Table showing results for April 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8EQM	28539	2024-04-17	2022-10-08	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42502	4678	74	0	132	590	0	logfile
✘	8B9J	15933	2024-04-08	2022-10-06	3.45	4.21	3.53	3.9	0.005	1.37	0.0	0.05	17.47	0.02	2.019	13.74	1.18	7.2	92.1	0.7	-0.47	0.83	0.73	1.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6879	864	2	0	3	0	0	logfile
✘	8EoS	28466	2024-04-12	2022-10-04	3.1	3.84	3.11	3.5	0.005	0.57	0.0	0.04	15.24	0.00	1.840	20.11	3.59	5.2	94.7	0.2	-0.81	0.90	0.89	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25606	3069	11	87	5	0	0	logfile
✘	8EP0	28494	2024-04-12	2022-10-04	4.9	6.49	5.04	5.3	0.004	0.79	0.0	0.05	12.19	0.01	2.237	11.79	0.00	3.6	96.4	0.0	0.06	0.70	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24408	3372	8	0	0	0	0	logfile
✘	8ENo	28275	2024-04-09	2022-09-30	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16485	2047	9	0	9	0	0	logfile
✘	8ENM	28273	2024-04-09	2022-09-30	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17722	1999	12	0	8	1693	0	logfile
✘	8ENN	28274	2024-04-09	2022-09-30	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16749	1974	12	0	9	858	0	logfile
✘	8H07	34410	2024-04-14	2022-09-28	2.9	3.15	3.00	3.1	0.013	1.93	81.0	0.14	13.36	0.01	2.223	9.88	1.16	5.5	93.8	0.7	-0.33	0.64	0.66	2.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31320	4187	18	0	3	0	0	logfile
✘	8B6W	15883	2024-04-16	2022-09-27	2.6	2.22	2.56	2.9	0.004	0.72	0.0	0.08	11.92	0.01	1.192	10.45	0.00	4.4	95.4	0.2	-0.28	0.72	0.71	3.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	145299	9534	42	0	21	0	71274	logfile
✘	8B6C	15863	2024-04-14	2022-09-26	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139959	6963	61	3890	184	0	0	logfile
✘	8B5L	15860	2024-04-16	2022-09-23	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	145148	7621	64	3890	183	0	0	logfile
✘	8EKW	28214	2024-04-13	2022-09-22	2.83	3.09	2.98	3.1	0.006	0.66	3.0	0.05	13.69	0.01	2.207	4.83	0.26	3.2	96.8	0.0	0.13	0.70	0.82	4.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14552	1760	20	0	0	402	0	logfile
✘	8GY3	34369	2024-04-07	2022-09-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10320	1326	6	0	7	0	0	logfile
✘	8B4o	15851	2024-04-05	2022-09-20	2.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6156	772	2	0	3	0	0	logfile
✘	8B3o	15831	2024-04-10	2022-09-16	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8B3i	15829	2024-04-16	2022-09-16	3.5	3.84	3.57	3.7	0.005	0.64	0.0	0.04	13.76	0.00	1.270	6.02	0.00	7.5	92.5	0.0	-2.21	0.83	0.81	3.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40377	2537	8	0	3	0	20180	logfile
✘	8GWA	34307	2024-04-16	2022-09-16	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37660	4006	27	0	160	0	0	logfile
✘	8B3F	15826	2024-04-14	2022-09-16	3.1	2.81	2.76	2.8	0.011	1.69	40.0	0.10	16.15	0.01	0.542	7.35	0.08	4.4	95.6	0.0	-1.26	0.68	0.70	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.01	—	—	—	3.04	92036	5626	26	102	10	0	45119	logfile
✘	8EFB	28077	2024-04-06	2022-09-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8947	1136	6	0	1	0	0	logfile
✘	8GTP	34261	2024-04-14	2022-09-08	3.1	3.47	3.25	3.4	0.009	1.09	1.0	0.08	13.84	0.01	1.912	19.57	4.36	7.8	89.5	2.7	-3.18	0.69	0.71	1.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30249	3768	30	0	69	0	0	logfile

• ← previous
• Page 17 of 75
• next →