Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8J7A	36036	2024-02-22	2023-04-27	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34246	3121	30	0	198	0	0	logfile
✘	8J6Z	36021	2024-02-24	2023-04-26	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43924	3964	38	0	263	0	0	logfile
✘	8oUW	17204	2024-02-13	2023-04-25	3.75	3.90	3.25	3.5	0.006	0.91	0.0	0.05	14.71	0.01	2.008	0.19	0.38	2.0	98.0	0.0	0.31	0.81	0.65	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53754	6564	25	67	13	0	0	logfile
✘	8J5A	35984	2024-02-21	2023-04-21	1.19	1.12	1.22	1.2	0.014	1.48	0.0	0.08	13.93	0.01	1.560	8.49	3.21	0.6	99.4	0.0	3.37	0.51	0.66	8.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56208	4128	24	0	24	3384	17040	logfile
✘	8SL0	40570	2024-02-13	2023-04-20	3.3	4.17	3.09	3.8	0.003	0.62	0.0	0.05	16.00	0.00	2.201	7.96	0.00	8.4	91.2	0.4	-1.67	0.42	0.83	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1737	228	1	0	0	0	0	logfile
✘	8SKV	40568	2024-02-19	2023-04-20	3.1	3.28	3.10	3.3	0.003	0.57	0.0	0.04	14.90	0.00	2.020	4.46	0.08	5.9	94.0	0.1	-0.35	0.67	0.75	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23561	1632	15	0	15	0	11341	logfile
✘	8J4F	35975	2024-02-15	2023-04-19	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12419	1446	7	0	30	0	0	logfile
✘	8SiA	40504	2024-02-19	2023-04-14	2.91	3.13	3.00	3.1	0.013	1.24	0.0	0.09	19.00	0.01	1.993	5.03	0.72	14.5	85.0	0.5	-6.42	0.61	0.69	3.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	74681	4420	8	0	65	0	36144	logfile
✘	8J1Q	35930	2024-02-13	2023-04-13	3.3	4.10	3.20	3.9	0.030	1.93	0.0	0.05	28.59	0.00	2.043	8.92	0.28	7.1	92.9	0.0	-1.02	0.73	0.64	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5447	427	5	90	1	0	0	logfile
✘	8J1B	35918	2024-02-17	2023-04-12	3.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19427	2388	8	0	5	0	0	logfile
✘	8SGo	40462	2024-02-22	2023-04-12	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34702	2121	19	0	33	0	16960	logfile
✘	8J0D	35899	2024-02-15	2023-04-10	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9105	711	8	0	74	0	0	logfile
✘	8oPN	17077	2024-02-20	2023-04-07	4.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28543	3555	13	0	40	0	0	logfile
✘	8oPM	17076	2024-02-21	2023-04-07	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29802	3582	42	0	123	0	0	logfile
✘	8oPo	17078	2024-02-20	2023-04-07	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28965	3585	18	0	57	0	0	logfile
✘	8iXL	35795	2024-02-15	2023-04-01	3.5	3.61	3.45	3.6	0.012	1.48	0.0	0.10	11.65	0.00	2.568	2.07	0.00	0.4	99.6	0.0	2.40	0.71	0.84	1.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10970	1455	35	0	0	0	0	logfile
✘	8SA4	40264	2024-02-13	2023-03-31	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5193	0	3	236	1	0	0	logfile
✘	8oMo	16973	2024-02-14	2023-03-31	3.43	2.51	3.47	3.2	0.007	1.36	2.0	0.09	17.68	0.00	1.488	21.48	4.68	8.0	92.0	0.0	-3.82	0.75	0.80	1.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10290	1288	4	0	4	0	0	logfile
✘	8SA2	40262	2024-02-14	2023-03-31	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9268	0	4	420	2	0	0	logfile
✘	8SA5	40265	2024-02-13	2023-03-31	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7649	0	4	345	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 61
• next →