Table showing results for December 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6ZS5	11388	2024-12-27	2020-07-15	3.5	4.02	3.66	3.8	0.008	1.09	1.0	0.07	21.40	0.01	2.202	4.52	0.00	4.7	95.3	0.0	-2.98	0.67	0.80	2.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2036	257	4	0	7	0	0	logfile
✘	7CH0	30367	2024-12-31	2020-07-03	3.7	3.78	—	3.8	0.008	1.11	0.0	0.06	16.22	0.01	1.910	4.94	6.24	10.7	89.0	0.2	-6.21	0.64	0.83	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15856	2092	14	0	2	0	0	logfile
✘	6ZJi	11234	2024-12-29	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.12	—	—	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.71	—	—	—	2.05	10791	1397	4	0	2	0	0	logfile
✘	6XKJ	22219	2024-12-29	2020-06-26	3.54	3.39	—	3.4	0.009	0.83	0.0	0.05	14.92	0.00	2.246	12.86	0.00	2.4	97.6	0.0	0.54	0.62	0.85	1.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11056	1360	16	0	0	0	0	logfile
✘	7CAE	30328	2024-12-30	2020-06-08	3.44	3.81	—	3.7	0.005	0.88	2.0	0.05	14.47	0.00	1.985	13.72	0.43	10.1	89.7	0.2	-5.42	0.73	0.83	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13365	1763	5	0	0	0	0	logfile
✘	7C8K	30306	2024-12-28	2020-06-02	3.2	3.18	—	3.1	0.002	0.51	0.0	0.05	13.49	0.00	2.001	4.88	0.00	3.2	96.8	0.0	-1.52	0.82	0.78	2.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4853	596	3	0	6	0	0	logfile
✘	7C8D	30305	2024-12-29	2020-05-29	3.0	2.79	—	2.8	0.003	0.53	0.0	0.04	17.37	0.00	1.998	9.03	6.05	3.6	96.4	0.0	-2.80	0.71	0.76	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6359	792	3	0	1	0	0	logfile
✘	6Z1F	11028	2024-12-27	2020-05-13	2.86	3.01	—	3.1	0.008	1.33	0.0	0.08	15.60	0.00	1.507	2.78	1.00	3.7	96.2	0.1	-1.92	0.81	0.84	3.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49815	6255	36	0	25	0	0	logfile
✘	7C2K	30275	2024-12-29	2020-05-07	2.93	3.24	3.00	3.1	0.007	0.67	0.0	0.04	15.54	0.00	2.256	7.20	0.00	4.5	95.5	0.0	-2.91	0.78	0.89	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10692	1256	8	31	3	0	0	logfile
✘	6WKW	21811	2024-12-29	2020-04-17	3.6	3.75	—	3.6	0.017	1.19	0.0	0.06	15.79	0.00	2.066	12.81	0.52	12.6	87.3	0.2	-5.89	0.87	0.91	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10037	1319	8	0	4	0	0	logfile
✘	7BW4	30226	2024-12-28	2020-04-13	3.7	3.92	—	3.8	0.004	0.66	1.0	0.05	15.16	0.00	2.078	16.25	1.68	4.3	95.5	0.2	-2.50	0.77	0.77	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8605	1078	5	0	2	0	0	logfile
✘	6YBW	10775	2024-12-28	2020-03-18	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52840	3374	30	1248	61	0	0	logfile
✘	6M5R	30090	2024-12-29	2020-03-11	3.5	3.68	—	3.6	0.005	0.77	2.0	0.05	15.65	0.00	2.015	11.54	5.29	9.2	90.7	0.1	-3.65	0.61	0.80	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11055	1440	4	0	2	0	0	logfile
✘	6VXZ	21453	2024-12-30	2020-02-25	3.42	3.56	3.37	3.6	0.011	1.07	0.0	0.06	23.66	0.01	1.959	12.61	2.40	8.1	91.9	0.0	-3.97	0.71	0.81	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13324	1556	8	0	28	0	0	logfile
✘	6LX3	30004	2024-12-29	2020-02-10	3.15	3.29	3.08	3.2	0.016	1.20	0.0	0.07	15.57	0.01	2.266	5.25	1.40	10.5	89.5	0.0	-3.73	0.72	0.85	3.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11503	1490	6	0	0	0	0	logfile
✘	6XZD	10659	2024-12-31	2020-02-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.86	—	—	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.78	—	—	—	2.41	63749	3919	7	20	0	0	31961	logfile
✘	6VPC	21308	2024-12-31	2020-02-03	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16309	1633	9	154	5	0	0	logfile
✘	6XXE	10648	2024-12-30	2020-01-27	3.49	2.31	—	3.3	0.007	1.09	0.0	0.06	11.82	0.00	2.033	6.11	2.27	11.0	89.0	0.0	-4.99	0.62	0.57	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12816	1776	16	0	0	0	0	logfile
✘	6XXD	10647	2024-12-30	2020-01-27	3.22	2.31	—	3.1	0.007	1.05	0.0	0.06	11.45	0.00	2.033	2.40	0.00	5.7	94.3	0.0	-2.51	0.70	0.68	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14896	2000	16	0	0	0	0	logfile
✘	6LQH	0945	2024-12-31	2020-01-13	2.94	3.06	2.73	3.0	0.008	0.83	0.0	0.05	17.09	0.00	2.268	12.84	9.05	9.3	90.7	0.0	-2.73	0.72	0.85	3.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16623	2160	18	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 23 of 28
• next →