Table showing results for October 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8iUY	35733	2024-10-14	2023-03-25	2.9	3.19	2.93	3.2	0.010	1.42	0.0	0.07	13.23	0.01	0.727	8.86	1.15	11.6	88.4	0.0	-3.89	0.60	0.58	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16755	2127	12	0	9	0	0	logfile
✘	8oJD	16912	2024-10-10	2023-03-24	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8674	976	5	45	2	0	0	logfile
✘	8oJ7	16907	2024-10-12	2023-03-24	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12026	1355	5	67	3	0	0	logfile
✘	8iUo	35728	2024-10-13	2023-03-24	3.96	4.36	3.95	4.1	0.008	0.74	0.0	0.04	16.37	0.00	2.141	3.20	2.19	7.8	92.2	0.0	-2.44	0.61	0.83	1.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14785	1810	6	35	0	0	0	logfile
✘	8iTY	35712	2024-10-11	2023-03-23	3.9	4.36	3.99	3.2	0.003	1.24	3.0	0.06	16.23	0.00	1.615	11.98	0.66	3.9	95.9	0.2	-0.59	0.85	0.80	1.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57140	6721	32	164	9	0	0	logfile
✘	8iP9	35635	2024-10-14	2023-03-14	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	73028	4393	41	1773	86	0	0	logfile
✘	8GHR	40047	2024-10-13	2023-03-10	3.2	3.33	3.23	3.3	0.003	0.58	0.0	0.04	13.78	0.00	1.923	5.03	0.00	3.9	96.1	0.0	-0.17	0.81	0.87	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13864	1716	12	0	20	6	0	logfile
✘	8oDT	16816	2024-10-14	2023-03-09	4.2	4.35	4.11	4.2	0.006	0.71	0.0	0.04	12.87	0.00	1.882	17.39	3.61	2.8	97.1	0.1	1.77	0.57	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18800	1188	7	0	0	0	9496	logfile
✘	8GFZ	29989	2024-10-10	2023-03-08	3.0	3.28	3.08	3.3	0.003	0.50	0.0	0.04	13.53	0.00	2.201	2.21	0.00	1.7	98.3	0.0	0.72	0.65	0.88	4.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6744	891	6	0	2	5	0	logfile
✘	8GF6	29979	2024-10-14	2023-03-07	3.1	3.87	3.20	3.5	0.010	1.10	1.0	0.07	13.99	0.01	2.014	11.15	0.32	4.9	95.1	0.0	-2.33	0.87	0.81	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18315	2422	7	0	0	0	0	logfile
✘	8GE9	29961	2024-10-10	2023-03-06	3.5	3.79	3.53	3.8	0.003	0.56	0.0	0.04	13.04	0.00	2.215	7.69	0.00	1.7	98.3	0.0	1.38	0.70	0.82	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6519	900	5	0	1	1	0	logfile
✘	8GEA	29962	2024-10-10	2023-03-06	3.5	3.84	3.59	3.8	0.003	0.48	0.0	0.04	12.73	0.00	2.269	6.68	0.00	2.1	97.9	0.0	1.14	0.69	0.81	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6551	902	5	0	1	0	0	logfile
✘	8CQC	16795	2024-10-10	2023-03-05	2.82	2.92	2.78	3.0	0.006	0.72	0.0	0.04	10.91	0.00	2.406	6.26	0.34	2.0	98.0	0.0	0.69	0.60	0.80	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8735	1085	15	0	5	30	0	logfile
✘	8iHM	35449	2024-10-12	2023-02-23	3.58	4.09	3.79	3.9	0.007	0.75	0.0	0.04	29.27	0.00	2.297	10.88	0.00	3.9	96.1	0.0	-3.94	0.84	0.83	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13153	885	12	317	0	0	0	logfile
✘	8G8G	29850	2024-10-13	2023-02-17	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.50	—	—	0.77	3.0	0.006	0.71	0.0	0.04	28.66	0.00	2.354	11.58	0.76	3.3	96.7	0.0	1.92	—	0.91	0.88	1.79	14558	931	11	348	0	0	0	logfile
✘	8G7N	29817	2024-10-13	2023-02-16	2.7	2.83	2.69	2.8	0.003	0.57	0.0	0.05	13.36	0.00	2.109	2.56	0.20	1.0	99.0	0.0	1.66	0.77	0.85	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66108	8778	42	0	42	0	0	logfile
✘	8iEN	35387	2024-10-10	2023-02-15	3.25	3.66	3.30	7.2	0.004	1.21	0.0	0.04	14.04	0.00	2.168	8.43	0.24	5.0	94.9	0.1	-2.18	0.18	0.00	-0.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7678	991	2	0	4	0	0	logfile
✘	8iEJ	35383	2024-10-13	2023-02-15	3.12	3.65	3.13	3.1	0.006	0.64	0.0	0.04	26.50	0.00	1.421	11.02	1.32	1.9	98.1	0.0	1.90	0.90	0.86	2.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14086	1030	15	294	4	0	0	logfile
✘	8iED	35380	2024-10-11	2023-02-15	3.33	3.65	3.34	3.7	0.006	0.77	0.0	0.05	14.18	0.01	2.166	4.69	0.00	5.2	94.8	0.0	-0.47	0.58	0.72	1.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10694	1396	8	0	2	0	0	logfile
✘	8G4o	29728	2024-10-14	2023-02-10	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17353	2094	20	0	39	0	0	logfile

• ← previous
• Page 12 of 40
• next →