Table showing results for October 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8RKV	19284	2024-10-14	2023-12-30	3.11	3.27	3.12	3.2	0.006	0.95	0.0	0.06	22.22	0.01	2.013	5.40	1.94	6.0	94.0	0.0	-1.75	0.59	0.67	2.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16466	1600	12	176	2	0	0	logfile
✘	8VGT	43224	2024-10-09	2023-12-27	2.9	3.22	2.90	3.2	0.011	1.30	1.0	0.07	10.51	0.01	2.374	2.03	0.70	3.9	95.6	0.5	-0.41	0.68	0.77	5.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4714	629	4	0	5	0	0	logfile
✘	8RK5	19260	2024-10-13	2023-12-23	4.54	3.79	4.58	3.8	0.003	0.67	0.0	0.04	12.15	0.01	0.400	21.86	0.00	4.5	95.5	0.0	-1.01	0.67	0.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14424	1866	6	0	0	0	0	logfile
✘	8RH8	19172	2024-10-13	2023-12-15	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14067	1645	15	0	42	135	0	logfile
✘	8RHG	19175	2024-10-13	2023-12-15	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13897	1650	10	0	26	0	0	logfile
✘	8RH7	19171	2024-10-13	2023-12-15	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13866	1610	15	0	61	20	0	logfile
✘	8VDE	43147	2024-10-14	2023-12-14	3.4	3.79	3.62	3.7	0.006	0.86	0.0	0.05	13.48	0.01	2.235	1.81	0.09	3.4	96.6	0.0	-1.45	0.59	0.79	2.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70177	8643	27	0	0	0	0	logfile
✘	8REV	19109	2024-10-10	2023-12-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7797	898	7	26	2	0	0	logfile
✘	8VBA	43118	2024-10-11	2023-12-12	3.29	3.69	3.34	3.8	0.010	1.31	0.0	0.12	12.48	0.00	2.200	14.87	0.51	4.6	94.9	0.5	-0.19	0.67	0.76	3.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9416	1260	4	0	39	0	0	logfile
✘	8VAT	43102	2024-10-15	2023-12-11	3.2	3.36	3.19	3.4	0.005	0.72	0.0	0.04	16.28	0.00	1.709	12.31	0.00	4.6	95.3	0.1	0.21	0.70	0.78	1.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1.00	—	—	—	1.45	19423	2393	13	31	13	0	0	logfile
✘	8XCJ	38245	2024-10-15	2023-12-09	2.98	3.11	2.98	3.1	0.004	0.69	6.0	0.05	18.49	0.00	2.138	9.20	6.95	3.3	96.1	0.6	-0.54	0.72	0.87	3.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19809	2526	6	0	0	0	0	logfile
✘	8XBS	38227	2024-10-11	2023-12-07	2.21	2.40	2.28	2.5	0.006	1.17	24.0	0.08	22.13	0.01	2.189	8.39	3.17	3.6	96.4	0.0	1.61	0.70	0.86	4.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10658	1282	8	0	22	0	0	logfile
✘	8RCD	19050	2024-10-15	2023-12-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19680	2480	17	23	24	0	0	logfile
✘	8RCF	19051	2024-10-15	2023-12-06	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20202	2488	18	46	24	0	0	logfile
✘	8XB4	38210	2024-10-09	2023-12-05	2.92	3.16	2.96	3.2	0.005	0.61	0.0	0.04	14.47	0.00	2.258	7.33	0.00	1.9	98.1	0.0	-1.88	0.61	0.81	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4307	536	2	0	1	0	0	logfile
✘	8V5R	42984	2024-10-13	2023-11-30	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15338	1743	6	43	1	0	0	logfile
✘	8R8T	19009	2024-10-09	2023-11-29	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3256	418	2	0	1	0	0	logfile
✘	8X8N	38150	2024-10-14	2023-11-27	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17358	1133	7	0	2	0	8589	logfile
✘	8V1Q	42887	2024-10-12	2023-11-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11914	1367	5	56	2	3	0	logfile
✘	8V27	42900	2024-10-12	2023-11-21	3.34	3.61	3.34	3.4	0.004	0.59	0.0	0.04	27.25	0.00	2.196	7.76	0.42	2.4	97.6	0.0	2.63	0.89	0.88	1.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12689	849	11	290	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 40
• next →