Table showing results for January 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8SL0	40570	2025-01-13	2023-04-20	3.3	4.17	3.09	3.8	0.003	0.62	0.0	0.05	16.00	0.00	2.201	7.96	0.00	8.4	91.2	0.4	-1.67	0.42	0.83	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1737	228	1	0	0	0	0	logfile
✘	8J26	35945	2025-01-14	2023-04-14	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5406	427	6	90	1	0	0	logfile
✘	8SGS	40466	2025-01-18	2023-04-13	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11720	1524	8	0	8	0	0	logfile
✘	8J1Q	35930	2025-01-14	2023-04-13	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5447	427	6	90	1	0	0	logfile
✘	8J1Z	35939	2025-01-25	2023-04-13	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	79520	2835	57	2632	210	664	0	logfile
✘	8oR0	17114	2025-01-22	2023-04-12	3.1	2.37	2.99	1.7	0.004	0.64	1.0	0.04	15.61	0.00	1.149	6.33	0.51	3.9	96.1	0.0	0.59	0.64	0.56	0.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18823	2489	8	0	3	0	0	logfile
✘	8oPJ	17062	2025-01-20	2023-04-07	2.99	2.30	3.25	2.1	0.007	0.84	24.0	0.05	16.83	0.01	2.342	7.12	0.72	4.8	95.2	0.0	-1.75	0.78	0.77	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65352	8112	48	0	0	0	0	logfile
✘	8iYH	35822	2025-01-15	2023-04-04	3.3	3.51	3.29	3.5	0.004	0.72	0.0	0.05	13.48	0.01	2.204	5.25	1.08	2.3	97.7	0.0	0.53	0.69	0.80	3.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8035	1119	6	0	1	0	0	logfile
✘	8S9U	40249	2025-01-24	2023-03-30	2.77	2.95	2.82	2.9	0.010	0.93	0.0	0.06	16.42	0.01	2.099	5.43	1.33	3.7	96.0	0.3	-1.32	0.83	0.86	4.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22604	2684	7	70	0	0	0	logfile
✘	8oJD	16912	2025-01-15	2023-03-24	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8674	976	5	45	2	0	0	logfile
✘	8oJ7	16907	2025-01-18	2023-03-24	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12026	1355	5	67	3	0	0	logfile
✘	8iU0	35713	2025-01-14	2023-03-23	2.66	2.91	2.65	2.9	0.014	1.60	0.0	0.08	18.62	0.02	2.258	6.64	0.90	3.6	96.4	0.0	-1.94	0.54	0.80	5.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7062	765	6	0	45	78	0	logfile
✘	8iRo	35681	2025-01-21	2023-03-19	2.7	2.42	2.75	2.8	0.006	1.09	0.0	0.04	13.58	0.00	1.997	9.68	0.00	4.1	95.9	0.0	0.75	0.61	0.86	4.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16350	1080	8	0	6	2	8208	logfile
✘	8GJN	40095	2025-01-13	2023-03-16	3.6	2.60	3.37	3.3	0.013	1.65	0.0	0.09	14.17	0.01	2.431	9.25	1.10	8.7	91.3	0.0	-2.73	0.60	0.68	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3319	421	4	0	1	0	0	logfile
✘	8iQ4	35657	2025-01-14	2023-03-15	2.7	3.02	2.81	3.1	0.003	0.60	0.0	0.04	14.91	0.00	2.218	5.45	0.58	4.0	96.0	0.0	1.43	0.69	0.83	4.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7080	954	6	0	1	0	0	logfile
✘	8iP9	35635	2025-01-23	2023-03-14	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	73028	4393	41	1773	86	0	0	logfile
✘	8oDV	16819	2025-01-15	2023-03-09	4.7	4.86	4.41	4.7	0.007	1.10	0.0	0.05	14.06	0.01	2.192	25.76	0.00	4.6	95.4	0.0	-4.04	0.71	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8233	1022	5	0	1	0	0	logfile
✘	8GFV	29985	2025-01-14	2023-03-08	3.1	3.40	3.19	3.4	0.004	0.58	0.0	0.04	14.48	0.00	2.278	2.46	0.00	1.7	98.3	0.0	1.20	0.67	0.89	4.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6702	892	8	0	2	3	0	logfile
✘	8GFX	29987	2025-01-14	2023-03-08	3.0	3.31	3.10	3.3	0.004	0.53	0.0	0.04	13.47	0.00	2.248	3.22	0.00	2.2	97.8	0.0	0.67	0.64	0.88	4.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6725	896	6	0	2	1	0	logfile
✘	8iKG	35511	2025-01-15	2023-02-28	3.4	3.67	3.39	3.7	0.005	0.71	1.0	0.04	13.86	0.00	2.225	11.28	0.34	4.7	95.3	0.0	-0.19	0.63	0.76	1.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8456	1098	6	0	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 12 of 39
• next →