Table showing results for September 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9ENP	19837	2025-09-17	2024-03-13	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11552	1338	7	48	4	7	0	logfile
✘	9B1K	44082	2025-09-17	2024-03-13	3.3	3.55	3.32	3.5	0.006	0.74	0.0	0.04	10.55	0.00	2.265	1.26	0.00	1.8	98.2	0.0	0.11	0.55	0.79	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3911	512	2	0	1	0	0	logfile
✘	8YMS	39406	2025-09-18	2024-03-10	3.14	3.32	3.16	3.3	0.003	0.81	0.0	0.06	13.52	0.00	2.086	18.93	0.00	8.7	90.6	0.6	-2.03	0.49	0.65	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15975	1086	3	0	0	0	7173	logfile
✘	9EM9	19814	2025-09-17	2024-03-07	3.76	4.06	3.82	4.0	0.004	0.75	0.0	0.04	14.92	0.01	1.853	3.14	0.00	5.1	94.9	0.0	-0.71	0.80	0.71	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8182	1024	4	0	4	0	0	logfile
✘	8YLU	39391	2025-09-17	2024-03-06	2.8	3.09	2.94	3.1	0.003	0.51	0.0	0.04	20.36	0.00	2.152	6.37	0.89	3.1	96.9	0.0	-0.03	0.65	0.82	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11441	1308	7	44	1	0	0	logfile
✘	9AU2	43842	2025-09-19	2024-02-28	3.1	3.34	3.11	3.3	0.005	0.64	2.0	0.05	9.79	0.01	2.030	3.69	1.16	3.0	96.9	0.1	-0.91	0.63	0.73	5.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23745	3419	20	0	49	0	0	logfile
✘	9AU8	43874	2025-09-17	2024-02-28	3.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5393	641	4	15	2	0	0	logfile
✘	8YGJ	39253	2025-09-19	2024-02-26	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19466	1777	6	241	0	0	0	logfile
✘	8W2Q	43755	2025-09-18	2024-02-21	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20757	2306	7	82	2	0	0	logfile
✘	8W2P	43754	2025-09-18	2024-02-20	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20780	2305	8	82	3	5	0	logfile
✘	8YA2	39088	2025-09-18	2024-02-07	3.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12899	1624	8	0	4	0	0	logfile
✘	8YA0	39087	2025-09-18	2024-02-07	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13920	1755	9	0	4	0	0	logfile
✘	8VY7	43647	2025-09-17	2024-02-07	2.68	2.20	2.71	2.0	0.005	0.71	0.0	0.05	14.10	0.00	2.245	3.66	0.00	3.5	96.5	0.0	-0.25	0.80	0.82	3.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8811	1136	6	0	2	0	0	logfile
✘	8Y8J	39048	2025-09-17	2024-02-06	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5069	608	10	0	18	0	0	logfile
✘	8Y8o	39053	2025-09-19	2024-02-06	2.94	3.07	2.87	3.1	0.104	0.59	0.0	0.03	16.73	0.00	0.000	7.80	1.04	2.4	97.6	0.0	0.25	0.69	0.85	4.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22656	3024	12	0	0	0	0	logfile
✘	8Y8W	39062	2025-09-19	2024-02-06	2.43	2.48	2.31	2.5	0.101	0.64	0.0	0.04	14.70	0.00	0.000	6.03	0.52	3.1	96.9	0.0	0.55	0.72	0.87	3.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23040	3084	12	0	0	0	0	logfile
✘	8Y9E	39075	2025-09-18	2024-02-06	2.95	3.10	2.96	3.1	0.010	0.66	0.0	0.05	12.36	0.00	2.128	7.30	0.56	5.0	95.0	0.0	-3.86	0.67	0.79	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13076	1640	4	0	0	0	0	logfile
✘	8Y8N	39052	2025-09-19	2024-02-06	3.12	3.25	3.03	3.3	0.106	0.66	0.0	0.04	15.88	0.00	0.000	11.14	0.97	4.5	95.5	0.0	-1.40	0.67	0.84	3.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24168	3204	12	0	0	0	0	logfile
✘	8Y8R	39056	2025-09-19	2024-02-06	3.39	3.60	3.30	3.6	0.107	0.66	0.0	0.04	15.54	0.00	0.000	11.10	1.94	3.8	95.8	0.4	-1.54	0.73	0.87	3.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24528	3204	24	0	12	0	0	logfile
✘	8Y8P	39054	2025-09-19	2024-02-06	2.9	3.04	2.80	3.0	0.100	0.61	0.0	0.03	15.89	0.00	0.000	11.08	0.52	6.4	93.6	0.0	-1.29	0.66	0.84	4.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22644	3024	12	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 11 of 39
• next →