Table showing results for January 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6YSZ	10911	2025-01-20	2020-04-23	3.6	2.67	—	3.8	0.004	0.56	0.0	0.04	15.54	0.00	2.295	11.00	0.38	2.9	97.1	0.0	-1.45	0.80	0.81	1.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15192	1896	6	0	0	0	0	logfile
✘	6YRF	10888	2025-01-26	2020-04-20	3.9	4.58	—	4.2	0.006	0.78	0.0	0.05	14.50	0.00	2.028	27.54	0.21	12.8	87.1	0.1	-3.65	0.91	0.84	1.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24828	3108	4	0	0	0	0	logfile
✘	7BWA	30231	2025-01-18	2020-04-14	4.9	5.10	4.70	4.8	0.004	0.77	0.0	0.05	15.31	0.00	1.970	41.05	0.00	13.4	86.6	0.0	-4.15	0.80	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11670	1444	4	0	0	0	0	logfile
✘	6YLF	10837	2025-01-22	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.06	—	—	—	—	18362	3700	2	0	0	0	0	logfile
✘	7BT7	30171	2025-01-20	2020-03-31	3.8	3.86	—	3.8	0.004	0.66	0.0	0.05	13.36	0.00	1.970	12.49	8.39	7.7	92.3	0.0	-4.13	0.72	0.87	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14530	1850	10	0	10	0	0	logfile
✘	6WBG	21589	2025-01-23	2020-03-26	2.97	3.60	—	3.3	0.007	0.83	0.0	0.04	16.59	0.01	2.183	11.83	0.38	5.0	95.0	0.0	-1.48	0.72	0.81	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19712	2408	14	0	49	0	0	logfile
✘	6YBW	10775	2025-01-15	2020-03-18	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	52840	3374	30	1248	61	0	0	logfile
✘	6W62	21551	2025-01-14	2020-03-16	3.9	4.04	—	4.0	0.003	0.64	1.0	0.04	16.09	0.00	1.883	16.29	0.00	10.2	89.4	0.3	-2.04	0.71	0.67	1.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7387	910	2	24	0	0	0	logfile
✘	6M5V	30094	2025-01-17	2020-03-11	4.5	4.75	—	4.6	0.007	0.86	1.0	0.05	16.07	0.00	2.209	18.28	5.50	9.0	90.9	0.2	-3.04	0.56	0.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10549	1359	5	0	5	0	0	logfile
✘	6Y9A	10734	2025-01-14	2020-03-06	4.2	5.61	—	5.7	0.004	0.81	0.0	0.05	13.59	0.01	2.211	10.90	0.00	5.9	94.1	0.0	-1.17	0.53	0.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5948	776	4	0	0	0	0	logfile
✘	6Y7C	10713	2025-01-26	2020-02-28	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	79690	5381	34	1735	0	0	0	logfile
✘	6VY2	21456	2025-01-24	2020-02-25	4.86	6.05	—	5.2	0.007	1.11	0.0	0.08	22.30	0.00	2.056	18.44	4.96	5.7	93.8	0.5	-2.41	0.82	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	2442	66	0	180	0	0	logfile
✘	6M1D	30041	2025-01-24	2020-02-25	4.5	6.53	—	4.6	0.005	1.20	0.0	0.06	18.16	0.01	2.043	20.67	9.51	9.3	89.8	0.9	-5.09	0.69	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21776	2706	4	0	0	0	0	logfile
✘	6VTK	21380	2025-01-17	2020-02-12	2.82	3.35	—	3.3	0.005	0.82	0.0	0.05	9.13	0.01	2.016	3.10	0.00	3.2	96.8	0.0	-4.44	0.71	0.81	4.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10686	1338	6	0	6	0	0	logfile
✘	6XZR	10666	2025-01-22	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.72	—	—	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.32	—	—	—	2.15	66206	4077	8	19	0	0	33177	logfile
✘	6XZP	10664	2025-01-22	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.75	—	—	1.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.75	—	—	—	2.43	66221	4077	8	20	0	0	33176	logfile
✘	6XZD	10659	2025-01-20	2020-02-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.86	—	—	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.65	—	—	—	2.39	63749	3919	7	20	0	0	31961	logfile
✘	6XZG	10662	2025-01-22	2020-02-04	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.77	—	—	1.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.22	—	—	—	1.52	65993	4065	8	19	0	0	33062	logfile
✘	6VPC	21308	2025-01-21	2020-02-03	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16309	1633	9	154	5	0	0	logfile
✘	6XXE	10648	2025-01-18	2020-01-27	3.49	2.31	—	3.3	0.007	1.09	0.0	0.06	11.82	0.00	2.033	6.11	2.27	11.0	89.0	0.0	-4.99	0.62	0.57	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12816	1776	16	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 31 of 39
• next →