Table showing results for February 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8EX5	28651	2025-02-10	2022-10-24	3.47	3.76	3.31	3.7	0.004	0.71	0.0	0.04	12.11	0.00	2.141	9.78	0.00	2.2	97.8	0.0	0.88	0.48	0.70	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3177	414	1	0	0	0	0	logfile
✘	8H87	34531	2025-02-12	2022-10-21	2.53	2.73	2.50	2.7	0.011	1.55	0.0	0.08	18.83	0.02	2.300	4.49	0.91	2.3	97.7	0.0	-1.32	0.58	0.79	4.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7083	777	6	0	48	147	0	logfile
✘	8H86	34530	2025-02-12	2022-10-21	2.56	2.71	2.58	2.7	0.014	1.56	0.0	0.08	18.47	0.03	2.296	6.79	0.45	4.0	96.0	0.0	-0.67	0.46	0.73	5.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7080	765	6	0	48	63	0	logfile
✘	8H7Z	34526	2025-02-11	2022-10-21	3.07	3.23	3.02	3.2	0.003	0.63	0.0	0.04	12.59	0.00	2.210	6.35	0.00	3.4	96.6	0.0	-0.04	0.60	0.72	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4885	631	3	0	0	0	0	logfile
✘	8H3S	32829	2025-02-12	2022-10-09	4.9	4.75	—	7.3	0.002	0.44	0.0	0.04	9.51	0.00	2.202	10.15	2.76	7.4	92.6	0.0	-4.26	0.85	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6901	888	3	0	0	0	0	logfile
✘	8B7Q	15899	2025-02-11	2022-09-30	4.02	4.26	3.86	4.2	0.003	0.60	0.0	0.04	9.87	0.00	2.234	4.41	2.94	3.9	95.6	0.5	0.29	0.66	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3511	441	4	0	1	0	0	logfile
✘	8EMR	28262	2025-02-12	2022-09-28	2.92	3.25	2.98	3.2	0.003	0.62	0.0	0.05	14.91	0.00	2.263	5.06	0.12	4.4	95.6	0.0	-0.58	0.74	0.79	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7685	952	4	0	6	0	0	logfile
✘	8GZZ	34406	2025-02-11	2022-09-27	3.52	3.89	3.45	3.7	0.004	0.62	0.0	0.04	12.19	0.00	2.248	8.72	0.00	5.0	95.0	0.0	-0.99	0.78	0.86	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6568	854	6	0	0	0	0	logfile
✘	8EM2	28232	2025-02-12	2022-09-26	3.02	3.25	3.03	3.2	0.004	0.82	0.0	0.05	17.86	0.01	2.233	6.51	0.48	4.2	95.8	0.0	-1.92	0.64	0.66	1.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8022	1002	4	0	2	0	0	logfile
✘	8EKE	28200	2025-02-11	2022-09-20	3.36	3.79	3.34	3.7	0.002	0.45	0.0	0.04	10.50	0.00	2.313	5.20	2.71	2.5	97.2	0.3	-0.29	0.78	0.72	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4681	610	2	0	0	0	0	logfile
✘	8Eii	28157	2025-02-14	2022-09-15	3.12	3.48	3.13	3.4	0.004	0.72	0.0	0.04	15.07	0.01	2.205	9.34	0.10	5.8	94.2	0.0	-2.07	0.70	0.75	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10451	1366	9	0	9	0	0	logfile
✘	8AZT	15771	2025-02-11	2022-09-06	3.7	3.48	2.93	4.2	0.011	1.98	0.0	0.11	15.54	0.01	0.000	19.56	4.35	10.3	89.7	0.0	-6.12	0.40	0.59	5.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5424	744	24	0	0	0	0	logfile
✘	8AZ0	15728	2025-02-10	2022-09-05	3.4	3.10	3.36	3.6	0.006	0.74	0.0	0.05	8.05	0.01	2.611	0.94	0.00	7.7	92.3	0.0	-4.46	0.50	0.87	5.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2180	280	20	0	10	0	0	logfile
✘	8E7M	27939	2025-02-12	2022-08-24	3.3	3.56	3.36	3.6	0.004	0.76	0.0	0.05	13.53	0.01	2.154	7.51	0.00	4.5	95.5	0.0	-1.04	0.68	0.78	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8293	1030	7	0	11	0	0	logfile
✘	8E2A	27830	2025-02-11	2022-08-14	2.8	3.28	2.87	3.2	0.004	0.71	0.0	0.05	14.47	0.00	2.173	6.65	0.00	2.4	97.6	0.0	-0.21	0.67	0.79	4.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5768	686	2	15	0	0	0	logfile
✘	7YPX	34017	2025-02-13	2022-08-04	3.12	4.18	3.16	3.7	0.004	0.57	0.0	0.04	10.61	0.00	2.092	12.71	0.00	3.7	96.3	0.0	-0.23	0.91	0.85	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8808	1236	6	0	0	0	0	logfile
✘	8AN3	15531	2025-02-13	2022-08-04	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.24	—	—	1.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.00	—	—	—	1.66	8721	1040	20	0	68	0	0	logfile
✘	8AN2	15530	2025-02-13	2022-08-04	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.32	—	—	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.30	—	—	—	3.02	8657	1040	18	0	63	0	0	logfile
✘	8DXQ	27773	2025-02-14	2022-08-02	3.8	4.02	3.81	3.9	0.002	0.52	0.0	0.04	4.66	0.00	2.301	1.14	0.00	10.1	89.9	0.0	0.26	0.65	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10435	2101	7	0	0	0	0	logfile
✘	8DTi	27699	2025-02-14	2022-07-25	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9455	1258	4	0	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 6 of 13
• next →