Table showing results for January 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6TE0	10473	2025-01-26	2019-11-10	3.92	3.97	3.90	3.8	0.007	0.81	0.0	0.05	11.70	0.01	1.432	3.80	0.00	4.0	95.9	0.0	-3.76	0.80	0.81	2.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	79188	5136	29	0	11	0	39835	logfile
✘	6UXB	20932	2025-01-17	2019-11-07	4.9	5.50	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.627	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.74	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	6UXA	20931	2025-01-17	2019-11-07	4.5	5.05	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.628	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.71	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	6TAR	10425	2025-01-14	2019-10-30	2.8	2.81	—	3.7	0.005	0.91	0.0	0.06	14.53	0.01	2.319	5.38	0.69	8.5	91.5	0.0	-3.91	0.62	0.81	1.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6715	820	5	0	0	0	0	logfile
✘	6UTH	20879	2025-01-18	2019-10-29	3.4	3.68	3.48	3.7	0.008	1.19	0.0	0.06	10.45	0.01	2.199	5.16	0.67	4.4	95.3	0.3	-2.57	0.46	0.61	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	58394	7553	35	0	0	0	0	logfile
✘	6T9K	10414	2025-01-22	2019-10-28	3.3	3.35	3.36	3.3	0.005	0.92	0.0	0.05	15.57	0.01	2.247	5.90	0.43	7.1	92.8	0.1	-4.36	0.71	0.74	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19241	2426	11	0	0	0	0	logfile
✘	6T8B	10399	2025-01-22	2019-10-24	3.65	3.73	—	3.7	0.004	0.72	0.0	0.05	12.53	0.01	1.942	14.10	0.00	7.2	92.8	0.0	-4.40	0.76	0.83	2.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19077	2370	14	40	10	0	0	logfile
✘	6T7S	10371	2025-01-25	2019-10-23	4.5	4.67	—	4.5	0.004	0.93	0.0	0.06	14.16	0.01	2.278	7.26	0.28	6.0	94.0	0.0	-4.74	0.65	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23436	3090	3	0	0	0	0	logfile
✘	6UQK	20849	2025-01-16	2019-10-20	3.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	51567	8032	20	0	188	0	0	logfile
✘	6L3H	0822	2025-01-18	2019-10-11	3.06	3.17	—	3.2	0.007	0.77	0.0	0.05	13.75	0.00	2.036	4.56	0.16	6.8	93.2	0.0	-4.60	0.71	0.88	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11966	1482	4	0	8	0	0	logfile
✘	6T2V	10370	2025-01-25	2019-10-09	3.8	4.58	—	3.8	0.002	0.45	0.0	0.03	13.09	0.01	2.213	4.84	3.02	2.0	98.0	0.0	-3.62	0.88	0.73	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23826	2847	4	54	0	0	0	logfile
✘	6L31	0816	2025-01-24	2019-10-07	4.18	4.92	—	4.8	0.007	1.26	7.0	0.07	16.23	0.01	1.738	16.77	2.27	11.7	88.0	0.3	-4.45	0.38	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20905	2670	6	0	0	0	0	logfile
✘	6UJA	20794	2025-01-15	2019-10-02	3.3	3.49	—	3.4	0.014	1.49	0.0	0.09	11.59	0.01	1.802	0.19	0.14	2.7	97.1	0.2	0.28	0.82	0.82	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8224	1128	10	0	23	0	0	logfile
✘	6UFR	20759	2025-01-13	2019-09-24	2.5	2.80	—	2.8	0.012	0.96	0.0	0.07	13.71	0.01	2.209	5.48	0.00	6.6	93.4	0.0	-1.99	0.50	0.87	5.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4420	630	20	0	0	90	0	logfile
✘	6SWE	10324	2025-01-25	2019-09-20	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1523	21	486	9	18	0	logfile
✘	6SWC	10322	2025-01-22	2019-09-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70744	4519	49	1593	41	42	0	logfile
✘	6SW9	10320	2025-01-22	2019-09-20	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70661	4508	48	1593	41	42	0	logfile
✘	6U9G	20698	2025-01-22	2019-09-08	3.98	4.04	—	4.0	0.005	1.00	0.0	0.06	9.07	0.00	2.228	5.61	0.00	12.3	87.7	0.0	-4.65	0.78	0.80	2.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18219	2355	6	0	0	0	0	logfile
✘	6KPF	0744	2025-01-16	2019-08-15	2.9	3.03	—	3.0	0.007	0.91	0.0	0.05	14.93	0.01	2.215	5.40	0.00	4.4	95.4	0.2	-4.46	0.67	0.82	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8775	1135	6	0	1	0	0	logfile
✘	6U0N	20608	2025-01-23	2019-08-14	3.5	3.79	—	3.6	0.008	0.91	0.0	0.06	15.22	0.01	2.242	6.72	0.56	9.6	90.3	0.1	-5.29	0.79	0.83	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19322	2489	23	0	43	0	0	logfile

• ← previous
• Page 33 of 39
• next →