Table showing results for February 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8C4U	16429	2024-02-15	2023-01-04	3.36	3.57	3.40	3.5	0.005	0.74	1.0	0.05	17.89	0.00	2.058	7.62	0.81	3.7	96.3	0.0	0.43	0.77	0.83	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10952	1260	4	38	1	0	0	logfile
✘	8FoA	29343	2024-02-18	2022-12-30	2.66	2.96	2.81	2.9	0.023	1.52	0.0	0.53	22.53	0.01	2.298	7.30	0.42	5.2	94.7	0.0	-5.28	0.66	0.84	4.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21287	2448	8	0	53	0	0	logfile
✘	8Foi	29350	2024-02-23	2022-12-30	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35120	2120	21	0	81	0	16834	logfile
✘	8FoB	29344	2024-02-18	2022-12-30	2.71	2.96	2.77	3.0	0.024	1.57	0.0	0.54	21.84	0.01	2.073	8.34	0.39	8.3	91.7	0.0	-5.44	0.60	0.72	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20390	2376	12	0	46	52	0	logfile
✘	8HWE	35055	2024-02-17	2022-12-29	3.3	3.47	3.28	3.5	0.003	0.61	0.0	0.04	17.84	0.00	1.956	10.09	0.62	8.5	91.5	0.0	-1.52	0.72	0.80	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17247	2112	12	0	11	0	0	logfile
✘	8HWB	35052	2024-02-19	2022-12-29	3.9	4.06	3.80	3.9	0.003	0.63	0.0	0.04	16.50	0.00	1.900	9.80	0.59	3.7	96.2	0.0	-1.13	0.80	0.84	1.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25740	3147	13	6	10	0	0	logfile
✘	8HWG	35057	2024-02-17	2022-12-29	3.0	3.09	2.85	3.0	0.004	0.66	0.0	0.04	18.54	0.00	1.832	7.63	4.33	6.0	93.9	0.0	-1.90	0.76	0.87	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18110	2209	13	6	12	0	0	logfile
✘	8Fo1	29338	2024-02-19	2022-12-29	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24481	1596	4	0	0	0	12140	logfile
✘	8HW4	35050	2024-02-15	2022-12-28	3.52	3.89	3.62	3.8	0.033	1.39	0.0	0.17	15.27	0.01	2.142	14.67	0.09	8.2	91.8	0.0	-2.38	0.67	0.80	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10746	1364	1	0	2	0	0	logfile
✘	8FNT	29323	2024-02-24	2022-12-28	2.52	2.49	2.40	2.6	0.010	1.80	0.0	0.11	19.93	0.03	1.042	23.04	10.57	9.0	89.8	1.3	-2.16	0.63	0.74	1.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	43868	5490	7	0	0	0	0	logfile
✘	8FLE	29276	2024-02-23	2022-12-21	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	144139	8150	66	3646	93	0	0	logfile
✘	8FJ5	29215	2024-02-17	2022-12-19	2.9	3.03	2.92	3.0	0.004	0.62	0.0	0.04	11.79	0.00	2.391	3.19	0.00	3.4	96.6	0.0	1.51	0.55	0.86	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18980	2660	20	0	0	0	0	logfile
✘	8C06	16355	2024-02-19	2022-12-16	2.7	2.32	2.57	2.7	0.003	0.76	0.0	0.05	13.59	0.01	2.333	2.28	0.00	5.5	94.5	0.0	-1.51	0.67	0.75	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25324	3298	8	0	6	0	0	logfile
✘	8C02	16353	2024-02-13	2022-12-15	4.09	4.26	4.03	4.2	0.004	0.83	0.0	0.04	13.16	0.01	2.225	19.86	0.44	4.1	95.9	0.0	1.51	0.58	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4242	549	2	0	0	0	0	logfile
✘	8HRL	34977	2024-02-13	2022-12-15	2.8	3.03	2.84	3.1	0.004	0.73	0.0	0.05	18.12	0.01	2.124	7.19	1.59	4.7	95.3	0.0	-1.16	0.64	0.73	1.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6412	791	2	0	0	0	0	logfile
✘	8HRN	34979	2024-02-13	2022-12-15	3.9	4.18	3.98	4.0	0.005	0.91	0.0	0.05	17.07	0.01	2.080	24.49	0.95	3.4	96.6	0.0	-1.15	0.76	0.69	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4870	597	1	0	0	0	0	logfile
✘	8BX5	16308	2024-02-15	2022-12-07	4.2	4.41	4.00	4.3	0.003	0.78	1.0	0.06	14.22	0.01	2.218	14.11	0.63	3.9	96.1	0.0	-0.69	0.60	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12527	1630	13	0	4	4	0	logfile
✘	8FE1	29019	2024-02-16	2022-12-05	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15445	1772	10	0	48	0	0	logfile
✘	8HMP	34902	2024-02-14	2022-12-05	2.77	2.61	2.82	2.8	0.005	0.92	0.0	0.06	14.08	0.01	2.228	5.94	0.00	3.4	96.6	0.0	-0.73	0.63	0.79	3.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8319	1045	6	0	1	0	0	logfile
✘	8BVR	16269	2024-02-13	2022-12-05	3.52	4.00	3.61	3.9	0.005	0.72	0.0	0.04	17.01	0.01	2.178	12.22	0.19	4.6	95.4	0.0	0.64	0.62	0.78	1.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4806	617	3	0	3	0	0	logfile

• ← previous
• Page 6 of 46
• next →