Table showing results for December 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8Y2E	38852	2024-12-27	2024-01-25	3.03	3.33	3.15	3.3	0.005	0.61	0.0	0.04	17.53	0.00	2.283	3.56	0.00	4.4	95.6	0.0	1.57	0.65	0.86	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4214	528	2	0	3	0	0	logfile
✘	8XZV	38799	2024-12-29	2024-01-21	3.16	3.46	3.38	3.4	0.003	0.72	1.0	0.05	17.68	0.01	2.149	14.42	1.48	10.9	88.2	0.9	-2.26	0.67	0.78	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	58999	7497	20	0	1	0	0	logfile
✘	8XUU	38684	2024-12-27	2024-01-14	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3598	431	3	0	9	0	0	logfile
✘	8RoT	19404	2024-12-30	2024-01-12	3.11	3.33	3.13	3.3	0.003	0.59	0.0	0.04	17.09	0.00	2.188	5.32	0.22	2.5	97.5	0.0	1.06	0.76	0.87	2.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13838	1794	2	0	0	0	0	logfile
✘	8VLU	43344	2024-12-28	2024-01-12	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8596	1096	4	0	9	0	0	logfile
✘	8VKE	43315	2024-12-27	2024-01-09	3.1	3.35	3.10	3.3	0.003	0.59	0.0	0.04	14.19	0.00	2.103	5.82	0.14	2.6	97.4	0.0	-0.05	0.77	0.85	4.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6652	854	8	0	2	0	0	logfile
✘	8XQ9	38570	2024-12-29	2024-01-04	3.77	2.79	3.79	2.7	0.003	0.71	0.0	0.04	14.17	0.01	2.293	4.12	4.48	2.1	97.9	0.0	-1.10	0.68	0.71	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10672	1366	2	0	0	0	0	logfile
✘	8RKV	19284	2024-12-31	2023-12-30	3.11	3.27	3.12	3.2	0.006	0.95	0.0	0.06	22.22	0.01	2.013	5.40	1.94	6.0	94.0	0.0	-1.75	0.59	0.67	2.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16466	1600	12	176	2	0	0	logfile
✘	8VGT	43224	2024-12-27	2023-12-27	2.9	3.22	2.90	3.2	0.011	1.30	1.0	0.07	10.51	0.01	2.374	2.03	0.70	3.9	95.6	0.5	-0.41	0.68	0.77	5.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4714	629	4	0	5	0	0	logfile
✘	8XKR	38423	2024-12-30	2023-12-24	3.53	4.31	3.64	3.5	0.004	0.70	0.0	0.04	17.12	0.00	2.205	23.70	0.82	10.3	89.6	0.1	-1.86	0.83	0.77	0.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14118	1762	6	0	0	0	0	logfile
✘	8RH8	19172	2024-12-30	2023-12-15	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14067	1645	15	0	42	135	0	logfile
✘	8RHG	19175	2024-12-30	2023-12-15	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13897	1650	10	0	26	0	0	logfile
✘	8VBA	43118	2024-12-29	2023-12-12	3.29	3.69	3.34	3.8	0.010	1.31	0.0	0.12	12.48	0.00	2.200	14.87	0.51	4.6	94.9	0.5	-0.19	0.67	0.76	3.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9416	1260	4	0	39	0	0	logfile
✘	8REV	19109	2024-12-28	2023-12-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7797	898	7	26	2	0	0	logfile
✘	8VBi	43126	2024-12-28	2023-12-12	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8514	944	4	38	3	0	0	logfile
✘	8XB4	38210	2024-12-27	2023-12-05	2.92	3.16	2.96	3.2	0.005	0.61	0.0	0.04	14.47	0.00	2.258	7.33	0.00	1.9	98.1	0.0	-1.88	0.61	0.81	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4307	536	2	0	1	0	0	logfile
✘	8RBF	19030	2024-12-31	2023-12-04	4.2	2.69	4.03	3.2	0.013	1.69	1.0	0.10	15.61	0.01	1.342	9.73	0.19	3.5	96.4	0.1	-1.94	0.66	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14790	1848	8	0	9	0	0	logfile
✘	8RAM	19019	2024-12-26	2023-12-01	2.8	3.29	2.80	2.9	0.002	0.38	0.0	0.04	10.33	0.00	1.940	5.02	0.04	2.0	98.0	0.0	2.23	0.83	0.80	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42965	5164	26	94	10	0	0	logfile
✘	8V5R	42984	2024-12-31	2023-11-30	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15338	1743	6	43	1	0	0	logfile
✘	8R8T	19009	2024-12-27	2023-11-29	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3256	418	2	0	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 28
• next →