Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7ZRZ	14923	2024-09-24	2022-05-05	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.27	—	—	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.14	—	—	—	1.82	6580	617	5	77	0	0	0	logfile
✘	6S6T	10105	2024-09-25	2019-07-03	4.1	4.22	4.17	4.1	0.024	0.98	0.0	0.08	13.05	0.00	1.163	8.26	0.02	5.6	94.4	0.0	-3.19	0.74	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56543	7304	14	0	17	0	0	logfile
✘	6RJU	4906	2024-09-23	2019-04-29	3.2	4.49	2.14	10.0	0.007	0.93	0.0	0.05	15.36	0.00	2.423	4.52	0.00	11.6	88.4	0.0	-7.10	0.22	-0.01	-0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1992	131	1	0	0	0	997	logfile
✘	7XDT	33152	2024-09-25	2022-03-28	3.31	3.64	3.32	3.5	0.003	0.61	0.0	0.04	17.78	0.01	2.081	11.26	0.23	5.2	94.8	0.0	-0.03	0.72	0.65	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41990	5310	10	0	0	0	0	logfile
✘	7LB8	23251	2024-09-25	2021-01-07	3.4	3.48	—	3.5	0.002	0.62	1.0	0.04	14.95	0.00	2.093	9.76	2.66	4.7	95.0	0.3	-1.98	0.58	0.72	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10439	1405	4	0	0	0	0	logfile
✘	6ZS5	11388	2024-09-23	2020-07-15	3.5	4.02	3.66	3.8	0.008	1.09	1.0	0.07	21.40	0.01	2.202	4.52	0.00	4.7	95.3	0.0	-2.98	0.67	0.80	2.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2036	257	4	0	7	0	0	logfile
✘	7PHP	13424	2024-09-24	2021-08-18	3.47	3.48	—	3.6	0.017	0.90	0.0	0.05	14.25	0.01	2.182	6.60	0.11	7.0	93.0	0.0	-1.50	0.72	0.83	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1134	8	0	0	21	0	logfile
✘	6SWC	10322	2024-09-28	2019-09-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70744	4519	49	1593	41	42	0	logfile
✘	8F4R	28857	2024-09-29	2022-11-11	3.06	3.36	3.18	3.3	0.004	0.56	0.0	0.04	11.50	0.00	2.212	7.54	3.22	1.2	98.7	0.0	1.85	0.75	0.81	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23675	3097	4	0	1	0	0	logfile
✘	6SW9	10320	2024-09-28	2019-09-20	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70661	4508	48	1593	41	42	0	logfile
✘	7XHN	33196	2024-09-29	2022-04-09	3.71	3.96	3.74	3.8	0.011	1.26	0.0	0.06	19.32	0.01	1.828	35.23	1.25	8.6	90.7	0.7	-2.92	0.75	0.72	1.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23364	2888	20	50	0	0	0	logfile
✘	6VKS	21228	2024-09-30	2020-01-22	3.02	3.41	—	3.4	0.007	0.89	0.0	0.05	15.55	0.01	1.946	8.72	0.00	3.2	96.8	0.0	-3.88	0.74	0.79	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24034	3131	6	0	18	0	0	logfile
✘	8HiJ	34818	2024-09-24	2022-11-20	3.54	2.56	3.51	3.0	0.005	0.76	1.0	0.05	9.66	0.01	2.315	3.83	0.00	5.2	94.8	0.0	-3.81	0.69	0.69	2.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8245	1055	5	0	1	0	0	logfile
✘	7V7E	31768	2024-09-30	2021-08-21	2.9	3.84	—	3.2	0.004	0.62	0.0	0.05	14.06	0.00	2.106	7.79	0.00	5.0	95.0	0.1	-0.18	0.87	0.84	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25340	3093	40	0	82	0	0	logfile
✘	7CAE	30328	2024-09-26	2020-06-08	3.44	3.81	—	3.7	0.005	0.88	2.0	0.05	14.47	0.00	1.985	13.72	0.43	10.1	89.7	0.2	-5.42	0.73	0.83	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13365	1763	5	0	0	0	0	logfile
✘	7MLU	23910	2024-09-29	2021-04-29	4.1	5.27	—	4.2	0.004	0.88	0.0	0.05	9.81	0.01	2.271	7.00	0.21	6.4	93.6	0.0	-4.41	0.72	0.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21886	2746	20	0	5	0	0	logfile
✘	6M4N	30079	2024-09-28	2020-03-07	3.8	4.04	—	3.8	0.009	1.17	0.0	0.06	11.94	0.01	2.164	7.82	0.73	10.9	88.9	0.2	-4.50	0.70	0.81	1.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17836	2254	10	0	2	0	0	logfile
✘	7F62	31470	2024-09-23	2021-06-24	3.6	4.33	—	4.1	0.003	0.65	0.0	0.04	13.21	0.00	1.925	19.73	1.38	8.1	91.6	0.2	-2.76	0.66	0.62	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3321	427	3	0	0	0	0	logfile
✘	7WTU	32801	2024-09-30	2022-02-05	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	81215	5957	35	1575	1	0	0	logfile
✘	8E70	27932	2024-09-29	2022-08-23	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21097	2502	13	61	18	0	63	logfile

• ← previous
• Page 2 of 538
• next →