cryo-EM Re-Refine

Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# other	# water	Logfile
✘	8PoE	17789	2024-02-15	2023-07-04	4.2	4.40	4.17	4.5	0.003	0.64	0.0	0.04	14.20	0.00	2.265	9.34	0.00	2.8	97.2	0.0	1.48	0.57	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10947	1371	3	0	0	logfile
✘	8JYM	36726	2024-02-19	2023-07-03	2.79	3.39	2.76	3.2	0.004	0.55	0.0	0.05	12.78	0.00	0.546	6.93	0.00	3.6	96.4	0.0	0.19	0.83	0.85	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24924	3099	12	48	0	logfile
✘	8PN7	17777	2024-02-22	2023-06-30	2.03	2.46	2.13	2.4	0.044	1.46	0.0	0.04	13.01	0.00	1.664	8.62	0.35	1.5	98.5	0.0	1.20	0.72	0.85	5.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34872	4308	36	12	1476	logfile
✘	8JVH	36674	2024-02-14	2023-06-28	3.19	3.79	3.33	3.7	0.005	0.78	0.0	0.05	9.56	0.00	2.195	2.24	0.18	8.6	91.4	0.0	-4.48	0.65	0.74	1.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9699	1205	1	0	0	logfile
✘	8JVM	36677	2024-02-13	2023-06-28	3.86	4.13	3.89	3.9	0.006	1.08	1.0	0.06	14.54	0.01	2.138	27.03	1.75	16.3	82.1	1.6	-3.56	0.64	0.54	0.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3726	498	3	0	0	logfile
✘	8PKD	17735	2024-02-13	2023-06-26	2.33	2.42	2.31	2.4	0.003	0.44	0.0	0.04	15.00	0.00	2.246	3.95	0.00	2.7	97.3	0.0	1.55	0.65	0.81	4.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4844	600	8	0	16	logfile
✘	8JT9	36637	2024-02-13	2023-06-21	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2872	384	2	1	0	logfile
✘	8JSW	36628	2024-02-13	2023-06-20	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2859	384	2	1	0	logfile
✘	8T6V	41082	2024-02-14	2023-06-18	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8686	1032	8	16	64	logfile
✘	8T6J	41069	2024-02-15	2023-06-16	3.5	3.65	—	3.5	0.003	0.60	0.0	0.04	13.75	0.00	2.196	6.10	0.00	5.1	94.9	0.0	0.00	0.80	0.79	1.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11652	1534	4	2	0	logfile
✘	8JR9	36593	2024-02-13	2023-06-16	2.57	2.48	2.53	2.7	0.005	0.65	0.0	0.04	17.65	0.00	2.240	5.96	0.24	2.2	97.8	0.0	1.80	0.57	0.74	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7893	1014	5	1	0	logfile
✘	8T6B	41068	2024-02-13	2023-06-15	3.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2916	387	2	1	0	logfile
✘	8JPo	36485	2024-02-15	2023-06-12	3.4	3.43	3.16	3.4	0.004	0.63	0.0	0.04	12.94	0.00	2.267	6.38	0.00	2.8	97.2	0.0	0.44	0.75	0.90	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11476	1466	4	8	0	logfile
✘	8PBB	17583	2024-02-15	2023-06-09	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13334	1684	6	2	0	logfile
✘	8JP0	36465	2024-02-13	2023-06-09	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5671	719	2	1	0	logfile
✘	8P98	17575	2024-02-13	2023-06-05	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7830	956	3	1	0	logfile
✘	8P97	17574	2024-02-13	2023-06-05	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7837	958	3	1	0	logfile
✘	8JLR	36405	2024-02-14	2023-06-02	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8934	1130	6	1	0	logfile
✘	8JLK	36400	2024-02-14	2023-06-02	3.22	3.56	3.28	3.6	0.006	0.87	0.0	0.05	14.65	0.01	2.213	11.02	0.95	6.2	93.8	0.0	-0.94	0.61	0.67	0.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8824	1129	6	1	0	logfile
✘	8T1E	40961	2024-02-18	2023-06-02	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22115	2516	12	43	36	logfile