cryo-EM Re-Refine

Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9JE0	61403	2024-11-14	2024-09-01	3.23	3.76	3.35	3.9	0.003	0.58	0.0	0.04	14.22	0.00	2.281	4.93	2.61	2.1	97.9	0.0	-0.32	0.44	0.66	1.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3321	435	2	0	1	1	0	logfile
✘	9CX6	45979	2024-11-18	2024-07-30	3.2	3.35	3.13	3.5	0.009	1.46	0.0	0.07	12.63	0.01	0.182	28.34	0.00	5.0	95.0	0.0	-4.11	0.47	0.62	4.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49250	7200	200	0	0	250	0	logfile
✘	9CTS	45917	2024-11-18	2024-07-25	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15623	1880	10	0	9	0	0	logfile
✘	9CTQ	45915	2024-11-18	2024-07-25	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15630	1880	10	0	10	0	0	logfile
✘	9CTR	45916	2024-11-18	2024-07-25	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15623	1880	10	0	9	0	0	logfile
✘	9iMH	60689	2024-11-14	2024-07-03	4.2	3.96	3.75	4.1	0.006	1.06	7.0	0.08	15.41	0.01	2.171	19.62	0.70	12.0	84.5	3.5	-2.10	0.51	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7674	960	6	0	0	0	0	logfile
✘	9CHQ	45598	2024-11-19	2024-07-01	3.0	2.94	3.01	3.2	0.013	1.73	4.0	0.09	11.63	0.02	2.549	0.00	0.00	1.4	98.6	0.0	-0.39	0.51	0.78	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19104	1172	4	0	0	0	9596	logfile
✘	9CGi	45580	2024-11-17	2024-06-29	2.92	3.60	3.10	3.4	0.005	0.88	2.0	0.05	12.93	0.01	2.249	3.35	0.24	2.3	97.7	0.0	-0.05	0.85	0.88	3.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14751	1839	5	0	0	0	0	logfile
✘	9CEU	45519	2024-11-17	2024-06-27	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13398	607	5	108	1	0	6141	logfile
✘	9CEW	45521	2024-11-17	2024-06-27	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15163	600	7	166	3	0	6758	logfile
✘	9CEV	45520	2024-11-17	2024-06-27	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14047	600	6	131	3	3	6353	logfile
✘	9CEZ	45524	2024-11-17	2024-06-27	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13540	600	6	115	3	3	6178	logfile
✘	9CEY	45523	2024-11-17	2024-06-27	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13829	607	6	121	3	3	6298	logfile
✘	9CEX	45522	2024-11-17	2024-06-27	3.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14679	600	8	151	3	3	6578	logfile
✘	9CET	45518	2024-11-17	2024-06-27	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14090	596	5	134	1	0	6375	logfile
✘	9CER	45516	2024-11-17	2024-06-27	4.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14598	612	2	142	0	0	6561	logfile
✘	9FTi	50746	2024-11-19	2024-06-24	3.5	3.01	3.49	3.0	0.005	0.60	0.0	0.04	16.70	0.00	2.028	5.56	0.27	5.7	94.3	0.0	-1.77	0.70	0.80	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19935	2780	5	0	0	0	0	logfile
✘	8ZYD	60562	2024-11-14	2024-06-17	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7058	728	6	73	2	0	0	logfile
✘	8ZYC	60561	2024-11-14	2024-06-17	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7058	728	6	73	2	0	0	logfile
✘	9C47	45176	2024-11-19	2024-06-03	3.4	3.75	3.55	3.6	0.003	0.55	0.0	0.04	17.24	0.01	1.832	10.72	0.63	6.0	93.5	0.5	0.74	0.74	0.78	1.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52167	3212	2	0	0	0	26380	logfile