Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7R8N	24319	2024-08-10	2021-06-26	3.55	3.89	—	3.8	0.008	1.53	7.0	0.09	14.07	0.01	2.148	12.60	1.48	5.9	94.1	0.0	-1.20	0.68	0.63	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29719	3813	16	0	35	0	0	logfile
✘	7F62	31470	2024-08-02	2021-06-24	3.6	4.33	—	4.1	0.003	0.65	0.0	0.04	13.21	0.00	1.925	19.73	1.38	8.1	91.6	0.2	-2.76	0.66	0.62	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3321	427	3	0	0	0	0	logfile
✘	7R77	24294	2024-08-06	2021-06-24	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14980	1830	4	25	5	0	0	logfile
✘	7R78	24295	2024-08-06	2021-06-24	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15238	1881	5	18	7	0	0	logfile
✘	7F5U	31467	2024-08-07	2021-06-22	4.1	4.16	—	3.9	0.007	0.80	0.0	0.04	14.71	0.00	2.101	24.28	0.00	12.3	87.6	0.1	-4.58	0.82	0.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20744	2740	4	0	0	0	0	logfile
✘	7NAF	24271	2024-08-07	2021-06-21	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18868	1342	18	378	0	2	0	logfile
✘	7F56	31459	2024-08-10	2021-06-21	4.1	4.62	—	3.9	0.009	1.12	3.0	0.10	15.31	0.01	1.831	27.58	0.50	10.6	89.4	0.0	-2.66	0.78	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27834	3468	13	0	28	0	0	logfile
✘	7F58	31461	2024-08-03	2021-06-21	3.1	3.11	—	3.1	0.008	0.79	0.0	0.05	13.30	0.01	2.279	9.42	0.23	2.5	97.4	0.1	0.89	0.67	0.78	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8065	1021	7	0	2	7	0	logfile
✘	7N9T	24262	2024-08-10	2021-06-18	3.18	3.58	3.19	3.3	0.003	0.95	0.0	0.12	12.54	0.00	2.032	4.89	2.91	3.8	96.1	0.1	0.13	0.72	0.67	1.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28884	3726	6	0	0	0	0	logfile
✘	7F3T	31440	2024-08-02	2021-06-17	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5632	660	4	0	2	0	0	logfile
✘	7N7P	24230	2024-08-02	2021-06-10	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5400	626	4	0	2	0	0	logfile
✘	7N62	24192	2024-08-02	2021-06-07	4.0	3.42	—	3.9	0.006	0.82	0.0	0.05	13.90	0.01	2.203	21.20	0.00	14.9	85.1	0.0	-2.74	0.73	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5613	712	4	0	5	0	0	logfile
✘	7F0L	31400	2024-08-09	2021-06-05	2.94	2.47	—	3.0	0.019	1.90	0.0	0.06	22.13	0.02	1.988	10.82	1.93	2.9	97.1	0.0	0.03	0.65	0.82	4.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23458	2277	66	0	112	0	0	logfile
✘	7N5G	24189	2024-08-02	2021-06-05	2.4	2.16	2.42	1.5	0.022	1.51	0.0	0.09	10.57	0.01	2.386	0.17	0.00	0.8	99.2	0.0	1.84	0.40	0.79	3.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2926	371	2	0	1	0	0	logfile
✘	7oQH	12701	2024-08-06	2021-06-03	3.32	3.46	3.31	3.4	0.004	0.62	0.0	0.04	14.79	0.01	1.967	11.39	0.00	6.5	93.5	0.0	-0.13	0.72	0.79	0.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16824	2169	12	0	11	0	0	logfile
✘	7EZM	31389	2024-08-03	2021-06-01	2.9	2.20	—	2.0	0.011	1.07	1.0	0.07	13.16	0.01	2.228	4.78	0.94	3.8	96.2	0.0	-0.87	0.76	0.76	3.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9008	1171	6	0	0	0	0	logfile
✘	7N3N	24141	2024-08-05	2021-06-01	3.33	3.58	3.42	3.5	0.005	0.83	1.0	0.05	13.63	0.01	1.756	10.48	0.22	5.3	94.7	0.0	-0.92	0.63	0.73	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13026	1663	4	0	2	0	0	logfile
✘	7EZ2	31386	2024-08-03	2021-06-01	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8698	0	4	406	31	0	0	logfile
✘	7N33	24137	2024-08-06	2021-05-31	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16524	2076	12	12	0	0	0	logfile
✘	7N1Q	24121	2024-08-09	2021-05-28	2.9	2.77	—	2.2	0.014	1.79	10.0	0.11	14.37	0.01	1.939	4.21	1.29	6.1	93.2	0.6	-1.52	0.83	0.82	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27012	3281	34	0	94	0	0	logfile

• ← previous
• Page 26 of 39
• next →