Table showing results for December 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8H8J	34549	2024-12-28	2022-10-23	3.2	2.26	3.27	2.1	0.003	0.66	0.0	0.04	10.44	0.00	1.939	9.85	2.59	2.3	97.6	0.1	-0.78	0.71	0.72	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8842	1139	6	0	5	0	0	logfile
✘	8H7Z	34526	2024-12-27	2022-10-21	3.07	3.23	3.02	3.2	0.003	0.63	0.0	0.04	12.59	0.00	2.210	6.35	0.00	3.4	96.6	0.0	-0.04	0.60	0.72	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4885	631	3	0	0	0	0	logfile
✘	8H87	34531	2024-12-28	2022-10-21	2.53	2.73	2.50	2.7	0.011	1.55	0.0	0.08	18.83	0.02	2.300	4.49	0.91	2.3	97.7	0.0	-1.32	0.58	0.79	4.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7083	777	6	0	48	147	0	logfile
✘	8H86	34530	2024-12-28	2022-10-21	2.56	2.71	2.58	2.7	0.014	1.56	0.0	0.08	18.47	0.03	2.296	6.79	0.45	4.0	96.0	0.0	-0.67	0.46	0.73	5.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7080	765	6	0	48	63	0	logfile
✘	8H7G	34520	2024-12-28	2022-10-20	3.7	3.18	3.58	3.3	0.002	0.57	0.0	0.04	12.37	0.00	2.182	5.83	0.00	5.3	94.6	0.0	-1.27	0.60	0.60	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52609	6574	14	0	19	0	0	logfile
✘	8BC3	15961	2024-12-31	2022-10-14	2.1	2.00	2.14	2.2	0.014	1.93	0.0	0.10	18.17	0.02	2.310	1.34	11.95	3.3	96.7	0.0	-4.28	0.71	0.84	5.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16880	2170	30	0	10	500	0	logfile
✘	8H4L	34480	2024-12-28	2022-10-10	3.07	2.31	3.09	3.0	0.007	0.90	0.0	0.05	12.79	0.01	2.069	4.07	0.23	4.4	95.6	0.0	-0.34	0.77	0.81	3.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8171	1059	6	0	1	0	0	logfile
✘	8EMR	28262	2024-12-28	2022-09-28	2.92	3.25	2.98	3.2	0.003	0.62	0.0	0.05	14.91	0.00	2.263	5.06	0.12	4.4	95.6	0.0	-0.58	0.74	0.79	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7685	952	4	0	6	0	0	logfile
✘	8EM2	28232	2024-12-28	2022-09-26	3.02	3.25	3.03	3.2	0.004	0.82	0.0	0.05	17.86	0.01	2.233	6.51	0.48	4.2	95.8	0.0	-1.92	0.64	0.66	1.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8022	1002	4	0	2	0	0	logfile
✘	8EJG	28181	2024-12-29	2022-09-16	3.13	3.83	3.14	3.5	0.025	1.94	3.0	0.17	20.95	0.01	2.106	0.88	0.00	6.4	93.6	0.0	-1.09	0.86	0.81	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9966	1083	36	0	102	0	0	logfile
✘	8EJJ	28184	2024-12-31	2022-09-16	3.22	3.73	3.20	3.6	0.024	1.80	0.0	0.15	13.95	0.01	2.394	1.97	0.00	2.8	97.2	0.0	0.28	0.83	0.84	3.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14862	1743	46	0	87	0	0	logfile
✘	8GVE	34291	2024-12-28	2022-09-15	3.17	3.38	3.19	3.4	0.003	0.62	0.0	0.04	14.33	0.01	2.113	5.93	0.00	5.7	94.3	0.0	0.31	0.64	0.80	1.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8054	1020	2	0	0	0	0	logfile
✘	8EFP	28087	2024-12-27	2022-09-08	3.8	4.73	3.90	4.0	0.006	1.46	7.0	0.09	18.61	0.01	1.908	33.65	3.07	13.3	86.7	0.0	-4.26	0.82	0.62	-0.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4705	594	2	0	0	0	0	logfile
✘	8AZT	15771	2024-12-27	2022-09-06	3.7	3.48	2.93	4.2	0.011	1.98	0.0	0.11	15.54	0.01	0.000	19.56	4.35	10.3	89.7	0.0	-6.12	0.40	0.59	5.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5424	744	24	0	0	0	0	logfile
✘	7YVU	34138	2024-12-28	2022-08-19	3.2	2.47	3.22	2.2	0.004	0.64	0.0	0.05	14.81	0.01	2.103	6.82	0.29	5.5	94.0	0.5	-0.60	0.76	0.80	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6456	791	4	0	4	0	0	logfile
✘	7YSW	34084	2024-12-30	2022-08-13	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12407	1517	7	0	12	0	0	logfile
✘	7YSU	34082	2024-12-30	2022-08-13	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12430	1521	7	0	12	0	0	logfile
✘	7YSH	34075	2024-12-30	2022-08-12	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12480	1525	7	0	11	0	0	logfile
✘	8DZP	27804	2024-12-28	2022-08-08	2.71	2.09	2.70	1.9	0.004	0.68	0.0	0.05	13.62	0.01	2.216	5.26	0.11	3.6	96.4	0.0	-0.46	0.78	0.78	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8657	1120	6	0	1	0	0	logfile
✘	7YQ6	34021	2024-12-31	2022-08-05	4.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13990	1592	4	48	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 12 of 28
• next →