Table showing results for January 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7QVi	14178	2025-01-17	2022-01-21	3.0	3.27	—	3.3	0.005	0.73	0.0	0.04	14.80	0.00	1.960	9.67	0.00	3.3	96.7	0.0	-1.28	0.72	0.88	4.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56600	7128	32	0	32	0	0	logfile
✘	7TJT	25931	2025-01-25	2022-01-17	3.2	3.46	3.29	3.4	0.003	0.63	0.0	0.05	13.04	0.00	1.991	3.26	0.00	1.2	98.8	0.0	0.60	0.75	0.85	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23129	3099	11	0	7	0	0	logfile
✘	7TKT	25981	2025-01-19	2022-01-17	3.6	3.75	3.75	3.7	0.007	1.26	0.0	0.04	21.05	0.01	2.224	6.30	0.00	4.7	95.3	0.0	0.63	0.72	0.81	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13252	1560	8	0	56	0	0	logfile
✘	7WL8	32577	2025-01-17	2022-01-12	3.4	3.22	—	3.4	0.002	0.49	0.0	0.04	9.00	0.00	2.251	6.35	1.87	4.6	95.3	0.1	-3.89	0.83	0.80	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10198	1330	2	0	0	0	0	logfile
✘	7WJN	32546	2025-01-18	2022-01-07	3.3	3.46	—	3.4	0.004	0.59	0.0	0.04	10.44	0.00	2.235	2.90	0.58	4.1	95.9	0.0	2.06	0.67	0.82	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13054	1616	4	0	4	0	0	logfile
✘	7Qo1	14080	2025-01-19	2021-12-23	4.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14179	1694	9	62	1	0	0	logfile
✘	7QNC	14074	2025-01-21	2021-12-20	2.9	3.35	—	3.1	0.003	0.58	0.0	0.05	12.80	0.01	2.276	3.01	0.48	1.7	98.3	0.0	0.92	0.79	0.88	4.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15861	1881	19	0	39	0	0	logfile
✘	7T92	25750	2025-01-23	2021-12-17	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18777	1159	8	0	25	0	9156	logfile
✘	7WAH	32385	2025-01-19	2021-12-14	2.45	2.65	—	2.8	0.002	0.51	0.0	0.04	14.18	0.00	2.239	7.07	0.55	1.7	98.3	0.0	0.28	0.64	0.80	3.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13217	1473	4	62	4	0	0	logfile
✘	7T6X	25730	2025-01-16	2021-12-14	3.83	4.14	3.83	4.0	0.022	1.97	0.0	0.13	15.96	0.02	1.505	3.89	0.00	3.8	96.1	0.1	-0.16	0.77	0.82	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9217	1140	19	0	37	0	0	logfile
✘	7T2G	25612	2025-01-14	2021-12-04	2.5	1.71	—	1.4	0.007	0.88	0.0	0.05	12.03	0.01	2.214	13.39	1.00	3.5	96.5	0.0	0.61	0.80	0.81	5.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6922	898	5	0	3	8	0	logfile
✘	7T2H	25613	2025-01-15	2021-12-04	3.2	3.41	3.23	3.4	0.004	0.53	0.0	0.04	14.19	0.00	2.158	8.69	0.65	3.6	96.4	0.0	-3.17	0.66	0.81	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8677	1119	6	0	1	0	0	logfile
✘	7QEN	13934	2025-01-22	2021-12-03	3.46	2.43	3.43	2.1	0.006	0.96	0.0	0.06	19.01	0.01	2.068	4.07	0.20	3.6	96.4	0.0	-3.65	0.74	0.75	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19205	2209	8	70	20	0	0	logfile
✘	7T02	25577	2025-01-20	2021-11-29	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14359	1752	4	25	5	0	0	logfile
✘	7SYP	25536	2025-01-26	2021-11-25	4.0	3.37	3.92	3.3	0.003	0.83	4.0	0.04	22.28	0.01	2.250	5.48	0.05	4.7	95.3	0.0	-2.44	0.65	0.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	80436	4896	39	1941	2	0	0	logfile
✘	7W2Z	32268	2025-01-16	2021-11-24	2.8	3.01	—	3.0	0.009	1.13	1.0	0.06	14.81	0.01	2.078	8.01	0.82	3.6	96.3	0.1	-4.01	0.60	0.80	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9080	1154	8	0	3	0	0	logfile
✘	7SWP	25478	2025-01-13	2021-11-20	3.8	3.74	—	4.0	0.008	0.92	0.0	0.05	12.87	0.01	2.202	40.14	0.00	12.1	87.9	0.0	-2.17	0.51	0.71	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3372	436	3	0	0	0	0	logfile
✘	7SVV	25454	2025-01-25	2021-11-19	3.54	3.06	3.44	3.5	0.020	1.88	10.0	0.10	16.78	0.01	1.320	4.73	0.00	1.4	98.6	0.0	-0.21	0.56	0.75	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23046	2710	32	38	20	0	0	logfile
✘	7STX	25438	2025-01-15	2021-11-15	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8611	1049	5	0	30	0	0	logfile
✘	7VV3	32136	2025-01-15	2021-11-04	2.97	3.10	—	3.0	0.009	1.26	0.0	0.07	13.10	0.01	1.600	7.63	0.75	3.3	96.7	0.0	-1.72	0.73	0.85	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8633	1105	6	0	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 23 of 39
• next →