Table showing results for March 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8R8T	19009	2025-03-05	2023-11-29	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3256	418	2	0	1	0	0	logfile
✘	8X2K	38015	2025-03-13	2023-11-09	3.03	3.27	3.08	3.3	0.005	0.73	2.0	0.05	14.07	0.00	1.909	7.35	0.77	4.9	95.0	0.1	-0.74	0.69	0.82	3.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8570	1111	6	0	1	2	0	logfile
✘	8WZ2	37944	2025-03-13	2023-11-01	2.73	3.66	2.89	3.4	0.004	0.58	0.0	0.08	7.42	0.00	2.029	4.69	0.10	1.0	99.0	0.0	-1.03	0.72	0.78	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9355	1202	6	0	0	0	0	logfile
✘	8WXE	37904	2025-03-06	2023-10-28	4.0	4.62	3.89	4.5	0.004	0.86	0.0	0.04	18.18	0.01	2.178	19.10	2.04	6.0	94.0	0.0	-0.75	0.55	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4388	548	9	0	1	0	0	logfile
✘	8WX1	37897	2025-03-05	2023-10-27	3.64	3.87	3.66	3.9	0.003	0.74	0.0	0.04	13.80	0.00	2.297	9.47	0.00	4.7	94.9	0.4	0.07	0.51	0.72	0.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3926	500	1	0	0	0	0	logfile
✘	8UR6	42484	2025-03-12	2023-10-25	3.03	3.72	3.10	3.5	0.007	0.76	0.0	0.05	13.54	0.01	2.219	4.52	0.00	1.9	98.1	0.0	-0.07	0.83	0.84	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7540	930	2	0	0	0	0	logfile
✘	8UR3	42480	2025-03-14	2023-10-25	2.61	3.41	2.64	3.1	0.003	0.51	0.0	0.04	13.47	0.00	2.253	4.15	0.00	2.7	97.3	0.0	-0.63	0.86	0.85	3.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9376	1158	2	0	0	0	0	logfile
✘	8UPH	42448	2025-03-12	2023-10-22	4.13	4.91	4.16	4.4	0.004	0.71	0.0	0.04	14.18	0.02	2.236	13.34	0.12	2.3	97.6	0.1	-0.18	0.89	0.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8121	1054	4	0	2	0	0	logfile
✘	8UNS	42415	2025-03-11	2023-10-19	3.4	3.73	3.46	3.7	0.004	0.77	0.0	0.05	14.48	0.00	2.332	3.61	0.00	2.1	97.9	0.0	1.05	0.65	0.86	4.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6683	916	6	0	2	1	0	logfile
✘	8WRE	37775	2025-03-11	2023-10-13	2.9	3.39	2.87	3.3	0.003	0.54	0.0	0.04	12.09	0.00	2.265	3.87	0.00	1.9	98.1	0.0	1.24	0.72	0.86	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6328	829	4	0	1	0	0	logfile
✘	8UBX	42108	2025-03-11	2023-09-25	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6757	419	2	0	4	68	3328	logfile
✘	8UBW	42107	2025-03-12	2023-09-25	2.59	3.18	2.61	3.0	0.002	0.48	0.0	0.03	14.62	0.00	2.236	3.93	0.85	1.4	98.6	0.0	3.39	0.70	0.88	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6741	418	2	0	4	38	3343	logfile
✘	8WFS	37498	2025-03-13	2023-09-20	3.36	2.57	3.40	2.2	0.005	0.87	0.0	0.05	19.14	0.01	2.261	13.55	0.94	5.8	94.2	0.0	-1.77	0.73	0.75	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6274	808	13	0	14	0	0	logfile
✘	8U1B	41806	2025-03-06	2023-08-31	3.7	3.94	3.67	3.9	0.003	0.75	1.0	0.05	17.97	0.00	2.178	14.05	0.21	8.1	91.4	0.5	-1.52	0.69	0.74	1.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4584	611	2	0	0	0	0	logfile
✘	8QCZ	18338	2025-03-05	2023-08-28	3.1	3.56	3.08	3.4	0.004	0.63	0.0	0.04	15.35	0.00	2.259	7.43	0.00	1.9	98.1	0.0	0.21	0.49	0.81	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3316	421	2	0	1	0	0	logfile
✘	8K9L	36990	2025-03-13	2023-08-01	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8919	1142	9	0	3	0	0	logfile
✘	8K9K	36989	2025-03-13	2023-08-01	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8923	1142	8	0	2	0	0	logfile
✘	8K19	36789	2025-03-06	2023-07-10	3.88	6.15	5.33	4.1	0.014	1.84	2.0	0.10	13.09	0.03	1.496	4.27	0.57	4.7	94.6	0.7	-1.84	0.64	0.53	0.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3224	414	3	0	0	0	0	logfile
✘	8K1D	36792	2025-03-06	2023-07-10	3.53	3.93	3.64	4.0	0.003	0.71	0.0	0.04	16.89	0.00	2.230	11.65	0.57	1.4	98.6	0.0	1.26	0.46	0.68	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4902	610	2	0	0	0	0	logfile
✘	8JXT	36712	2025-03-12	2023-07-01	3.07	3.35	3.13	3.4	0.005	0.68	0.0	0.04	12.50	0.01	2.228	7.13	0.24	5.4	94.6	0.0	-0.33	0.55	0.69	2.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8298	1107	6	0	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 10
• next →