cryo-EM Re-Refine

Table showing results for December 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7YQ5	34020	2024-12-31	2022-08-05	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14067	1673	5	24	0	0	0	logfile
✘	7YQ4	34019	2024-12-29	2022-08-05	3.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10618	1243	5	24	0	0	0	logfile
✘	8DYY	27786	2024-12-31	2022-08-05	3.62	3.95	3.54	3.9	0.011	0.96	1.0	0.04	14.40	0.00	2.085	10.02	0.33	5.9	94.1	0.0	-0.11	0.77	0.86	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16499	2133	19	0	0	0	0	logfile
✘	7YQ3	34018	2024-12-31	2022-08-05	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14412	1707	5	28	0	0	0	logfile
✘	8AN2	15530	2024-12-28	2022-08-04	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.32	—	—	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.62	—	—	—	3.09	8657	1040	18	0	63	0	0	logfile
✘	8AN3	15531	2024-12-28	2022-08-04	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.24	—	—	1.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.16	—	—	—	1.63	8721	1040	20	0	68	0	0	logfile
✘	8DUL	27722	2024-12-30	2022-07-27	4.17	4.34	4.24	4.7	0.005	1.04	0.0	0.07	13.09	0.02	2.317	6.11	0.06	5.3	94.7	0.0	-2.03	0.56	0.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14203	1802	15	0	10	0	0	logfile
✘	8DTi	27699	2024-12-29	2022-07-25	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9455	1258	4	0	2	0	0	logfile
✘	7YKJ	33892	2024-12-27	2022-07-22	3.5	3.71	3.62	3.7	0.013	1.78	1.0	0.09	15.54	0.04	1.761	8.58	2.98	6.6	92.2	1.1	-2.51	0.51	0.72	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4811	626	4	0	0	0	0	logfile
✘	8DRQ	27681	2024-12-27	2022-07-21	4.16	4.28	4.60	4.1	0.004	0.89	0.0	0.05	15.60	0.01	2.283	15.85	0.00	5.9	94.1	0.0	-3.30	0.39	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3321	407	1	0	0	0	0	logfile
✘	8DR0	27667	2024-12-26	2022-07-20	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42894	2608	15	41	8	0	21380	logfile
✘	8DR3	27669	2024-12-26	2022-07-20	2.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45966	2758	21	64	8	12	22837	logfile
✘	7YJN	33875	2024-12-28	2022-07-20	3.4	3.63	3.43	3.6	0.019	1.74	21.0	0.13	15.89	0.01	1.776	26.04	8.37	11.1	87.0	1.9	-2.39	0.70	0.83	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8528	1095	6	0	1	0	0	logfile
✘	8DQZ	27666	2024-12-26	2022-07-20	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42766	2599	15	41	8	0	21314	logfile
✘	8DR1	27668	2024-12-26	2022-07-20	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43642	2608	21	64	8	12	21643	logfile
✘	8DR4	27670	2024-12-26	2022-07-20	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43483	2600	17	63	8	0	21561	logfile
✘	8DR7	27673	2024-12-26	2022-07-20	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43072	2600	16	50	8	0	21417	logfile
✘	8DQX	27663	2024-12-26	2022-07-20	2.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43185	2598	26	27	8	866	21155	logfile
✘	8DR5	27671	2024-12-26	2022-07-20	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	45387	2749	17	50	8	0	22607	logfile
✘	8DQW	27662	2024-12-26	2022-07-20	2.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	46577	2802	25	36	8	429	22948	logfile