Table showing results for January 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8P7C	17529	2025-01-19	2023-05-30	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14275	1383	12	166	6	2	0	logfile
✘	8P7D	17530	2025-01-16	2023-05-30	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9686	1008	6	83	3	1	0	logfile
✘	8P7B	17528	2025-01-18	2023-05-30	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12363	1143	10	161	6	2	0	logfile
✘	8JJ3	36339	2025-01-20	2023-05-29	2.6476	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14635	1560	15	0	50	265	0	logfile
✘	8JiW	36332	2025-01-22	2023-05-28	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	68755	4412	37	1571	87	0	0	logfile
✘	8P5X	17456	2025-01-17	2023-05-24	2.29	2.20	2.36	1.9	0.013	1.76	0.0	0.09	14.21	0.00	2.250	0.66	0.21	3.1	96.9	0.0	-1.93	0.89	0.90	4.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55346	7110	18	0	12	0	0	logfile
✘	8P5U	17453	2025-01-16	2023-05-24	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52878	6714	12	0	24	0	0	logfile
✘	8SY7	40864	2025-01-24	2023-05-24	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21159	2737	16	43	3	413	0	logfile
✘	8P5E	17449	2025-01-16	2023-05-24	3.9	4.01	3.97	3.7	0.003	0.55	0.0	0.04	14.56	0.00	1.929	7.86	0.00	4.7	95.2	0.0	-0.06	0.86	0.79	1.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53414	6633	22	26	16	0	0	logfile
✘	8SY5	40862	2025-01-24	2023-05-24	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21411	2682	16	45	3	375	0	logfile
✘	8SXi	40853	2025-01-22	2023-05-22	4.5	4.37	4.48	4.3	0.006	1.00	0.0	0.06	14.40	0.01	1.987	5.43	0.05	6.2	93.4	0.4	-1.44	0.60	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19257	2439	12	0	0	0	0	logfile
✘	8JGK	36237	2025-01-24	2023-05-21	4.04	4.09	3.96	4.1	0.003	0.56	0.0	0.04	14.40	0.00	1.966	12.26	0.00	3.7	96.3	0.0	0.73	0.54	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21650	1368	4	0	2	0	10850	logfile
✘	8SX9	40828	2025-01-22	2023-05-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18596	1153	1	0	0	0	9418	logfile
✘	8SXA	40829	2025-01-22	2023-05-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18596	1153	1	0	0	0	9418	logfile
✘	8JF1	36206	2025-01-21	2023-05-16	2.85	2.80	2.83	3.0	0.015	1.88	0.0	0.08	14.78	0.01	0.001	6.41	0.71	2.6	97.4	0.0	-1.90	0.66	0.83	4.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16884	2052	8	0	32	8	0	logfile
✘	8P2E	17362	2025-01-18	2023-05-16	3.2	4.02	3.24	3.7	0.018	1.79	0.0	0.09	10.29	0.01	1.972	5.06	0.14	1.9	97.7	0.4	1.22	0.82	0.72	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12786	1691	8	0	0	0	0	logfile
✘	8JE1	36182	2025-01-26	2023-05-15	3.95	5.03	3.95	3.9	0.005	0.90	0.0	0.05	15.83	0.01	2.228	17.27	0.88	5.3	94.5	0.1	-1.50	0.83	0.75	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17507	2165	10	0	1	0	0	logfile
✘	8JDA	36076	2025-01-14	2023-05-13	3.67	3.84	3.41	3.8	0.004	0.78	0.0	0.04	14.02	0.00	2.176	14.34	0.14	5.7	94.2	0.1	-1.44	0.58	0.70	0.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6526	848	2	0	0	0	0	logfile
✘	8So3	40646	2025-01-21	2023-04-28	3.61	3.84	3.58	3.8	0.005	0.85	1.0	0.05	13.96	0.01	1.821	10.38	0.68	6.5	93.4	0.2	-1.49	0.73	0.72	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16718	1205	8	0	4	0	7947	logfile
✘	8SMR	40601	2025-01-26	2023-04-26	2.7	2.39	2.78	2.4	0.008	0.84	2.0	0.06	18.18	0.00	1.975	9.47	0.92	2.7	97.3	0.0	0.77	0.76	0.85	3.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1.03	—	—	—	3.72	24154	3000	24	0	24	0	0	logfile

• ← previous
• Page 11 of 39
• next →