Table showing results for December 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8QC1	18325	2024-12-29	2023-08-25	2.5	2.43	2.49	2.5	0.004	0.57	0.0	0.04	18.50	0.00	1.851	2.92	0.45	2.1	97.9	0.0	0.76	0.71	0.90	5.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9431	1118	6	0	15	115	0	logfile
✘	8QBY	18324	2024-12-26	2023-08-25	2.3	2.35	2.35	2.3	0.006	0.62	0.0	1.08	17.26	0.01	1.938	2.67	0.34	2.3	97.7	0.0	0.27	0.73	0.89	5.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42542	5133	50	0	49	1080	0	logfile
✘	8KiE	37258	2024-12-30	2023-08-23	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12424	600	5	361	30	0	0	logfile
✘	8Q8S	18259	2024-12-29	2023-08-18	2.68	2.07	2.67	2.3	0.011	2.11	3.0	0.10	9.52	0.01	2.513	0.47	0.00	7.2	92.8	0.0	-1.68	0.30	0.74	5.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10611	684	9	0	0	0	5409	logfile
✘	8TVX	41654	2024-12-30	2023-08-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59080	3748	21	56	9	0	28632	logfile
✘	8TVW	41653	2024-12-30	2023-08-18	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61455	3748	21	56	9	0	30492	logfile
✘	8TVQ	41648	2024-12-29	2023-08-18	4.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57734	3424	20	100	443	0	26880	logfile
✘	8TVP	41647	2024-12-30	2023-08-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63938	3748	22	103	443	0	29847	logfile
✘	8KFX	37207	2024-12-28	2023-08-16	2.96	2.23	3.09	2.0	0.004	0.61	0.0	0.04	16.55	0.00	2.189	11.28	0.51	2.5	97.5	0.0	0.90	0.79	0.79	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9001	1139	6	0	1	0	0	logfile
✘	8TUG	41623	2024-12-31	2023-08-16	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65461	3748	22	103	512	0	31025	logfile
✘	8Q7L	18219	2024-12-27	2023-08-16	2.82	2.80	2.86	2.9	0.011	1.90	4.0	0.11	11.68	0.01	2.159	2.03	0.00	4.4	95.6	0.0	-2.15	0.34	0.80	5.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3375	441	6	0	0	0	0	logfile
✘	8TTH	41608	2024-12-27	2023-08-13	3.54	3.67	3.52	3.7	0.003	0.69	0.0	0.04	16.67	0.00	2.174	12.41	0.20	2.9	97.1	0.0	0.88	0.60	0.75	2.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4620	603	3	0	0	0	0	logfile
✘	8TQ2	41499	2024-12-28	2023-08-06	3.8	3.50	3.80	3.8	0.002	0.55	0.0	0.04	14.16	0.00	2.278	6.09	0.00	2.0	98.0	0.0	0.72	0.67	0.79	2.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5505	672	4	0	0	0	0	logfile
✘	8KA8	37006	2024-12-27	2023-08-02	2.96	2.36	3.03	2.2	0.003	0.64	0.0	0.04	13.59	0.00	2.017	5.93	0.15	6.2	93.8	0.0	-0.68	0.79	0.79	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6481	790	5	0	7	0	0	logfile
✘	8K9K	36989	2024-12-28	2023-08-01	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8923	1142	8	0	2	0	0	logfile
✘	8K77	36935	2024-12-28	2023-07-26	3.11	3.30	—	3.4	0.008	0.99	0.0	0.05	16.52	0.00	2.160	9.40	0.00	3.3	96.7	0.0	0.80	0.60	0.79	2.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8192	1012	4	0	6	0	0	logfile
✘	8K6N	36924	2024-12-28	2023-07-25	3.2	2.28	3.18	2.1	0.004	0.66	0.0	0.05	13.23	0.00	2.211	11.71	0.10	5.7	94.3	0.0	0.15	0.71	0.69	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9291	1186	6	0	0	0	0	logfile
✘	8K1M	36795	2024-12-28	2023-07-11	2.9	3.42	2.91	3.3	0.007	1.08	3.0	0.06	14.61	0.01	2.303	4.19	0.42	8.3	91.7	0.0	-1.85	0.62	0.86	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7148	951	4	0	2	0	0	logfile
✘	8K1D	36792	2024-12-27	2023-07-10	3.53	3.93	3.62	4.0	0.003	0.71	0.0	0.04	16.89	0.00	2.230	11.65	0.57	1.4	98.6	0.0	1.26	0.46	0.68	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4902	610	2	0	0	0	0	logfile
✘	8K0A	36758	2024-12-31	2023-07-07	3.12	3.92	3.22	3.6	0.003	0.61	0.0	0.04	15.54	0.00	2.189	5.09	0.00	2.3	97.7	0.0	-0.50	0.88	0.82	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14952	1845	6	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 7 of 28
• next →