Table showing results for January 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7ZAG	14579	2025-01-20	2022-03-22	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65678	3824	58	1596	68	379	0	logfile
✘	7ZAi	14581	2025-01-19	2022-03-22	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64649	3694	55	1596	68	379	0	logfile
✘	7ZAH	14580	2025-01-22	2022-03-22	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	69366	4289	59	1596	70	379	0	logfile
✘	7XBD	33103	2025-01-16	2022-03-21	3.11	3.35	3.12	3.4	0.003	0.53	0.0	0.04	14.05	0.00	2.201	6.38	0.00	4.8	95.2	0.0	-1.80	0.61	0.73	2.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8981	1153	6	0	0	0	0	logfile
✘	7UB6	26436	2025-01-26	2022-03-14	3.52	3.83	3.48	3.6	0.004	0.67	0.0	0.05	13.16	0.01	2.229	3.31	0.04	2.6	97.4	0.0	-0.83	0.85	0.85	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24762	3105	10	0	36	0	0	logfile
✘	7Z6S	14529	2025-01-25	2022-03-14	2.9	3.44	2.81	3.4	0.006	0.85	0.0	0.05	13.98	0.00	0.624	15.45	3.95	4.3	95.6	0.1	-1.15	0.40	0.48	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19134	2392	12	2	6	0	0	logfile
✘	7X76	33033	2025-01-20	2022-03-09	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64334	3793	18	168	15	0	31436	logfile
✘	7X6V	33028	2025-01-17	2022-03-08	3.6	4.04	3.51	3.9	0.011	1.52	34.0	0.12	14.93	0.01	1.640	15.04	0.62	14.7	84.3	1.0	-3.94	0.71	0.70	1.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10903	1429	4	0	3	0	0	logfile
✘	7X6Q	33025	2025-01-20	2022-03-08	4.5	4.41	4.61	4.3	0.009	0.73	0.0	0.06	9.96	0.00	2.197	0.93	0.01	3.2	96.7	0.2	-0.87	0.78	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64472	8440	16	0	0	0	0	logfile
✘	7Z4Y	14510	2025-01-21	2022-03-06	4.5	3.71	4.32	4.3	0.003	0.74	0.0	0.05	14.19	0.01	2.154	14.96	0.46	1.9	97.5	0.6	-1.98	0.69	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16756	2197	4	0	0	0	0	logfile
✘	7X5V	33016	2025-01-16	2022-03-05	2.83	3.04	—	3.1	0.007	0.87	1.0	0.05	14.75	0.01	1.891	19.22	1.40	5.7	94.3	0.0	-2.31	0.57	0.77	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9504	1176	5	0	0	0	0	logfile
✘	7Z37	14472	2025-01-20	2022-03-01	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.30	—	—	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.03	—	—	—	2.25	14256	1740	6	0	2	0	0	logfile
✘	7Z1T	14452	2025-01-22	2022-02-25	2.26	2.85	2.32	2.6	0.003	0.55	0.0	0.03	15.04	0.00	2.031	9.13	0.00	1.1	98.9	0.0	3.21	0.75	0.87	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18492	2268	12	0	0	0	0	logfile
✘	7X2C	32964	2025-01-17	2022-02-25	3.2	3.88	—	3.8	0.006	0.71	0.0	0.05	13.49	0.00	2.102	9.59	0.48	2.0	98.0	0.0	0.97	0.58	0.72	1.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7953	1031	6	0	3	0	0	logfile
✘	7Z24	14457	2025-01-15	2022-02-25	3.32	2.74	3.27	3.3	0.007	1.05	2.0	0.08	18.10	0.01	2.387	7.61	2.07	2.8	97.2	0.0	-0.18	0.57	0.71	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8303	929	4	36	1	0	0	logfile
✘	7Z0Z	14435	2025-01-16	2022-02-24	2.68	2.92	2.79	2.8	0.006	0.72	6.0	0.05	14.67	0.00	2.092	7.37	0.54	1.9	98.0	0.2	0.45	0.74	0.86	4.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29466	3510	6	0	0	0	0	logfile
✘	7U16	26279	2025-01-13	2022-02-19	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3456	405	6	0	12	0	0	logfile
✘	7U0D	26256	2025-01-15	2022-02-17	4.8	7.51	4.74	4.8	0.019	0.85	1.0	0.05	13.07	0.01	2.065	20.09	0.00	9.7	90.1	0.2	-1.37	0.87	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8188	1071	6	0	1	0	0	logfile
✘	7WVE	32851	2025-01-18	2022-02-10	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12498	1318	4	46	46	0	0	logfile
✘	7WVJ	32853	2025-01-18	2022-02-10	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12488	1318	4	46	46	0	0	logfile

• ← previous
• Page 21 of 39
• next →