Table showing results for April 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8HCB	34658	2024-04-16	2022-11-01	4.18	3.75	4.00	3.4	0.003	0.60	0.0	0.05	13.63	0.00	2.231	5.71	0.39	4.5	95.5	0.0	-0.57	0.75	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35187	4449	24	0	54	0	0	logfile
✘	8HCA	34657	2024-04-16	2022-11-01	4.35	3.96	4.32	3.6	0.003	0.60	0.0	0.05	13.56	0.00	2.250	5.79	0.44	4.6	95.4	0.0	-0.50	0.78	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35187	4449	24	0	54	0	0	logfile
✘	8HC8	34655	2024-04-05	2022-11-01	3.95	4.00	3.84	4.0	0.003	0.71	0.0	0.05	16.60	0.01	2.317	5.70	0.56	4.2	95.8	0.0	-1.17	0.64	0.70	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4832	628	4	0	1	0	0	logfile
✘	8Bi4	16076	2024-04-17	2022-11-01	4.3	4.52	4.39	4.5	0.004	0.97	0.0	0.05	11.50	0.01	0.452	10.80	0.14	4.0	95.6	0.3	-0.49	0.64	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	145200	19404	132	0	0	0	0	logfile
✘	8BHK	16058	2024-04-13	2022-10-31	3.3	3.34	3.25	3.4	0.002	0.36	0.0	0.04	13.09	0.01	2.195	1.28	0.20	1.7	98.3	0.0	1.80	0.68	0.78	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27165	1680	10	0	10	0	13415	logfile
✘	8EZA	28732	2024-04-14	2022-10-31	4.39	4.32	4.42	3.8	0.015	2.00	127.0	0.13	16.51	0.02	1.932	2.57	1.57	6.5	93.3	0.2	-2.97	0.78	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93588	11307	24	122	42	0	0	logfile
✘	8HAJ	34592	2024-04-09	2022-10-26	4.8	4.66	4.63	3.6	0.003	0.60	0.0	0.03	24.86	0.00	2.213	11.34	0.00	2.3	97.7	0.0	1.21	0.88	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17214	1305	11	326	0	0	0	logfile
✘	8H9V	34583	2024-04-16	2022-10-25	3.02	3.46	—	3.4	0.009	0.78	0.0	0.05	14.50	0.00	2.196	10.67	0.08	6.0	94.0	0.0	-3.18	0.71	0.83	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37921	4953	32	0	10	0	0	logfile
✘	8H9U	34582	2024-04-16	2022-10-25	2.61	3.03	—	3.0	0.006	0.71	0.0	0.04	14.86	0.01	1.921	8.72	0.05	3.0	96.9	0.1	-3.00	0.72	0.83	3.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38481	5026	33	0	10	0	0	logfile
✘	8H87	34531	2024-04-06	2022-10-21	2.53	2.73	2.50	2.7	0.011	1.55	0.0	0.08	18.83	0.02	2.300	4.49	0.91	2.3	97.7	0.0	-1.32	0.58	0.79	4.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7083	777	6	0	48	147	0	logfile
✘	8H86	34530	2024-04-06	2022-10-21	2.56	2.71	2.58	2.7	0.014	1.56	0.0	0.08	18.47	0.03	2.296	6.79	0.45	4.0	96.0	0.0	-0.67	0.46	0.73	5.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7080	765	6	0	48	63	0	logfile
✘	8BE0	15996	2024-04-15	2022-10-20	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36361	2179	14	44	3	95	17924	logfile
✘	8BDR	15984	2024-04-15	2022-10-19	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36256	2173	8	43	3	0	17940	logfile
✘	8BD3	15973	2024-04-08	2022-10-18	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	117990	10804	166	0	722	224	0	logfile
✘	8BCV	15969	2024-04-16	2022-10-17	2.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37485	3258	46	0	224	703	0	logfile
✘	8BCW	15970	2024-04-11	2022-10-17	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22313	2029	22	0	114	517	0	logfile
✘	8ESA	28573	2024-04-05	2022-10-13	3.4	3.68	3.37	3.6	0.004	0.49	0.0	0.04	14.83	0.00	2.243	5.75	0.30	4.0	96.0	0.0	-0.99	0.65	0.84	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3140	384	3	0	0	0	0	logfile
✘	8ES4	28562	2024-04-06	2022-10-13	3.3	3.43	3.25	5.2	0.002	0.49	0.0	0.04	13.99	0.00	0.946	19.53	0.00	3.7	96.2	0.0	0.75	0.36	0.16	0.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	110772	14766	48	0	0	0	0	logfile
✘	8ERC	28552	2024-04-05	2022-10-11	3.7	3.47	3.08	3.7	0.003	0.67	0.0	0.04	12.91	0.00	2.115	8.25	0.00	2.3	97.7	0.0	1.99	0.51	0.65	1.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3510	441	1	0	0	0	0	logfile
✘	8ERA	28551	2024-04-13	2022-10-11	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29054	3644	6	0	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 16 of 75
• next →