Table showing results for February 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9JUB	61826	2025-02-11	2024-10-07	3.1	3.29	3.10	3.4	0.007	0.79	1.0	0.06	11.95	0.01	1.934	17.05	0.56	7.6	92.3	0.1	-1.75	0.55	0.67	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6479	829	5	0	5	0	0	logfile
✘	9J53	61141	2025-02-11	2024-08-11	3.3	3.55	3.36	3.6	0.003	0.57	0.0	0.04	14.75	0.00	2.117	11.26	4.13	8.6	91.4	0.0	-0.49	0.49	0.71	1.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6598	764	4	0	6	0	0	logfile
✘	8ZYC	60561	2025-02-12	2024-06-17	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7058	728	6	73	2	0	0	logfile
✘	8ZYD	60562	2025-02-12	2024-06-17	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7058	728	6	73	2	0	0	logfile
✘	9C4o	45192	2025-02-14	2024-06-04	1.99	2.17	2.04	2.2	0.004	0.65	0.0	0.04	16.53	0.00	2.208	5.77	0.18	1.7	98.3	0.0	-0.01	0.61	0.81	6.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10166	661	2	0	2	111	4883	logfile
✘	8ZQo	60386	2025-02-11	2024-06-03	2.8	2.96	2.77	3.0	0.004	0.76	0.0	0.05	17.77	0.01	2.155	4.33	1.20	1.8	98.2	0.0	1.88	0.66	0.88	2.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4032	515	3	0	7	1	0	logfile
✘	9C0i	45085	2025-02-12	2024-05-25	2.91	2.56	2.89	2.8	0.006	1.03	0.0	0.06	21.52	0.01	2.090	1.50	0.80	1.4	98.6	0.0	-0.39	0.67	0.89	5.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7676	425	5	197	2	0	0	logfile
✘	9FEE	50339	2025-02-13	2024-05-19	3.03	3.26	3.12	3.3	0.004	0.58	0.0	0.05	15.80	0.00	2.225	4.99	0.20	7.5	92.5	0.0	-1.40	0.76	0.87	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9112	1236	4	0	0	0	0	logfile
✘	8ZKW	60210	2025-02-12	2024-05-17	2.77	3.79	3.01	3.5	0.005	0.68	0.0	0.05	12.73	0.00	2.101	8.14	0.00	2.5	97.5	0.0	0.83	0.67	0.88	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8504	1080	4	0	4	0	0	logfile
✘	9BKJ	44642	2025-02-11	2024-04-29	2.59	2.90	2.70	2.9	0.005	0.75	0.0	0.05	12.93	0.00	2.260	9.17	0.71	2.0	97.8	0.2	1.02	0.61	0.68	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6795	891	6	0	1	0	0	logfile
✘	8Z7W	39830	2025-02-10	2024-04-21	3.09	3.32	3.05	3.4	0.007	1.03	3.0	0.07	17.01	0.02	2.241	20.67	3.30	3.7	96.3	0.0	-0.06	0.59	0.82	1.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3107	387	2	0	1	0	0	logfile
✘	8Z7Y	39832	2025-02-10	2024-04-21	3.02	3.16	2.95	3.2	0.013	0.80	0.0	0.04	16.15	0.00	2.215	10.80	0.00	2.6	97.4	0.0	1.07	0.48	0.67	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3083	382	2	0	1	0	0	logfile
✘	9EYi	50054	2025-02-13	2024-04-09	2.75	3.13	2.83	3.0	0.005	0.63	0.0	0.04	15.67	0.00	2.211	10.26	2.15	3.3	96.7	0.0	0.12	0.82	0.81	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9453	1248	5	8	0	0	0	logfile
✘	9EYK	50056	2025-02-11	2024-04-09	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6639	891	5	8	0	0	0	logfile
✘	8YZD	39690	2025-02-11	2024-04-06	3.07	2.88	3.09	1.9	0.002	0.42	0.0	0.04	7.78	0.00	2.299	1.99	1.29	2.2	97.8	0.0	-1.69	0.87	0.87	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6436	792	2	0	0	0	0	logfile
✘	9BAQ	44411	2025-02-14	2024-04-04	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9733	1154	9	36	1	0	0	logfile
✘	9B3K	44143	2025-02-12	2024-03-19	2.56	2.75	2.56	2.9	0.004	0.59	0.0	0.04	17.05	0.00	2.195	8.40	4.35	3.6	96.4	0.0	1.63	0.69	0.85	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6063	797	3	0	0	0	0	logfile
✘	9B3o	44147	2025-02-10	2024-03-19	3.18	3.36	3.13	3.3	0.003	0.60	0.0	0.04	16.77	0.00	2.295	10.17	0.00	2.5	97.5	0.0	2.11	0.61	0.85	1.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2630	363	1	0	0	0	0	logfile
✘	9B1K	44082	2025-02-11	2024-03-13	3.3	3.55	3.32	3.5	0.006	0.74	0.0	0.04	10.55	0.00	2.265	1.26	0.00	1.8	98.2	0.0	0.11	0.55	0.79	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3911	512	2	0	1	0	0	logfile
✘	9ENQ	19838	2025-02-11	2024-03-13	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5743	707	6	4	4	7	0	logfile

• Page 1 of 13
• next →