Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8oTQ	17182	2024-11-18	2023-04-21	3.22	3.95	3.36	3.7	0.006	0.90	0.0	0.05	19.19	0.00	2.157	15.02	2.99	5.8	94.1	0.1	1.04	0.68	0.83	1.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16716	2102	4	0	4	0	0	logfile
✘	8SL0	40570	2024-11-13	2023-04-20	3.3	4.17	3.09	3.8	0.003	0.62	0.0	0.05	16.00	0.00	2.201	7.96	0.00	8.4	91.2	0.4	-1.67	0.42	0.83	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1737	228	1	0	0	0	0	logfile
✘	8oTD	17175	2024-11-14	2023-04-20	2.6	2.53	2.39	2.8	0.008	1.48	4.0	0.10	16.82	0.01	2.073	4.15	4.76	8.3	91.7	0.0	-3.89	0.48	0.88	6.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4340	540	4	0	0	0	0	logfile
✘	8oRS	17131	2024-11-16	2023-04-17	4.3	3.48	3.31	3.3	0.003	0.55	0.0	0.05	13.61	0.00	2.121	7.43	0.00	4.5	95.5	0.0	0.02	0.49	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10124	1298	4	0	2	0	0	logfile
✘	8J26	35945	2024-11-14	2023-04-14	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5406	427	6	90	1	0	0	logfile
✘	8SGS	40466	2024-11-16	2023-04-13	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11720	1524	8	0	8	0	0	logfile
✘	8J1Q	35930	2024-11-14	2023-04-13	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5447	427	6	90	1	0	0	logfile
✘	8oR0	17114	2024-11-19	2023-04-12	3.1	2.37	2.99	1.7	0.004	0.64	1.0	0.04	15.61	0.00	1.149	6.33	0.51	3.9	96.1	0.0	0.59	0.64	0.56	0.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18823	2489	8	0	3	0	0	logfile
✘	8oQA	17110	2024-11-17	2023-04-11	2.9	2.48	2.90	2.9	0.003	0.59	0.0	0.06	10.52	0.00	2.070	3.88	0.61	0.9	99.1	0.0	2.11	0.68	0.85	4.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13762	1650	10	0	36	0	0	logfile
✘	8SEW	40431	2024-11-20	2023-04-10	2.89	2.97	2.87	3.0	0.004	0.59	0.0	0.04	12.56	0.00	0.267	5.77	2.14	2.1	97.7	0.2	1.93	0.60	0.79	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2.06	—	—	—	2.14	20716	2516	8	0	8	0	0	logfile
✘	8SEK	40419	2024-11-13	2023-04-10	3.5	3.55	3.07	3.8	0.032	2.39	0.0	0.14	10.43	0.01	2.397	1.27	0.00	20.0	80.0	0.0	-3.19	0.49	0.76	4.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2380	320	10	0	0	0	0	logfile
✘	8SE9	40407	2024-11-16	2023-04-08	3.2	3.47	3.24	3.5	0.005	0.58	0.0	0.04	11.99	0.00	1.330	6.60	2.00	3.4	96.4	0.2	0.48	0.74	0.84	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10195	1297	5	0	1	0	0	logfile
✘	8iZ9	35836	2024-11-15	2023-04-06	2.95	3.38	3.07	3.3	0.002	0.56	0.0	0.04	14.57	0.01	2.273	7.52	0.00	2.4	97.6	0.0	-0.94	0.52	0.61	0.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9779	1224	2	0	1	0	0	logfile
✘	8S9S	40245	2024-11-19	2023-03-30	3.6	4.36	3.68	3.9	0.005	0.82	0.0	0.04	18.62	0.01	2.184	12.32	0.59	5.2	94.8	0.0	0.03	0.79	0.85	1.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18012	2262	15	0	13	0	0	logfile
✘	8iUY	35733	2024-11-18	2023-03-25	2.9	3.19	2.93	3.2	0.010	1.42	0.0	0.07	13.23	0.01	0.727	8.86	1.15	11.6	88.4	0.0	-3.89	0.60	0.58	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16755	2127	12	0	9	0	0	logfile
✘	8oJD	16912	2024-11-15	2023-03-24	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8674	976	5	45	2	0	0	logfile
✘	8oJ7	16907	2024-11-16	2023-03-24	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12026	1355	5	67	3	0	0	logfile
✘	8oii	16892	2024-11-17	2023-03-22	2.84	3.49	2.97	3.3	0.005	0.53	0.0	0.04	12.89	0.00	2.213	9.96	0.00	2.6	97.4	0.0	0.01	0.87	0.85	5.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14064	1800	2	0	0	0	0	logfile
✘	8GJE	40088	2024-11-20	2023-03-15	3.4	3.94	3.46	3.8	0.007	1.06	0.0	0.07	14.03	0.01	1.626	1.63	0.29	2.4	97.6	0.0	1.00	0.79	0.83	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20613	2379	48	0	129	0	0	logfile
✘	8Gi2	40060	2024-11-20	2023-03-13	3.0	3.25	3.18	3.3	0.008	0.98	0.0	0.05	11.48	0.00	1.504	31.63	3.45	13.0	86.3	0.7	-3.41	0.55	0.82	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20820	2940	20	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 11 of 38
• next →