Table showing results for January 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8K9K	36989	2025-01-16	2023-08-01	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8923	1142	8	0	2	0	0	logfile
✘	8TM6	41380	2025-01-18	2023-07-28	2.8	3.31	2.86	3.2	0.002	0.49	0.0	0.04	14.72	0.00	2.043	4.20	0.10	2.3	97.7	0.1	1.33	0.81	0.85	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	58074	7640	34	0	0	0	0	logfile
✘	8PZ1	18034	2025-01-19	2023-07-26	4.1	3.55	3.95	3.6	0.029	0.59	0.0	0.04	14.13	0.00	2.194	9.71	0.20	5.8	94.1	0.1	-0.57	0.69	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13849	1776	6	0	0	0	0	logfile
✘	8K69	36919	2025-01-15	2023-07-25	2.33	2.41	2.31	2.4	0.007	0.94	0.0	0.06	17.64	0.01	2.040	9.84	5.85	2.9	96.9	0.2	0.30	0.57	0.77	5.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7744	916	6	0	18	126	0	logfile
✘	8PVX	17979	2025-01-20	2023-07-18	3.55	4.27	3.13	3.6	0.003	0.79	0.0	0.05	13.29	0.01	1.951	4.68	0.00	4.0	96.0	0.0	-0.31	0.78	0.87	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15140	1920	15	0	10	0	0	logfile
✘	8PTX	17924	2025-01-26	2023-07-16	2.87	2.32	3.03	2.1	0.004	0.66	0.0	0.05	15.84	0.01	2.233	6.33	0.04	5.1	94.9	0.0	-0.53	0.68	0.74	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24378	2852	7	75	7	0	0	logfile
✘	8K18	36788	2025-01-13	2023-07-10	3.68	5.01	5.15	3.7	0.014	1.85	0.0	0.09	13.98	0.03	1.995	12.12	0.85	7.1	92.9	0.0	-1.91	0.53	0.34	1.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3246	414	3	0	0	0	0	logfile
✘	8K0A	36758	2025-01-20	2023-07-07	3.12	3.92	3.22	3.6	0.003	0.61	0.0	0.04	15.54	0.00	2.189	5.09	0.00	2.3	97.7	0.0	-0.50	0.88	0.82	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14952	1845	6	0	0	0	0	logfile
✘	8JZL	36746	2025-01-25	2023-07-05	2.62	3.57	2.71	3.2	0.009	0.67	0.0	0.05	12.91	0.00	2.353	6.06	0.00	5.3	94.7	0.0	1.22	0.86	0.88	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23184	2988	6	0	0	0	0	logfile
✘	8PoC	17788	2025-01-14	2023-07-04	4.0	4.12	3.87	4.1	0.003	0.67	0.0	0.03	14.86	0.00	2.324	6.38	0.00	3.0	97.0	0.0	2.14	0.77	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4924	616	4	0	0	0	0	logfile
✘	8JXP	36708	2025-01-14	2023-07-01	2.7	3.07	2.80	3.0	0.009	1.33	6.0	0.09	22.33	0.02	1.644	18.04	24.41	6.9	91.2	1.9	-2.49	0.65	0.81	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6294	786	9	0	21	9	0	logfile
✘	8JXo	36707	2025-01-14	2023-07-01	2.7	3.04	2.81	3.0	0.009	1.33	6.0	0.09	22.33	0.02	1.645	18.53	24.41	6.9	91.2	1.9	-2.50	0.65	0.84	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6294	786	9	0	21	9	0	logfile
✘	8JTT	36652	2025-01-13	2023-06-22	3.87	4.32	3.71	4.4	0.006	0.87	0.0	0.05	12.93	0.02	2.250	7.82	0.00	4.0	96.0	0.0	-2.01	0.51	0.57	0.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3321	454	2	0	1	0	0	logfile
✘	8JRT	36605	2025-01-21	2023-06-17	3.6	3.76	—	3.6	0.006	0.74	0.0	0.05	14.33	0.01	1.872	7.47	1.50	7.7	92.1	0.3	-1.49	0.76	0.84	1.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66765	9029	34	0	11	0	0	logfile
✘	8PBB	17583	2025-01-19	2023-06-09	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13334	1684	6	0	2	0	0	logfile
✘	8T49	41024	2025-01-26	2023-06-08	3.2	3.49	3.22	3.4	0.007	1.16	0.0	0.07	14.06	0.01	2.025	1.53	0.57	2.1	97.9	0.0	1.03	0.80	0.85	3.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24939	3045	36	0	96	0	0	logfile
✘	8T4A	41025	2025-01-26	2023-06-08	3.4	3.78	3.46	3.6	0.007	1.15	0.0	0.06	13.27	0.01	2.000	1.16	0.23	2.1	97.9	0.0	1.29	0.79	0.82	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24924	3057	33	0	81	0	0	logfile
✘	8PB1	17580	2025-01-14	2023-06-08	3.5	3.99	3.47	3.7	0.005	0.86	0.0	0.06	15.49	0.01	2.253	6.71	0.26	3.7	96.3	0.0	-0.98	0.75	0.78	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6652	829	8	0	8	1	0	logfile
✘	8T1C	40959	2025-01-14	2023-06-02	3.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6043	377	2	1	0	0	3013	logfile
✘	8JL4	36388	2025-01-16	2023-06-02	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9588	1066	8	0	86	0	0	logfile

• ← previous
• Page 10 of 39
• next →