Table showing results for January 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7KLV	22919	2025-01-17	2020-11-01	3.1	3.02	—	3.1	0.004	0.65	0.0	0.04	15.24	0.00	1.974	6.77	0.09	4.1	95.9	0.0	-0.12	0.74	0.85	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9871	1226	4	0	6	0	0	logfile
✘	7ASN	11901	2025-01-25	2020-10-27	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	80694	2545	25	2848	0	0	0	logfile
✘	7KJV	22899	2025-01-15	2020-10-26	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8361	941	5	44	2	0	0	logfile
✘	7KJW	22900	2025-01-16	2020-10-26	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8561	949	5	44	2	0	0	logfile
✘	7KJX	22901	2025-01-16	2020-10-26	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8589	948	5	44	2	0	0	logfile
✘	7AQQ	11872	2025-01-26	2020-10-22	3.06	3.29	3.25	3.2	0.005	0.75	0.0	0.09	17.17	0.00	1.992	7.43	0.00	3.1	96.8	0.1	1.10	0.72	0.87	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23281	2887	28	0	40	0	0	logfile
✘	7KHF	22879	2025-01-18	2020-10-21	3.54	3.94	3.73	4.0	0.008	0.98	7.0	0.07	13.72	0.01	2.179	7.42	0.94	5.7	94.2	0.1	-0.56	0.79	0.86	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11559	1516	12	0	10	0	0	logfile
✘	7AoD	11841	2025-01-18	2020-10-14	4.5	4.61	—	4.5	0.007	0.89	0.0	0.05	14.84	0.01	1.858	27.36	1.95	10.7	88.9	0.3	-4.20	0.79	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59256	7466	34	0	12	0	0	logfile
✘	7KDV	22830	2025-01-15	2020-10-09	4.59	8.08	5.28	6.0	0.005	0.85	0.0	0.05	13.45	0.01	2.109	12.96	0.98	5.4	94.2	0.4	-1.39	0.88	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	51696	6312	42	0	72	0	0	logfile
✘	7KDP	22828	2025-01-21	2020-10-09	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15844	1914	6	0	34	0	0	logfile
✘	7KC0	22803	2025-01-23	2020-10-04	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19553	2334	10	47	4	0	0	logfile
✘	7D77	30603	2025-01-16	2020-10-03	2.9	3.25	—	3.2	0.008	0.78	0.0	0.06	13.72	0.00	2.107	8.48	0.21	3.7	96.3	0.0	-2.58	0.62	0.80	4.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8785	1105	7	0	7	1	0	logfile
✘	7AiP	11801	2025-01-19	2020-09-28	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13535	1734	10	0	14	4	0	logfile
✘	7K45	22660	2025-01-13	2020-09-14	3.7	3.90	3.76	3.9	0.014	1.42	0.0	0.08	9.35	0.01	2.568	0.35	0.00	2.2	97.8	0.0	0.92	0.79	0.78	4.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3038	419	4	0	2	0	0	logfile
✘	7K3B	22655	2025-01-22	2020-09-10	3.4	3.49	—	3.4	0.008	0.78	0.0	0.05	15.09	0.00	2.155	8.62	0.00	4.8	95.2	0.0	-0.19	0.82	0.85	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19038	2394	24	0	51	0	0	logfile
✘	7A8Z	11680	2025-01-15	2020-08-31	3.35	3.81	3.38	3.7	0.004	0.59	0.0	0.04	14.41	0.00	2.254	7.18	0.00	7.6	92.3	0.1	-1.49	0.68	0.75	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8402	1103	2	0	0	0	0	logfile
✘	7A65	11666	2025-01-18	2020-08-25	3.9	3.56	—	3.5	0.007	0.79	0.0	0.05	12.71	0.00	2.200	14.84	1.72	4.3	95.7	0.0	-2.31	0.58	0.72	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12521	1596	4	0	6	0	0	logfile
✘	7JPV	22424	2025-01-22	2020-08-10	3.4	3.54	—	3.5	0.006	0.76	0.0	0.04	18.50	0.00	2.040	13.82	7.64	6.6	93.3	0.2	-3.99	0.66	0.83	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18288	2227	5	0	11	0	0	logfile
✘	6ZXE	11518	2025-01-26	2020-07-29	3.0	3.00	3.05	3.0	0.010	1.07	0.0	0.06	22.44	0.01	2.142	7.06	0.54	7.8	92.1	0.1	-3.74	0.76	0.74	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	80500	5903	39	1645	2	0	0	logfile
✘	6ZXH	11521	2025-01-25	2020-07-29	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	76979	5195	45	1651	135	0	0	logfile

• ← previous
• Page 29 of 39
• next →