Table showing results for April 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8QUD	18660	2024-04-08	2023-10-16	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12806	1580	12	0	22	108	0	logfile
✘	8QUC	18659	2024-04-08	2023-10-16	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12829	1580	12	0	21	40	0	logfile
✘	8UHi	42281	2024-04-16	2023-10-09	2.35	2.20	2.40	2.2	0.004	0.71	0.0	0.04	17.49	0.01	1.205	13.93	1.84	3.8	96.2	0.0	-0.14	0.74	0.78	5.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37192	4576	40	0	16	904	0	logfile
✘	8UBX	42108	2024-04-06	2023-09-25	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6757	419	2	0	4	68	3328	logfile
✘	8QN6	18508	2024-04-14	2023-09-25	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32010	4180	110	0	0	0	0	logfile
✘	8Wi7	37559	2024-04-16	2023-09-24	3.5	3.80	3.03	3.5	0.002	0.54	0.0	0.03	24.05	0.00	1.231	10.82	0.45	3.3	96.6	0.0	0.46	0.88	0.85	1.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	144808	5738	51	4658	0	0	0	logfile
✘	8WGV	37516	2024-04-16	2023-09-22	2.92	3.19	3.11	3.1	0.004	0.64	0.0	0.05	19.46	0.00	2.164	13.41	0.14	8.3	91.6	0.1	-1.46	0.65	0.67	2.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38688	4764	15	0	57	0	0	logfile
✘	8WEY	37480	2024-04-15	2023-09-19	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36163	3113	47	0	238	560	0	logfile
✘	8WC3	37429	2024-04-06	2023-09-11	3.0	3.02	2.90	3.0	0.007	0.95	2.0	0.07	13.95	0.01	1.356	8.37	1.40	5.2	94.8	0.0	-1.08	0.66	0.73	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8418	1119	6	0	1	0	0	logfile
✘	8WC7	37433	2024-04-06	2023-09-11	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8532	1122	6	0	1	0	0	logfile
✘	8QEC	18351	2024-04-10	2023-08-31	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17802	1101	6	0	12	0	8699	logfile
✘	8TZR	41767	2024-04-06	2023-08-27	3.5	4.05	3.67	4.0	0.006	0.84	0.0	0.05	16.98	0.01	2.229	6.61	0.53	4.5	95.5	0.0	-0.18	0.55	0.74	1.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8821	1079	6	0	9	0	0	logfile
✘	8TZ6	41735	2024-04-12	2023-08-26	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24849	1599	9	0	18	3	12165	logfile
✘	8Q99	18272	2024-04-06	2023-08-20	2.7	2.49	2.59	2.7	0.011	1.82	0.0	0.10	11.76	0.01	2.486	0.00	0.00	2.7	97.3	0.0	-2.40	0.42	0.84	5.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6642	426	6	0	0	0	3396	logfile
✘	8Q5H	18179	2024-04-07	2023-08-09	4.5	4.83	4.50	4.3	0.004	0.82	0.0	0.04	15.49	0.01	2.072	15.56	0.00	3.5	96.5	0.1	0.62	0.66	0.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9574	1173	7	0	0	0	0	logfile
✘	8Q4H	18148	2024-04-07	2023-08-07	2.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9694	1184	8	0	10	14	0	logfile
✘	8TP9	41470	2024-04-09	2023-08-04	3.1	3.33	3.17	3.4	0.020	1.82	7.0	0.11	10.91	0.01	2.334	2.44	0.00	1.9	98.1	0.0	0.64	0.71	0.76	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17118	2142	15	0	15	0	0	logfile
✘	8K9Q	36995	2024-04-06	2023-08-01	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7549	927	2	0	5	0	0	logfile
✘	8K7B	36937	2024-04-07	2023-07-26	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9496	1180	4	0	6	0	0	logfile
✘	8TKE	41348	2024-04-16	2023-07-25	3.6	2.58	—	3.5	0.002	0.46	0.0	0.03	16.85	0.00	1.947	5.36	0.13	1.4	98.6	0.0	3.69	0.71	0.73	1.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	144372	8996	8	0	16	0	72052	logfile

• ← previous
• Page 2 of 75
• next →