cryo-EM Re-Refine

Table showing results for April 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# other	# water	# H	Logfile
✘	8JVM	36677	2024-04-05	2023-06-28	3.86	4.13	3.89	3.9	0.006	1.08	1.0	0.06	14.54	0.01	2.138	27.03	1.75	16.3	82.1	1.6	-3.56	0.64	0.54	0.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3726	498	3	0	0	0	logfile
✘	8JW0	36678	2024-04-07	2023-06-28	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63119	5585	56	411	0	0	logfile
✘	8PKD	17735	2024-04-05	2023-06-26	2.33	2.42	2.31	2.4	0.003	0.44	0.0	0.04	15.00	0.00	2.246	3.95	0.00	2.7	97.3	0.0	1.55	0.65	0.81	4.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4844	600	8	0	16	0	logfile
✘	8JTY	36656	2024-04-05	2023-06-22	3.26	3.60	3.26	3.6	0.003	0.55	0.0	0.04	16.26	0.00	2.217	4.12	0.00	5.0	95.0	0.0	-0.56	0.57	0.78	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4274	566	2	0	0	0	logfile
✘	8JT9	36637	2024-04-05	2023-06-21	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2872	384	2	1	0	0	logfile
✘	8JSW	36628	2024-04-05	2023-06-20	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2859	384	2	1	0	0	logfile
✘	8T6V	41082	2024-04-06	2023-06-18	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8686	1032	8	16	64	0	logfile
✘	8T6R	41078	2024-04-16	2023-06-17	1.78	1.90	1.85	1.9	0.006	0.89	0.0	0.06	15.76	0.01	2.121	4.24	1.88	2.0	98.0	0.0	0.87	0.74	0.80	7.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	142800	18120	60	0	0	0	logfile
✘	8JR9	36593	2024-04-06	2023-06-16	2.57	2.48	2.53	2.7	0.005	0.65	0.0	0.04	17.65	0.00	2.240	5.96	0.24	2.2	97.8	0.0	1.80	0.57	0.74	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7893	1014	5	1	0	0	logfile
✘	8T6L	41071	2024-04-07	2023-06-16	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10988	1237	6	41	1	0	logfile
✘	8T6J	41069	2024-04-07	2023-06-16	3.5	3.65	—	3.5	0.003	0.60	0.0	0.04	13.75	0.00	2.196	6.10	0.00	5.1	94.9	0.0	0.00	0.80	0.79	1.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11652	1534	4	2	0	0	logfile
✘	8T6B	41068	2024-04-05	2023-06-15	3.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2916	387	2	1	0	0	logfile
✘	8JPo	36485	2024-04-07	2023-06-12	3.4	3.43	3.16	3.4	0.004	0.63	0.0	0.04	12.94	0.00	2.267	6.38	0.00	2.8	97.2	0.0	0.44	0.75	0.90	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11476	1466	4	8	0	0	logfile
✘	8PBB	17583	2024-04-08	2023-06-09	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13334	1684	6	2	0	0	logfile
✘	8JP0	36465	2024-04-05	2023-06-09	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5671	719	2	1	0	0	logfile
✘	8P97	17574	2024-04-06	2023-06-05	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7837	958	3	1	0	0	logfile
✘	8P98	17575	2024-04-06	2023-06-05	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7830	956	3	1	0	0	logfile
✘	8T1P	40974	2024-04-11	2023-06-02	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20551	1239	4	25	0	9964	logfile
✘	8T1B	40958	2024-04-11	2023-06-02	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23180	2576	12	52	72	0	logfile
✘	8JLK	36400	2024-04-06	2023-06-02	3.22	3.56	3.28	3.6	0.006	0.87	0.0	0.05	14.65	0.01	2.213	11.02	0.95	6.2	93.8	0.0	-0.94	0.61	0.67	0.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8824	1129	6	1	0	0	logfile