Table showing results for January 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7WVE	32851	2025-01-18	2022-02-10	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12498	1318	4	46	46	0	0	logfile
✘	7WV4	32845	2025-01-26	2022-02-09	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24490	2636	6	80	80	0	0	logfile
✘	7WV5	32846	2025-01-19	2022-02-09	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12958	1318	16	46	80	0	0	logfile
✘	7TW1	26147	2025-01-25	2022-02-06	4.6	3.99	—	3.8	0.003	0.74	0.0	0.05	13.82	0.00	2.117	7.55	0.08	2.5	97.5	0.0	-0.20	0.75	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23625	2993	4	0	0	0	0	logfile
✘	7WTU	32801	2025-01-26	2022-02-05	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	81215	5957	35	1575	1	0	0	logfile
✘	7R12	14228	2025-01-14	2022-02-02	3.3	3.37	3.22	3.3	0.003	0.55	0.0	0.04	13.55	0.00	2.161	4.03	0.00	2.8	97.2	0.0	0.39	0.74	0.81	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6858	839	4	0	7	0	0	logfile
✘	7TT1	26107	2025-01-23	2022-01-31	4.3	4.56	—	4.4	0.004	0.82	0.0	0.05	10.41	0.00	1.973	3.78	0.00	1.3	98.7	0.0	0.92	0.72	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20398	1329	6	0	0	0	10005	logfile
✘	7TSZ	26105	2025-01-23	2022-01-31	4.5	4.77	—	4.6	0.005	0.89	0.0	0.05	11.13	0.01	2.032	6.90	0.00	1.2	98.8	0.0	0.72	0.73	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19722	1286	6	0	0	0	9670	logfile
✘	7TRP	26100	2025-01-15	2022-01-30	2.4	3.12	2.45	2.9	0.006	0.82	0.0	0.06	11.23	0.01	2.287	2.62	0.21	2.0	98.0	0.0	-0.43	0.75	0.88	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8681	1122	6	0	2	0	0	logfile
✘	7WSC	32753	2025-01-13	2022-01-28	3.78	4.01	—	4.0	0.013	1.67	5.0	0.10	15.34	0.01	1.600	41.09	4.99	14.7	81.6	3.6	-4.09	0.65	0.78	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3369	422	4	0	2	0	0	logfile
✘	7TR0	26077	2025-01-17	2022-01-27	2.7	2.05	2.72	2.0	0.005	0.81	0.0	0.05	18.00	0.00	2.005	4.27	0.66	2.9	97.1	0.0	-0.37	0.61	0.82	4.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9833	1229	7	1	4	0	0	logfile
✘	7WRi	32727	2025-01-15	2022-01-26	3.03	3.18	—	3.2	0.003	0.58	1.0	0.04	15.54	0.00	2.099	6.76	2.03	6.0	94.0	0.0	-4.19	0.73	0.80	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6431	790	4	0	2	0	0	logfile
✘	7TP0	26043	2025-01-26	2022-01-24	3.57	3.99	—	3.6	0.014	1.76	4.0	0.10	13.12	0.01	2.527	0.27	1.62	6.6	92.6	0.8	-1.08	0.85	0.85	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24589	3040	20	0	61	0	0	logfile
✘	7ToU	26038	2025-01-26	2022-01-24	3.24	3.49	—	3.3	0.014	1.82	8.0	0.11	12.99	0.01	2.517	0.18	1.20	6.2	93.2	0.7	-1.00	0.84	0.85	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24687	3050	20	0	61	0	0	logfile
✘	7ToX	26040	2025-01-26	2022-01-24	3.62	4.01	—	3.6	0.014	1.76	1.0	0.10	13.09	0.01	2.515	0.14	1.35	6.7	92.8	0.5	-1.12	0.85	0.84	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24618	3041	20	0	61	0	0	logfile
✘	7TP2	26046	2025-01-26	2022-01-24	3.72	4.22	—	3.7	0.014	1.76	6.0	0.10	13.20	0.01	2.529	0.21	1.32	7.2	92.4	0.4	-1.34	0.85	0.84	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24663	3047	20	0	61	0	0	logfile
✘	7ToY	26041	2025-01-26	2022-01-24	3.53	3.95	—	3.5	0.014	1.77	4.0	0.10	13.12	0.01	2.517	0.08	1.50	6.8	92.8	0.4	-1.10	0.85	0.84	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24673	3049	20	0	61	0	0	logfile
✘	7TNX	26022	2025-01-14	2022-01-22	3.54	3.76	—	3.8	0.011	1.08	0.0	0.06	15.46	0.00	2.247	6.37	0.17	7.7	92.2	0.2	-2.75	0.70	0.80	2.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5753	647	4	23	2	0	0	logfile
✘	7TNY	26023	2025-01-14	2022-01-22	3.2	3.41	—	3.4	0.011	1.14	0.0	0.07	16.38	0.00	2.306	7.91	0.84	7.6	92.4	0.0	-3.18	0.74	0.83	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5865	666	4	24	1	0	0	logfile
✘	7QVi	14178	2025-01-17	2022-01-21	3.0	3.27	—	3.3	0.005	0.73	0.0	0.04	14.80	0.00	1.960	9.67	0.00	3.3	96.7	0.0	-1.28	0.72	0.88	4.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56600	7128	32	0	32	0	0	logfile

• ← previous
• Page 22 of 39
• next →