Table showing results for December 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7X83	33054	2024-12-27	2022-03-11	3.4	3.15	2.86	3.5	0.009	0.82	0.0	0.06	13.35	0.00	2.027	17.05	0.00	15.8	84.2	0.0	-5.71	0.38	0.84	4.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3258	405	3	0	0	0	0	logfile
✘	7X76	33033	2024-12-30	2022-03-09	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64334	3793	18	168	15	0	31436	logfile
✘	7X6Q	33025	2024-12-30	2022-03-08	4.5	4.41	4.61	4.3	0.009	0.73	0.0	0.06	9.96	0.00	2.197	0.93	0.01	3.2	96.7	0.2	-0.87	0.78	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64472	8440	16	0	0	0	0	logfile
✘	7Z4Z	14511	2024-12-27	2022-03-06	4.0	3.29	3.87	3.9	0.003	0.75	1.0	0.05	14.17	0.01	2.305	11.39	0.00	2.1	97.3	0.6	-4.82	0.61	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4817	673	4	0	0	0	0	logfile
✘	7U5T	26358	2024-12-31	2022-03-02	3.43	3.65	3.40	3.5	0.008	1.09	0.0	0.07	13.05	0.01	2.280	7.60	0.10	6.4	93.6	0.0	-5.95	0.59	0.62	1.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9093	1190	2	0	0	0	0	logfile
✘	7Z37	14472	2024-12-31	2022-03-01	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.30	—	—	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.14	—	—	—	2.22	14256	1740	6	0	2	0	0	logfile
✘	7U16	26279	2024-12-27	2022-02-19	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3456	405	6	0	12	0	0	logfile
✘	7WYB	32890	2024-12-28	2022-02-15	2.97	2.33	—	2.1	0.005	0.80	0.0	0.05	12.35	0.00	2.176	5.06	0.00	7.0	93.0	0.0	-1.33	0.66	0.61	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8757	1115	5	0	0	0	0	logfile
✘	7WVF	32852	2024-12-31	2022-02-10	3.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14249	1546	5	46	46	0	0	logfile
✘	7WVE	32851	2024-12-30	2022-02-10	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12498	1318	4	46	46	0	0	logfile
✘	7WVJ	32853	2024-12-30	2022-02-10	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12488	1318	4	46	46	0	0	logfile
✘	7WV5	32846	2024-12-30	2022-02-09	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12958	1318	16	46	80	0	0	logfile
✘	7WSQ	32764	2024-12-31	2022-02-01	3.8	3.52	—	3.9	0.038	1.52	0.0	0.45	14.72	0.01	1.827	11.77	0.00	4.9	95.1	0.0	-0.66	0.68	0.75	1.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16522	2104	10	0	10	0	0	logfile
✘	7TKT	25981	2024-12-30	2022-01-17	3.6	3.75	3.75	3.7	0.007	1.26	0.0	0.04	21.05	0.01	2.224	6.30	0.00	4.7	95.3	0.0	0.63	0.72	0.81	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13252	1560	8	0	56	0	0	logfile
✘	7QTQ	14145	2024-12-29	2022-01-15	3.3	3.53	—	3.4	0.008	0.83	4.0	0.06	15.29	0.01	2.045	9.61	0.20	10.6	89.4	0.0	-2.27	0.72	0.82	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54960	3577	10	0	24	0	26827	logfile
✘	7WiW	32538	2024-12-28	2022-01-05	3.12	3.47	—	3.4	0.006	0.99	1.0	0.05	14.75	0.01	1.891	8.72	1.03	7.1	92.3	0.6	-4.54	0.72	0.89	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8603	1137	4	0	5	0	0	logfile
✘	7Qo1	14080	2024-12-30	2021-12-23	4.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14179	1694	9	62	1	0	0	logfile
✘	7QL3	14062	2024-12-27	2021-12-19	3.32	3.47	3.01	3.5	0.011	2.01	8.0	0.11	12.27	0.01	2.489	0.00	0.00	7.7	92.3	0.0	-3.47	0.46	0.82	4.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3246	426	6	0	0	0	0	logfile
✘	7QKS	14050	2024-12-29	2021-12-18	3.1	3.39	3.08	3.3	0.005	0.74	0.0	0.05	14.59	0.01	2.210	4.65	0.10	1.8	98.2	0.0	0.65	0.75	0.87	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9339	1199	2	0	1	0	0	logfile
✘	7QiY	14003	2024-12-26	2021-12-16	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44117	1730	33	491	41	225	19554	logfile

• ← previous
• Page 17 of 28
• next →