Table showing results for March 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8YMP	39402	2025-03-14	2024-03-09	2.6	3.14	2.77	3.2	0.008	1.42	12.0	0.09	25.41	0.01	2.057	14.00	37.57	10.6	87.2	2.2	-3.93	0.45	0.50	1.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9570	1184	4	0	2	0	0	logfile
✘	8YH6	39282	2025-03-13	2024-02-27	3.62	4.12	—	3.7	0.012	1.43	0.0	0.09	14.43	0.03	2.215	12.85	0.94	4.9	95.0	0.1	-2.37	0.57	0.50	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8706	1104	6	0	1	0	0	logfile
✘	8Y8B	39040	2025-03-12	2024-02-06	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7303	902	14	0	26	0	0	logfile
✘	8Y8J	39048	2025-03-06	2024-02-06	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5069	608	10	0	18	0	0	logfile
✘	8Y7Y	39026	2025-03-12	2024-02-05	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6860	861	13	0	27	0	0	logfile
✘	8VX4	43607	2025-03-05	2024-02-03	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3650	311	3	60	0	0	0	logfile
✘	8Y2D	38851	2025-03-06	2024-01-25	2.8	2.99	2.86	3.0	0.003	0.51	0.0	0.04	16.29	0.00	2.240	3.59	0.00	4.2	95.8	0.0	1.06	0.63	0.86	1.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4189	528	2	0	4	4	0	logfile
✘	8VQA	43436	2025-03-14	2024-01-18	3.5	3.83	3.42	3.9	0.011	1.34	0.0	0.09	9.89	0.00	2.443	0.78	0.77	2.6	96.7	0.7	0.07	0.62	0.70	3.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9495	1290	18	0	30	0	0	logfile
✘	8XX3	38744	2025-03-14	2024-01-17	3.38	3.59	3.46	3.5	0.003	0.53	0.0	0.04	12.56	0.00	2.230	5.62	0.10	3.5	96.5	0.0	0.68	0.74	0.79	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9488	1255	7	0	0	0	0	logfile
✘	8XVH	38704	2025-03-13	2024-01-15	3.26	2.34	3.36	2.1	0.002	0.57	0.0	0.04	15.34	0.00	2.140	6.39	0.21	2.3	97.7	0.0	-0.56	0.74	0.73	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8544	1080	6	0	0	0	0	logfile
✘	8XUU	38684	2025-03-05	2024-01-14	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3598	431	3	0	9	0	0	logfile
✘	8VLU	43344	2025-03-13	2024-01-12	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8596	1096	4	0	9	0	0	logfile
✘	8XQC	38573	2025-03-12	2024-01-05	3.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7233	843	5	24	2	0	0	logfile
✘	8XQ6	38567	2025-03-12	2024-01-04	3.36	2.35	3.32	3.1	0.005	0.79	0.0	0.05	13.25	0.01	2.301	4.44	4.56	3.8	96.2	0.0	-1.53	0.70	0.78	1.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8063	1020	1	0	0	0	0	logfile
✘	8XJL	38400	2025-03-13	2023-12-21	2.77	2.89	2.74	2.9	0.004	0.48	0.0	0.04	10.36	0.00	2.225	5.03	1.05	1.1	98.9	0.0	1.28	0.70	0.80	3.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8846	1140	6	0	1	0	0	logfile
✘	8REV	19109	2025-03-12	2023-12-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7797	898	7	26	2	0	0	logfile
✘	8VBE	43122	2025-03-13	2023-12-12	2.6	3.21	2.56	3.1	0.004	0.68	0.0	0.05	19.82	0.00	2.052	4.72	4.46	4.0	95.4	0.5	-0.35	0.79	0.86	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8421	931	4	39	3	0	0	logfile
✘	8VBi	43126	2025-03-13	2023-12-12	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8514	944	4	38	3	0	0	logfile
✘	8VBA	43118	2025-03-14	2023-12-12	3.29	3.69	3.32	3.8	0.010	1.31	0.0	0.12	12.48	0.00	2.200	14.87	0.51	4.6	94.9	0.5	-0.19	0.67	0.76	3.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9416	1260	4	0	39	0	0	logfile
✘	8XCi	38244	2025-03-13	2023-12-09	3.57	3.94	3.60	3.9	0.017	2.34	11.0	0.11	19.30	0.01	1.529	43.22	14.39	14.1	82.6	3.3	-3.74	0.52	0.82	0.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8842	1143	3	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 10
• next →