Table showing results for March 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8T23	40979	2025-03-11	2023-06-05	3.87	4.12	4.18	7.5	0.005	1.00	0.0	0.05	19.22	0.01	2.136	16.85	0.59	11.9	88.1	0.0	-3.06	0.59	0.48	0.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6451	781	6	0	6	0	0	logfile
✘	8JL4	36388	2025-03-14	2023-06-02	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9588	1066	8	0	86	0	0	logfile
✘	8JLN	36401	2025-03-13	2023-06-02	3.24	3.56	3.30	3.6	0.002	0.64	0.0	0.04	14.36	0.00	2.216	9.18	0.00	5.0	95.0	0.0	-0.14	0.54	0.74	1.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9117	1152	6	0	1	0	0	logfile
✘	8P7D	17530	2025-03-14	2023-05-30	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9686	1008	6	83	3	1	0	logfile
✘	8JiT	36327	2025-03-14	2023-05-27	2.91	3.75	2.95	3.5	0.005	0.79	1.0	0.05	14.72	0.00	2.204	30.83	4.69	5.5	94.0	0.5	-0.47	0.69	0.80	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9193	1176	7	0	1	0	0	logfile
✘	8J9o	36112	2025-03-12	2023-05-04	3.4	2.47	3.47	2.1	0.003	0.75	0.0	0.04	13.17	0.01	2.192	7.33	0.00	5.6	94.4	0.0	-1.72	0.73	0.72	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7441	999	4	0	0	0	0	logfile
✘	8oVK	17218	2025-03-05	2023-04-26	2.88	3.04	1.81	3.2	0.012	1.80	0.0	0.11	14.99	0.01	2.386	4.35	12.90	5.3	94.7	0.0	-1.83	0.53	0.84	5.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3060	400	10	0	0	0	0	logfile
✘	8J47	35972	2025-03-05	2023-04-19	2.5	2.05	2.31	2.2	0.004	0.74	0.0	0.06	18.27	0.00	2.518	4.26	2.38	9.3	90.7	0.0	-2.51	0.30	0.75	4.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2080	290	10	0	0	0	0	logfile
✘	8J23	35943	2025-03-13	2023-04-14	3.2	2.25	3.17	2.1	0.002	0.57	2.0	0.06	17.34	0.01	2.116	7.78	0.43	3.3	96.5	0.2	0.73	0.74	0.74	1.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8596	1101	5	0	0	0	0	logfile
✘	8J26	35945	2025-03-06	2023-04-14	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5406	427	6	90	1	0	0	logfile
✘	8J1Q	35930	2025-03-06	2023-04-13	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5447	427	6	90	1	0	0	logfile
✘	8iYW	35831	2025-03-12	2023-04-06	3.45	3.86	3.55	3.8	0.005	0.84	0.0	0.05	12.73	0.01	2.252	5.71	1.45	3.3	96.7	0.0	0.09	0.68	0.79	3.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7849	1118	6	0	1	0	0	logfile
✘	8iYH	35822	2025-03-12	2023-04-04	3.3	3.51	3.28	3.5	0.004	0.72	0.0	0.05	13.48	0.01	2.204	5.25	1.08	2.3	97.7	0.0	0.53	0.69	0.80	3.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8035	1119	6	0	1	0	0	logfile
✘	8oJD	16912	2025-03-13	2023-03-24	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8674	976	5	45	2	0	0	logfile
✘	8iU0	35713	2025-03-12	2023-03-23	2.66	2.91	2.66	2.9	0.014	1.60	0.0	0.08	18.62	0.02	2.258	6.64	0.90	3.6	96.4	0.0	-1.94	0.54	0.80	5.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7062	765	6	0	45	78	0	logfile
✘	8GE1	29952	2025-03-11	2023-03-06	3.4	3.78	3.54	3.8	0.003	0.51	0.0	0.04	12.49	0.00	2.203	5.64	0.00	2.2	97.8	0.0	1.67	0.71	0.85	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6464	908	5	0	1	0	0	logfile
✘	8GA3	29885	2025-03-11	2023-02-22	3.1	3.32	3.21	3.3	0.005	0.89	0.0	0.05	14.76	0.01	2.294	4.25	0.00	7.0	93.0	0.0	-6.60	0.65	0.81	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6590	886	4	0	4	0	0	logfile
✘	8iA7	35297	2025-03-13	2023-02-08	3.1	3.36	3.20	3.4	0.004	0.73	0.0	0.05	12.55	0.00	2.202	7.95	0.00	5.0	94.8	0.2	-2.23	0.58	0.78	2.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8586	1123	7	0	1	0	0	logfile
✘	8BQV	16188	2025-03-12	2023-01-18	2.0	1.96	1.89	1.9	0.008	1.01	0.0	0.07	8.75	0.00	0.000	15.13	0.00	6.8	93.2	0.0	-2.59	0.54	0.77	8.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8595	1155	45	0	105	120	0	logfile
✘	8HTT	35017	2025-03-05	2022-12-21	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3292	389	5	0	8	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 10
• next →