Table showing results for November 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8JWi	36684	2024-11-15	2023-06-29	2.94	3.38	3.21	3.4	0.005	0.81	0.0	0.04	9.61	0.00	2.035	1.42	0.00	6.7	93.3	0.0	-3.73	0.65	0.78	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9431	1164	2	0	4	0	0	logfile
✘	8T6T	41080	2024-11-16	2023-06-18	3.04	3.66	3.12	3.4	0.005	1.34	0.0	0.10	18.87	0.01	2.222	4.86	0.48	2.7	97.3	0.0	-1.61	0.82	0.87	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12306	1168	4	129	0	0	0	logfile
✘	8PDS	17620	2024-11-14	2023-06-12	2.9	3.01	2.88	3.0	0.004	0.58	0.0	0.04	15.09	0.00	2.230	7.92	0.16	1.6	98.4	0.0	-0.16	0.68	0.83	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6056	744	5	14	0	0	0	logfile
✘	8PBB	17583	2024-11-17	2023-06-09	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13334	1684	6	0	2	0	0	logfile
✘	8PB1	17580	2024-11-14	2023-06-08	3.5	3.99	3.47	3.7	0.005	0.86	0.0	0.06	15.49	0.01	2.253	6.71	0.26	3.7	96.3	0.0	-0.98	0.75	0.78	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6652	829	8	0	8	1	0	logfile
✘	8T3Y	41016	2024-11-17	2023-06-08	3.47	3.65	3.22	3.4	0.004	0.64	0.0	0.04	26.54	0.00	2.284	6.78	1.74	2.8	97.2	0.0	-1.27	0.87	0.87	2.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13001	886	14	292	4	0	0	logfile
✘	8T3Q	41008	2024-11-15	2023-06-07	3.14	3.59	3.25	3.6	0.008	1.15	2.0	0.07	14.66	0.01	2.144	11.89	1.75	4.3	95.6	0.1	-1.14	0.45	0.67	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9035	1159	6	0	1	0	0	logfile
✘	8P7D	17530	2024-11-15	2023-05-30	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9686	1008	6	83	3	1	0	logfile
✘	8P7B	17528	2024-11-16	2023-05-30	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12363	1143	10	161	6	2	0	logfile
✘	8P6X	17510	2024-11-14	2023-05-30	1.9	1.85	1.92	1.9	0.005	0.63	0.0	0.04	16.39	0.00	2.211	7.57	0.72	2.3	97.6	0.2	1.71	0.68	0.78	5.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5284	631	7	0	2	144	0	logfile
✘	8P7C	17529	2024-11-17	2023-05-30	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14275	1383	12	166	6	2	0	logfile
✘	8JJ3	36339	2024-11-17	2023-05-29	2.6476	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14635	1560	15	0	50	265	0	logfile
✘	8JHY	36300	2024-11-15	2023-05-25	2.87	2.15	—	2.8	0.007	0.96	0.0	0.05	13.90	0.01	2.078	10.20	0.00	5.7	94.3	0.0	-2.25	0.75	0.77	3.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9073	1144	6	0	2	0	0	logfile
✘	8SY5	40862	2024-11-20	2023-05-24	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21411	2682	16	45	3	375	0	logfile
✘	8P5U	17453	2024-11-19	2023-05-24	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52878	6714	12	0	24	0	0	logfile
✘	8SY7	40864	2024-11-20	2023-05-24	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21159	2737	16	43	3	413	0	logfile
✘	8P4X	17429	2024-11-15	2023-05-23	2.57	2.74	2.57	2.8	0.004	0.56	0.0	0.04	13.12	0.00	2.112	1.65	0.00	3.6	96.4	0.0	-0.11	0.74	0.85	5.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8756	1052	6	0	4	84	0	logfile
✘	8SXi	40853	2024-11-19	2023-05-22	4.5	4.37	4.48	4.3	0.006	1.00	0.0	0.06	14.40	0.01	1.987	5.43	0.05	6.2	93.4	0.4	-1.44	0.60	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19257	2439	12	0	0	0	0	logfile
✘	8SX9	40828	2024-11-19	2023-05-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18596	1153	1	0	0	0	9418	logfile
✘	8SXB	40830	2024-11-19	2023-05-20	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.86	—	—	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18604	1152	2	0	1	1	9405	logfile

• ← previous
• Page 9 of 38
• next →