Table showing results for August 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8K0A	36758	2024-08-06	2023-07-07	3.12	3.92	3.22	3.6	0.003	0.61	0.0	0.04	15.54	0.00	2.189	5.09	0.00	2.3	97.7	0.0	-0.50	0.88	0.82	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14952	1845	6	0	0	0	0	logfile
✘	8TER	41198	2024-08-02	2023-07-06	2.59	2.80	2.25	2.8	0.007	0.89	0.0	0.05	18.43	0.01	2.289	10.67	0.00	6.1	93.9	0.0	-4.34	0.66	0.90	5.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5780	700	40	0	0	240	0	logfile
✘	8JZL	36746	2024-08-08	2023-07-05	2.62	3.57	2.71	3.2	0.009	0.67	0.0	0.05	12.91	0.00	2.353	6.06	0.00	5.3	94.7	0.0	1.22	0.86	0.88	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23184	2988	6	0	0	0	0	logfile
✘	8JZ7	36736	2024-08-03	2023-07-04	2.6	2.26	—	1.9	0.006	0.85	0.0	0.05	13.85	0.01	2.197	15.42	0.61	7.0	93.0	0.0	-2.16	0.75	0.73	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9042	1144	6	0	1	0	0	logfile
✘	8JYU	36731	2024-08-09	2023-07-03	2.19	2.31	2.22	2.3	0.004	0.66	0.0	0.05	14.45	0.00	2.229	6.37	0.14	4.3	95.5	0.2	0.10	0.54	0.71	5.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25542	3180	12	0	18	0	0	logfile
✘	8JYM	36726	2024-08-09	2023-07-03	2.79	3.39	2.76	3.2	0.004	0.55	0.0	0.05	12.78	0.00	0.546	6.93	0.00	3.6	96.4	0.0	0.19	0.83	0.85	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24924	3099	12	0	48	0	0	logfile
✘	8JXP	36708	2024-08-02	2023-07-01	2.7	3.07	2.80	3.0	0.009	1.33	6.0	0.09	22.33	0.02	1.644	18.04	24.41	6.9	91.2	1.9	-2.49	0.65	0.81	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6294	786	9	0	21	9	0	logfile
✘	8JXo	36707	2024-08-02	2023-07-01	2.7	3.04	2.81	3.0	0.009	1.33	6.0	0.09	22.33	0.02	1.645	18.53	24.41	6.9	91.2	1.9	-2.50	0.65	0.84	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6294	786	9	0	21	9	0	logfile
✘	8JWi	36684	2024-08-04	2023-06-29	2.94	3.38	3.21	3.4	0.005	0.81	0.0	0.04	9.61	0.00	2.035	1.42	0.00	6.7	93.3	0.0	-3.73	0.65	0.78	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9431	1164	2	0	4	0	0	logfile
✘	8T6T	41080	2024-08-05	2023-06-18	3.04	3.66	3.12	3.4	0.005	1.34	0.0	0.10	18.87	0.01	2.222	4.86	0.48	2.7	97.3	0.0	-1.61	0.82	0.87	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12306	1168	4	129	0	0	0	logfile
✘	8T6Q	41077	2024-08-09	2023-06-16	3.5	3.72	3.54	3.7	0.003	0.56	0.0	0.04	15.87	0.00	2.051	6.48	0.51	2.9	97.1	0.0	0.34	0.69	0.76	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25482	1620	12	0	0	0	12534	logfile
✘	8PBL	17586	2024-08-09	2023-06-09	2.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26261	3171	10	68	3	0	0	logfile
✘	8PBB	17583	2024-08-05	2023-06-09	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13334	1684	6	0	2	0	0	logfile
✘	8T3Y	41016	2024-08-05	2023-06-08	3.47	3.65	3.22	3.4	0.004	0.64	0.0	0.04	26.54	0.00	2.284	6.78	1.74	2.8	97.2	0.0	-1.27	0.87	0.87	2.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13001	886	14	292	4	0	0	logfile
✘	8PB1	17580	2024-08-03	2023-06-08	3.5	3.99	3.47	3.7	0.005	0.86	0.0	0.06	15.49	0.01	2.253	6.71	0.26	3.7	96.3	0.0	-0.98	0.75	0.78	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6652	829	8	0	8	1	0	logfile
✘	8T3Q	41008	2024-08-03	2023-06-07	3.14	3.59	3.25	3.6	0.008	1.15	2.0	0.07	14.66	0.01	2.144	11.89	1.75	4.3	95.6	0.1	-1.14	0.45	0.67	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9035	1159	6	0	1	0	0	logfile
✘	8P99	17576	2024-08-09	2023-06-05	3.4	2.53	3.36	2.2	0.012	1.53	11.0	0.11	14.99	0.01	1.100	60.68	8.63	3.7	95.8	0.5	0.79	0.75	0.71	1.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25713	3219	16	0	44	0	0	logfile
✘	8T15	40955	2024-08-09	2023-06-01	2.7	2.92	2.77	2.9	0.002	0.53	0.0	0.04	16.28	0.00	2.440	0.55	0.00	1.5	98.5	0.0	1.81	0.63	0.80	6.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25656	1608	12	0	0	0	12612	logfile
✘	8P82	17539	2024-08-09	2023-05-31	3.36	4.33	3.37	3.4	0.013	1.11	2.0	0.09	12.80	0.01	2.221	0.89	0.07	3.8	96.0	0.2	-0.97	0.84	0.70	0.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25156	3192	4	0	6	0	0	logfile
✘	8P7D	17530	2024-08-04	2023-05-30	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9686	1008	6	83	3	1	0	logfile

• ← previous
• Page 6 of 39
• next →