3.82	3.50	3.8	0.004	0.63	0.0	0.04	19.09	0.00	2.295	7.45	0.00	2.7	97.3	0.0	1.11	0.60	0.78	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3796	454	3	0	3	0	0	logfile
✘	7oZV	13138	2024-08-03	2021-06-28	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8409	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7oZU	13135	2024-08-03	2021-06-28	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8408	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7F73	31484	2024-08-02	2021-06-27	4.0	4.29	3.95	4.3	0.007	1.07	0.0	0.06	15.26	0.00	2.247	11.96	4.10	3.1	96.9	0.0	0.17	0.57	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4934	586	2	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 25 of 39
• next →